公元1368年，朱元璋正式建立了明朝，随即以恢复唐宋旧制为号召，重新整顿了皇帝制度。其后满人建立的清王朝于1644年取明而代之，清大体上沿袭了明制而略有变化。明清两代，皇权是沿着不断强化的道路发展演变的。

明太祖朱元璋是个权力欲极强的皇帝，尽管他未能在理论上给皇帝制度增益多少，却几乎把皇权推到了顶峰。鉴于元代百多年皇帝大权经常旁落到大臣贵戚手中的历史教训，朱元璋整理并重申了皇帝应有的那些权力：创制法律与颁布重大政令，封建宗室，掌握并调动天下的军队，设官分职并对官吏进行任免，制礼作乐以调和人际的关系等。然而，这些对他来说犹未满足，于是他采用了严刑峻法，从灭九族、砍头剥皮到在朝堂上当众廷杖官员，以造成事无巨细都能操纵于自己手中的势态。为了强化专制的皇权，明代的皇帝们更利用依附于自己的奴仆宦官来执行特务活动，监视朝廷内外百官甚至平民百姓的言行举止，一有对朝政或皇帝表示不满的言行，立即予以逮捕镇压。洪武十三年(1380年)朱元璋杀掉了丞相胡惟庸，从此整个明代不设象征政府最高行政治理权的宰相，而由皇帝亲自指导政府各部门的工作，从而把皇帝的专制权力推到了中国历史上的新高峰。虽然其后的皇帝们不得不依靠能干的大臣协助处理政务，并逐渐形成了一个被世人目为宰相的机构——内阁，但内阁大学士在重大问题上只能向皇帝提出决策的建议，其日常工作也只是对各种上达皇帝的公文拟具处理意见以供皇帝参考与选择，更像秘书而非传统意义上的宰相。事实上，万历中期以后，内阁在丧失了朝臣的支持和在皇帝及某些独揽朝政的大臣的两面夹击之下，逐步走向衰弱。与之形成鲜明对照的是，皇帝的奴仆宦官们经常取得代皇帝行使权力的机会，因而权倾一时，成为朝廷中最高的权臣。

乾清宫皇帝宝座

继明而起的清虽然大体上沿用了明制，但在皇帝制度上却有自己的特点。清初，领有诸旗军队、人口及财政的八旗贵族在重大问题的决策上有着很大的干预权，议政王大臣会议以及摄政王、顾命大臣等在顺治、康熙两朝初期甚至把持了皇权。即使到了雍正朝以后，清制的运行仍与明制稍有不同，主要的表现就是内阁大学士们在繁琐的规章及案例的具体指导下，只能对上达皇帝的公文拟具几条简单的意见供皇帝选择，其工作已经成了一种日常的例行公事。而新出现的军机处，从处理紧急的军务开始，逐渐处理重大的政务，地位与明时的内阁相似。这反映了清代皇权的扩张，皇帝不仅要处理各种重大的或突发性的政务，连某些有章可循的日常事务也必须以皇帝的名义加以处理解决。

仅仅从组织结构与运转规模来看，明清的皇帝制度确实达到了中国古代的顶峰。尽管这套制度十分复杂与繁冗，甚至经常与政府的行政机构纠缠不清，难以划分两者的明确界线，但它确实是历史发展，尤其是政府机构的正常组织与运转所必需的。没有明清的皇权，就难有其数量庞大的机构与官吏也是不争的事实。

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