张居正之后首辅大学士分别为张四维、申时行。两位首辅吸取张居正的教训，一面讨好皇帝，一面又和朝廷里的文官搞好关系。就是在申时行的任上，明朝开创了两项很恶劣的先例——章奏留中和进呈经筵讲义。章奏留中，就是皇帝对于大臣们送上来的奏疏不予理睬，放在宫中，既不批示，也不发还。万历十五年 (1587)十月，申时行向皇帝请求实施章奏留中、进呈经筵讲义，使得皇帝不需要参加经筵，只需要阅读经筵讲官们的讲义。这两件惯例的形成，彻底地切断了皇帝与大臣们交流的渠道。万历十七年 (1589) 三月，皇帝停止了升迁官员和新官员的朝拜仪式，自此开始上朝越来越少。万历十九年(1591)四月，皇帝最后一次去太庙祭祖，之后全部都由别人代替祭祀。皇帝自此“三十年不上朝”。之后，臣子们多次劝谏，请求皇帝要上朝，要接见臣子，都没有得到皇帝的回应。例如，万历四十年 (1612) 四月，南京各道御史上报：“御史台和各衙门人手不足，各项事务严重拖延，皇上您在深宫里居住二十多年，从来都不接见大臣，国家马上就要有大灾难。” 这个上疏不仅说明了万历皇帝二十多年不见大臣，同时也点出了万历后期官员极度匮乏的危机。明朝皇帝大权独揽，没有皇帝的许可，官员补录、升迁、丁忧等各项事宜都无法展开。但是呈给万历的奏章经常留中不发，工作也无法进行。万历后期朝廷党争也日益严重，官僚队伍党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。

神宗朱翊钧敛财的能力在皇帝中绝对堪称一流。他在亲政以后，把查抄来的冯保、张居正的家产，全部搬入宫中归自己支配。万历十六年 (1588) 八月，他从太仓银库中拿走二十万作为自己到皇陵祭拜的花销。二十七年 (1599) 闰四月，他用皇子们要结婚的名义，又从太仓库中提取白银二千四百万两，国库因此缺钱告急。二十四年 (1597) 七月，他开始派出太监四处开矿，十月又派出监税的太监，到全国各地搜括钱财。后来发展到派太监采珍珠、从沿海贸易中收税、从盐务中收税。老百姓对此怨气冲天。万历末年，派到各地的矿监、税监经常被老百姓打杀。万历三十八年 (1610)，皇帝因为军饷不足，让朝廷大臣们想主意充实国库，但就是不想从自己的内库里出钱。

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