由于农业生产的需要，人们发展了物候知识，从自己生产和生活的实践中建立了自然界和人，也就是天人之间的某种联系。由于古人把气象、物候和天象都看成天道，因此，人们行为的后果不管其正确与否都会被古人看作是天对人的反应。《吕氏春秋· 十二纪》就对一年十二个月当中人应该做什么和不应该做什么作了详尽规定，以避免天怒人怨。这是 “天人感应” 思想的最初萌芽。所以说，天人感应说最初是源于人类的实践活动。人们在实践中发现了 一定的季节和天象、物候的关系，然后又根据这种天象、物候来安排自己的生产和生活; 为了说明这种安排的合理性，人们又从反面去说明： 不这样作，将会有什么后果。这都是科学思想的朴素表现。继《十二纪》之后，《淮南子》 提供了新的同类相感材料，得出了 “天之与人，有以相通” 的一般结论。我们知道，天人相通本是一种古老的神学观念，春秋战国时期，由于天文学的发达而导致天道观的进步，这一观念已不能取得社会的普遍信任。但秦汉时代的学者们却逐渐用新的自然科学材料证明，天与人之间，也和其他物与物、物与人、人与人之间一样，由于阴阳之气的作用，自然发生着同类相感的关系。这就使古老的天人相通观念具有了一种全新的形态。

但是这一朴素的科学的天人感应说却被汉代的董仲舒作了神学的加工。在他看来，有意志的天是人间“吉凶祸福利不利之所以生”的原因。他甚至以天打雷劈等自然现象作为佐证，来说明天神所具有的至高无上的权威。这样，经过董仲舒的神学加工，天已不再是自然之天，而是有意志的神，因而天对人的反应就不是自然的，而是有计划、有步骤的意志行为，也是有目的的行为。

天人感应说于是成为一种神学，这种神学在汉代的复兴却主要是借助了具有因果关系的同类相感的自然科学知识。因此，要反驳这种神学，主要的不是去考察天是否有神性，去论证天是一个自然物，而是直接从天作为一个自然物出发，论证它是否能和人感应，从而说明它有无神性。只有这样，才能恢复科学的本来面目。这个任务是由王充完成的。王充用大量的自然科学材料证明，自然现象，特别是人们视为异常，认为是表现了某些天意的异常自然现象，其出现和消失，都是自身的事情，与人事无关，也不表示什么天意。如水旱灾害，在王充看来，这是有规律出现的现象。“水旱饥穰，有岁运也”，“天之旸雨，自有时也”(《论衡·明雩》)。最出色的是他对打雷和虫灾的认识。“正月阳动，故正月雷始;五月阳盛，故五月雷迅;秋冬阳衰，故秋冬雷潜。”“实说，雷者，太阳激气也。”(《论衡·雷虚》)这些都充分说明雷不是天怒。他甚至用实验的方法去演示雷的产生，由此说明雷不是天怒，也不是罚过，不过是一种自然现象罢了。在《商虫》篇中，王充还对虫害作了认真考察。按天人感应的说法，虫害是“部吏所致”，而且“身黑头赤，则谓武官;头黑身赤，则谓文官”。王充首先指出这种分类法的荒谬，他说：“时或头赤身白，头黑身黄，或头身皆黄，或头身皆青，或皆白，若鱼肉之虫，应何官吏?”并且，“虫之种类，众多非一”，像那危害极大的蝗虫，又是和谁相类呢?由此他指出了天人感应说的荒谬性。

中国古代“天人感应”的理论基础起于自然科学，后来被蒙上神学的阴影。神学和迷信需借助自然科学来打破和批判。王充完成了这个批判的任务，重新确立了“天道自然”的科学观。从中我们也可以看出，科学正是在与神学迷信的不断斗争中向前发展的。

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