辛亥革命爆发后不久仓促组织起来的南京临时政府，并没有能很快在全国范围内建立中央、地方各级行政机构，即使到了北洋政府时期，其官制也仍处于不停的变化之中。中华民国前期的政府组织大体如下： 总统作为国家元首，拥有组织庞大的总统府及众多的幕僚，在大多数时间居于支配，甚至是垄断的地位，集全国的政权、军权、财权及外交权于一身。与总统相对应的立法机构国会参议院却成为围绕着总统及其权力角逐的陪衬，需要时召开，不需要时关闭。总统之下最高中央行政机关为国务院，亦称国务会议或内阁，由国务总理领导，下设各部总长，专门负责各项具体的行政管理。总理、各部总长以及其他特命的国务员组成国务会议，并以总理为议长。各部的职权大约如下： 外交部管理国际交涉以及内外侨民，监督外交官。内务部管理地方行政、选举、人口、土地、警察、出版、宗教、卫生，并监督地方官。财政部总辖国家财务，除了负责会计、出纳、租税、公债、货币及银行事务之外，还监督所辖各官署及公共团体的财务。陆军部与海军部除了管理陆军与海军外，还负有管辖军人家属的权力。司法部管理诉讼、监狱及其他司法行政事宜，监督辖下的官署及官吏。教育部管理教育，监督全国学校及辖下的官署与官吏。农林部管理农务、水利、山林、畜牧、水产、垦殖事务。工商部管理工、商、矿事务。交通部管理铁路、邮政、电政、航政，监督各官署及全国交通电气事业。各部除了作为阁员的总长之外，有次长一至二人辅助管理部务，参事二至四人拟订审议政令法规，另有司长、佥事、主事等官。除了以上诸部之外，还有主持全国财务审计的审计院，管理蒙古、青海、西藏地区的蒙藏院等重要机构。

1927年4月18日，以蒋介石为首的国民党组织了南京国民政府，1928年10月10日正式开始组织五院新体制。这一体制以国民政府主席为国家元首，对内对外代表国家，但不负实际政治责任，下设国民政府委员会委员若干人会议国务。五院之中，行政院为最高行政机关，其长官为正副院长，领导属下的各部部长、各委员会委员长组成行政院会议，决定重大的施政方针。下辖内政、外交、军政、海军、财政、实业、农矿、工商、教育、交通、铁道、卫生、司法行政等13个部，以处理国家的日常行政。此外，视需要设立委，以管理特殊的行政，委设委员长和副委员长以及委员若干人，定期召集会议处理政事。在抗战爆发前，有蒙藏、侨务、赈灾、经济、建设、财政、华北战区经济、淞沪战区善后筹备、伦敦购料以及中英、中意、中比庚款等12个委员会，此后又陆续设立了全国水利、中央图书杂志审查、重庆陪都建设计划、县政计划、战时公债劝募、水陆运输、绥靖区政务、赔偿、物资供应、善后事业保管等数十个委。立法院负责议决法律、财政案，决定对外宣战、媾和、缔约等重大国际事务，并向有关官署提出质询。立法院除了正副院长之外，另有立法委员，下辖法制、外交、财政、经济四个委员会及秘书、统计、编译三处负责日常政务。司法院是最高司法机关，负责实施司法审判、司法行政、官吏的惩戒及行政审判等事，并有权解释法律变更判例。由院长总理院务，下设司法行政署、司法审判署、行政审判署和官吏惩戒委员会以及秘书、参事二处。1931年12月取消三署，改设最高法院、行政法院和公务员惩戒委员会。考试院为最高考试机关，行使考选权和铨叙权。正副院长之下，有秘书、参事二处及考选委员会和铨叙部，凡官吏的考选、任免、升降、迁调、俸给、奖惩均由考试院掌管。监察院为最高监察机关，由正副院长及监察委员组成，下设审计部及秘书、参事二处，主要执行弹劾官吏、审查各机关收支的任务。五院形式上平等独立，互相牵制，但行政院的权势无疑在其他院之上，更为人所看重。

中华民国的地方行政制度比较混乱，但以省、县为骨干却是一致的。省的行政长官在北洋政府时期称民政长，南京国民政府改称省政府主席，总领一省事务。其下在北洋政府时设政务厅，下辖总务、内务、教育、实业四科，但具体行政却由中央各部直接管理。南京政府沿之并改设民政、财政、教育、建设四厅以及秘书处、保安处。作为与行政机构并立的立法机构，各省设参议院，有参议员20～50名，由正副议长总领其事。省以下北洋政府一度设道并置道尹负责一方行政，另外还将全省划分成几个区域，设行政委员专门管理，或在几个县中设立首县，以首席县长协调区内之事。30年代后逐渐在各省设立行政督察专员公署，由专员总领其行政、司法甚至军队。民国之初，县的行政也极为混乱，县知事除了拥有极大的行政权力之外，还可以任命官吏、调动军警等。1928年9月，南京国民政府公布 《县组织法》，次年又做了修订。此法规定： 县设县长，并直接由省政府指挥与监督办理各项委办及自治的事务，其下有秘书一人处理机要事务，总核文件，并可临时代行县长之职。县政府下设若干局或科，如民政、财政、教育、建设、军事、社会、地政、粮政等。县设参议会，有议决或建议实施重要行政、听取施政报告及向县政府质询等权力。县以下各级机构一般统称为“地方自治团体”，但其间的变化也十分复杂。大体上是县下设区，为县政府的辅助机关，代表县督导各乡办事，有区长、区警察所所长、区卫生所所长等官员。乡、镇是县以下的正式一级地方机构，有乡、镇长及乡、镇公所，下设民政、警卫、经济、文化四股，乡、镇长还例兼中心学校校长及国民兵队队长，即所谓的政治、教育、军事三位一体。另有乡务会议议政。乡、镇一般下辖10保，少则不低于6保，多亦不得超过15保。保设保办公处，有正副保长及民政、警卫、经济、文化干事各一，保长兼任保国民兵队队长和学校校长。保下有10甲，甲有10户，其主要的职责在于管理和掌管教育、经济、军事等事，但实际目的只有一个，即加强政府对基层社会及人民的直接控制。

孙中山主持中华民国临时政府第一次内阁会议

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