一、从修撰到吏部左侍郎
神宗万历十一年(1583)癸未科录取进士341名，第一甲第一名为朱国祚。此科进士后来出了叶向高、方从哲等一批名人。
朱国祚，字兆隆，秀水(今浙江嘉兴)人。他的家世和中状元前的经历，于史无征。中状元后，按照惯例，他被授予翰林院修撰的官位，掌修国史。进官为洗马，成为东宫官员之一。当时，神宗还未立皇太子。长子朱常洛，生母是个宫女，不为神宗所宠，故朱常洛迟迟捞不到皇太子的地位，仅称“皇长子”。朱国祚以洗马的身份担任皇长子的侍从官。不久，进官为谕德，掌赞谕道德，侍从文章，是东宫地位较高的官员之一。
朱国祚出任谕德不久，从朝鲜方面传来消息： 日军15万从釜山登陆，很快攻陷王京(今汉城)、开城、平壤，朝鲜遣使向明廷告急求援。神宗君臣认为，日本进军朝鲜，意在中国，遂命宋应昌为经略，李如松为征东提督，统兵4万跨过鸭绿江，入朝援救。明军连战皆胜，日军败退釜山。日相丰臣秀吉不甘心失败，一面假意与中国议和，诱使明军撤兵，一面加紧准备再度出兵。
兵部尚书石星听信慈溪(今浙江宁波西北)人沈惟敬的谎言，力主议和撤兵。朱国祚反对，主张用武力彻底把日军驱逐出朝鲜。他当面诘责石星： “那沈惟敬乃我浙江一个无赖，想从中渔利罢了。石公难道就不想想与日议和是辱国吗?”石星置之不理。
日军经过4年准备，于万历二十五年再次大举入侵朝鲜。石星的议和宣告失败。
神宗皇帝了解朱国祚的远见卓识，万历二十六年，破格提拔他为礼部第二副长官——右侍郎。
当朝天子神宗皇帝荒淫奢侈，致使财政亏空。他派出大批亲信宦官，分赴全国各地充当矿监税使，肆意搜刮民脂民膏。派在湖广一带的税监陈奉暴虐无道，朱国祚致函巡按御史曹楷，命他上疏揭发陈奉的罪状。疏入，神宗大怒，打算把曹楷投进大牢。无奈曹楷所言句句真实，神宗担心逮捕他惹起群臣不满，遂诏令陈奉撤回。
不久，礼部尚书余继登病死，神宗命朱国祚摄理礼部事务。他做出一个重大举动： 敦促立储。
神宗不喜欢长子朱常洛，宠爱郑贵妃生的朱常洵，欲废长立少，群臣反对。于是，神宗索性不立皇储。到万历二十八年，朱常洛年已19，因储位未定，迟迟不能婚娶。朱国祚上疏请定储君，以便及早让朱常洛婚娶。郑贵妃和她的弟弟郑国泰反对立皇储，想把此事再拖一阵，或许会对朱常洵有利。但他们又不敢公开反对，便玩了个花招，由郑国泰上疏，建议先行婚娶，以后再册立皇储。
朱国祚闻讯，上疏直言： “本朝规矩，外戚不得干预国政。册立大典，非国泰所宜言。况且，先婚娶，后册立，婚礼上的仪仗、冠服和各种仪式，都是因名分而定的，有严格的等级区分，一旦失序，名分大乱。国泰之言，违历朝祖制，背皇上明伦，犯天下清议。”不久，朱国祚又上疏道：“册立之事，无延缓之理。开始，说奸臣鼓噪，故推迟; 后群臣都不发话了，又说待嫡子出生; 等中宫久无所生，又说皇长子体弱，待他强壮再册立; 今又说待宫殿建成后再立储。自从三殿失火，朝政都在文华殿办理。此殿行礼即可。近来皇上催人采办珠宝，数额数倍于陛下大婚时所用。群臣都怀疑陛下借口珠宝不够而迟行典礼。陛下诏令采办的珠宝，价值2400万两白银; 而天下赋税收入，一年才白银400万两。若不充国用，不给边需，相当于6年的赋税收入。若一定要等到完成这个数额才举行大礼，恐无时日矣！ ”此疏刚入，他又上第三疏，道： “太祖、成祖、仁宗，即位之初，便立皇储。宣宗、英宗册为皇太子时，年仅2岁; 宪宗、孝宗年仅6岁，陛下也是6岁成为皇太子的。没听说19岁还不册立的! ”
此后，朱国祚又上了数十道奏疏，力请立储。
第二年，即万历二十九年十月十五日，神宗下诏立朱常洛为皇太子。
持续15年的立储之争终于结束。
事后，朱国祚升为礼部第一副长官——左侍郎。不久，改任吏部左侍郎，负责官吏铨选。
朱国祚好喝酒，有时醉了，不免做出一些有失体面的举动。御史汤兆京弹劾他纵酒失仪。神宗没有过问。朱国祚却深深自责，借口有病，辞官回了故乡。
二、出为内阁大学士
万历四十八年七月二十一日，神宗皇帝驾崩。八月初一，皇太子朱常洛即位，改元“泰昌”，是为光宗。
光宗做皇长子时，朱国祚是他的洗马、侍班官; 他立为皇太子，朱国祚立过汗马之功。光宗没忘这份情谊，即位后便下诏，擢拜朱国祚为礼部尚书兼内阁大学士，入阁参预机要。朱国祚欣然接诏，准备择日赴任。
朱国祚还未上路，光宗便大病缠身。八月二十日，最后一次临朝，便卧病不起。九月初一，他坐天下刚好一个月，便一命归天。
朱国祚对光宗之死，极为悲痛，暂缓入京。
九月初六，光宗长子朱由校即皇帝位，以明年为天启元年(1621)，是为熹宗。
天启元年六月，朱国祚至京，出任礼部尚书兼东阁大学士。不久，加官太子太保，由东阁大学士进为文渊阁大学士。当时，内阁中已有叶向高、韩、何宗彦3位大学士。不久，增补史继偕入阁。
内阁5人中，朱国祚排名第4，但深为同僚器重。他为人清廉，言行谨慎，宽以待人。都御史邹元标入宫讲经，在讲堂上跌倒，熹宗遣人去内阁问是何故，朱国祚说： “元标在先朝直言进谏，受了廷杖，故腿脚不好。”熹宗闻言，对邹元标格外礼敬。刑部尚书王纪遭魏忠贤迫害，朱国祚多方营救。这位王纪曾在礼部做过侍郎，因事与朱国祚闹过别扭。
熹宗朝党争激烈，东林党与阉党势不两立。熹宗是东林党人杨涟等拥立的，东林党势盛。内阁之中，首辅叶向高和武英殿大学士韩
都是东林党中坚人物。为了削弱东林党的势力，在阉党头子魏忠贤策划下，天启三年正月，顾秉谦、朱延禧、魏广微、朱国祯4人入阁参预要务。4人中，顾秉谦、魏广微都是阉党人物。这样，内阁大臣多达9人，内阁至不能容。9人中，东林党和阉党各有代表人物，明争暗斗。
朱国祚不倒向任何一党，但夹在两党之间，要左右逢源是不可能的。朱国祚感到压力太大。天启三年，他进官太子太保、户部尚书、武英殿大学士后，便连上13道奏疏，乞求辞官，回家养病。熹宗诏加太子少傅，让他乘坐驿站的车马回乡。
第二年，朱国祚因病不治而亡。熹宗诏赠太子太傅，谥号“文恪”。
三、千古流芳的诗篇
朱国祚有文才，诗写得很好。清人沈德潜、周准合编《明诗别裁集》，按“始端宗旨，继审规格，终流神韵”的标准编选明代340个诗人各种题材诗歌1020首，入选朱国祚3首。第一首《经宁庶人废苑》，诗云：
吴濞何知反，刘安但自尊。
鱼盐时不利，鸡犬尔焉存?
俘已儒臣获，军犹镇国屯。
白头遗老在，尚说献王孙。
第二首《西山谒景皇帝陵》。“景皇帝”指明代宗朱祁钰。土木堡之变，英宗被俘，他的堂弟朱祁钰在群臣拥戴下监国，不久即皇帝位。英宗被放回后，乘朱祁钰罹病，在石亨等人策划下复辟，朱祁钰被废为成都王，不久死去。成化十一年，荆门(今属湖北)训导高瑶上疏，建议追谥朱祁钰，遂追谥为“景帝”。朱国祚诗云：
戾园凄断白杨风，黄瓦今看天寿同。
北狩专驰通问使，南还偏赏夺门功。
若教守土盟城下，安得蒙尘返域中?
多少谏臣司耳目，昌言翻赖校官忠。
第三首名《恭谒庆陵作》。庆陵是明光宗朱常洛的陵墓。
朱国祚诗云：
讲幄频趋鹤
深，重来就日惨棠阴。
十年始受东朝册，一月真倾下土心。
视榷尽收中使节，披沙罢采
人金。
最愁日历书难既，龙去乌号涕不禁。
