徐元文，字公肃，号立斋，生于明崇祯七年(1634)九月二十八日，死于康熙三十年(1691)闰七月二十七日，享年68岁。先祖居住苏州常熟(今属江苏)，九世祖(一说八世祖)徐良始迁昆山(今属江苏)。曾祖父是万历年间进士，官至太仆寺少卿。祖父和父亲都是贡生，母亲是昆山顾家的女儿。徐元文与哥哥徐乾学、弟弟徐秉义都是进士，在当时很有名望，号称“昆山三徐”。
一、少年得志侍奉君前
徐元文少年时代就非常喜欢读书学习，14岁时经考试被录取为生员。他所读的书以六经(即《诗》、《书》、《礼》、《易》、《春秋》、《乐》)为主，也常读诸子百家着作，力求明了事理，经世致用。对“举子家言”，则有选择地去读。当时昆山所在吴中地区，继承明末东林党复社的遗风，盛行以文结社。徐元文兄弟相约组织文社，命名为“慎文”。他们厌恶时俗曲薄，提倡古学，一时间，纷纷效仿徐氏兄弟文风。
顺治十一年(1654)，徐元文在乡试中考中举人。顺治十六年(1659)，殿试高中进士第1名。当时，他才21岁。顺治皇帝在乾清门召见徐元文，对他抚慰有加。回宫后，福临高兴地对孝庄皇太后说： “今年我大清得了一位好状元。”下旨赐予徐元文冠带、蟒服，任命为翰林院修撰。
徐元文在翰林院任职期间，多次被顺治皇帝召见。有一次，他扈从顺治皇帝到西苑，顺治皇帝特赐他乘坐御马。他特意写下“空传枚马金门侍，只倚雕虫事武皇”的诗句，以记此事。有一天，徐元文随顺治皇帝造访僧
蕉园方丈，向方丈请教佛家典籍，事后，徐元文对方丈没有表示谢意。顺治皇帝没有难为他，说： “此人大有见解，他当状元是朕亲自选拔的。”
翰林院日常事务简略，徐元文利用空闲时间研究学问。他不但钻研诗文，且努力通晓历史，求本探源，总结可以借鉴的历史经验。
二、主持学政请废捐纳
自清初以来，江南地区拖欠钱粮现象一直非常严重。康熙初年，皇帝责成当地巡抚、按察使严加查办。江宁巡抚朱国治细加勘查，得出一个数字： 苏州(今属江苏)、松江(今属上海)、常州(今属江苏)、镇江(今属江苏)4府，未交齐钱粮的文武官绅共计13517名。徐元文也在其列。依照惯例，对徐元文应予以处罚，降职调任銮仪卫。徐元文以此事为借口请假回家，分辩原委。经过4年时间，事情终于澄清，才恢复原职。康熙八年(1669)，徐元文充任陕西乡试主考官，注意选拔人才，被录取的多数是政治上无所攀援，出身于下层的地主阶级知识分子或贫寒之士，在陕西很有影响。有人这样说： “陕西士子刻苦读书，从徐元文主持乡试开始。”
康熙九年，徐元文升任国子监祭酒，充任经筵讲官。他感慨学校废弛，毅然以师道自任。他认为： “自古人才盛衰，全看学校兴废。汉唐以来，太学子弟都是认真选拔、精心培育的，所以人才辈出。清自开国以来，推行尚文皇道政策，但是每年入太学的，除了官荫以外，只有缴纳贡品一条途径，由府、州、县学推荐入监的学生寥寥无几，而且多为年齿颓废之人，所以难于成才。”他请求按照顺治八年和十一年旧例，让各省两年或三五年推举一批优等生，选送品学兼优的青少年入太学。并请求按照顺治时的办法，各置省乡试，取副榜生若干名送入太学。这样，各地才智出众的学士集聚太学，对培养经世致用的人才大有好处。他的建议被采纳，并颁布实施。对于捐纳一事，徐元文说那是因为平定“三藩”(吴三桂、尚可喜之子尚之信、耿精忠)叛乱所需军饷既多又急，朝廷迫不得已采取的权宜之计。他请求等到收复云南后，立即降诏停止捐纳。他指出捐纳造成四大弊端： (1)官府养士育才没有比质量更重要的，捐纳却造成官员平庸冗杂。(2)由官府主持的考试是入太学的正途，学习期满考取太学，必须学习3门科目，用9年时间。而捐纳者不计年限，随捐随考。这就形成对依靠正途考取的学士严厉苛刻，而对捐纳入太学者优先照顾。这样，势必“沮寒士攻苦之心，长富儿骄惰之气”。(3)质量观念和考取方式已经混乱，又没有把不称职的差等生革除的先例，考课难以进行，学习之风日益淡薄。(4)历年来吏部考核官员，授予职衔，需要派任州县助理方面的职员不少于数千人。现在考取途径积弊很多，补缺授职遥遥无期。可是，一经授职，就会着官服，坐车乘轿，一副官太爷模样，招摇乡里。这样选官制度混乱，朝政实在让人忧虑。疏上，皇帝令吏部商议，最后决定：捐纳之事“自河工外，得一切停止”。
徐元文任国子监祭酒4年，各种规章制度认真遵守执行，端正了学风。他还同其他学者一起致力于教授众监生。徐元文举止文雅端庄，学识广博，讲解流畅明了，声音宏亮，学生们都很敬佩。他离开国子监以后，康熙皇帝对群臣说：“徐元文为祭酒，条规严肃，满族子弟不认真学习的，也一定加以斥责，甚至鞭挞，至今监生们还畏服他。以后难得这样的人了。”
三、伴驾侍读君臣切磋
康熙十三年(1674)五月，徐元文升任内阁学士兼礼部侍郎，重修《太宗实录》副总裁。第二年四月，改任翰林院掌院学士，兼礼部侍郎，充任日讲起居注官。每天在弘德殿进讲，颇受康熙皇帝赞许。
熊赐履任经筵讲官时，“非尧舜之道不讲，非儒家经典不言”。他盛誉孔孟程朱之学，视为思维和行为的准则。这时康熙皇帝22岁，讲官谈论的儒家学说，已不能满足他的要求，他很想知晓历代王朝成败得失的经验教训。他对讲官们说：“朕孜孜不倦求学的目的，无非是想明白义理，对治国有所帮助。朕学过的道理很希望能实践一下; 仅仅玄谈义理，不是朕所追求的。”有一天，康熙皇帝对徐元文说： “《四书》屡经讲解，已通晓文义。《资治通鉴》详细地记载前代得失，很有裨于治国理民，应与《四书》搀杂讲解。”于是，徐元文从《通鉴纲目》中选择那些有关国君的品德，治国理民的方式的事例，让翰林院分别撰写讲章，他亲自审订，按照顺序为康熙皇帝讲读。聪明好学的康熙皇帝仍不满足，便规定讲官讲完以后，他也讲解一番，相互切磋，徐元文很高兴。他进讲时，采用先儒的评论，加上自己的看法，推理发挥，务求重点突出，观点鲜明，结合现实问题立论。这一年的经筵讲读结束后，徐元文把讲义呈给康熙皇帝，希望皇上经常浏览，进一步体会。康熙皇帝对于徐元文等人讲授的《通鉴》非常满意，称赞他们所讲各章精当详细，对于他的学问和处理政务都有很大帮助。为了表达尊师重教，特令徐元文等讲官进讲结束，免于行礼。
康熙十五年冬，徐元文母亲去世，去官服丧。康熙十八年，设立史局。二月，徐元文丧服尚未满，康熙皇帝诏令他出任《明史》监修总裁官。他到任后，请求征购民间遗书文献，推荐李清、黄宗羲、曹溶、汪懋麟、万言等共同编纂，吏部没有批准。最后，康熙皇帝下诏批准他的建议。李清、黄宗羲、曹溶3人年事已高，没能参编。
康熙十九年，徐元文升为都察院左都御史，兼经筵讲官。受命任职那天，他到乾清门谢恩，康熙皇帝降旨嘉奖讲解之功，赐手迹3幅，其中一幅是“鸢飞鱼跃”。
四、直言敢谏蒙君嘉许
徐元文在中央官署任职，遇事敢言，从不阿谀奉承。有一次，朝中举行九卿会议推举江西按察使人选，有人推举兴泉道张仲举，御史唐朝彝宣扬说，张仲举在福建没有做出好的成绩。九卿准备弹劾唐朝彝，副都御史李仙根、给事中李宗孔两人不愿签名，于是连这两人一起弹劾。经吏部商议，把李仙根、李宗孔降五级调用，将唐朝彝革职。康熙皇帝认为处分太重。徐元文上奏说： 九卿会议推举人选，本是朝廷中正当的讨论，大家各抒己见，怎能怕有分歧呢?现在因意见不一致，就对他们如此处分，如果所推举的不是有才能的人，那谁还敢提出驳议与更正意见呢?而且从原则上讲通过科举途径考中可以成为后备官员的，在公布名单时，必须全部列上，在讨论推举官员时，应当允许对所推举者提出相反的意见。如果任凭一二名势力大且强暴者对持反对意见的人妄加抨击，众人只能随声附和。这样的话，后果不堪设想。康熙认为有道理，应对他们免予处分。徐元文再一次上奏说： “凡是免予处分的，都是有罪之人。唐朝彝等人却是无罪之人，如果圣旨只说不必处分，就周全多了。”康熙同意。
当时三藩之乱即将平定，吴三桂的几十万叛军陆续投降，如何处置，关系重大。徐元文上疏说： “对于受胁迫而参与叛乱的人，应格外施恩宽赦，允许他们悔过自新。如果让他们留在云南，却不是长久之计; 移调到其他地方又耗资巨大; 如果改换将领，会导致兵将互相猜疑，终将留下隐患; 划归各旗，又怕难以管理，所以应该区别对待。凡是可以留用的，应该与绿营、八旗将士一样录用，剩下的一律遣散为民，由各道安置，参加生产。这样既可以减少俸饷开支，军需用品也可以逐渐宽裕。至于耿精忠、尚之信、孙延龄的老部下与嫡系，尤其应予解散，决不能让他们仍用藩旗的名目。三藩作乱期间，受害严重的是广东、福建、云南、贵州等省，叛贼在这些省份广征关税、贸易税，加重盐税，圈占了大量土地，无恶不做。现在，三藩已相继消灭，他们占夺民利破坏国政的事却由来已久。现在，朝廷大军势如雷霆，该处百姓渴望早日救他们于水火之中。应当先发布敕令，命令将军、总督、巡抚自进入贼境之日，马上废除以往所有的苛政。”康熙皇帝对这些建议很赞赏，下令讨论实行。
三藩之乱平定以后，有的大臣对康熙皇帝歌功颂德，请求登封泰山，徐元文独持反对意见。他认为国家当务之急，不是搞那些礼仪活动，而是“振纲纪”、“核名实”、“崇清议”、“厉廉耻”，乘此武定功成之时，应该明白告谕大小官员，清除疑虑，共成千秋大业。革除沿袭下来的苟且积习。不要安于现状，要奋发进取。疏文写好后，同僚们觉得言辞太直，劝他不要上奏。徐元文却坚持己见，毅然上奏。康熙皇帝对徐元文的建议颇为称赞，认为是合理的。于是，登封泰山被免除了。
清朝初期曾经多次下令清查大户人家隐占土地，来充裕国家税收。规定： 凡查出隐占田地的人户，或充军，或下狱。州县官吏为了升级进爵，捏造事实上报，以冒领功俸，这种现象不断出现，造成极大危害。徐元文通过查访得知，隰州蒲县(今属山西)庠生王命新、曹大明被迫出卖子女，廪生贾松平竟把自己卖到平阳军营，夫妇同去服役，来交纳赋税。他极力陈述清查隐占田亩案，在具体实施中的弊端，说： “有些土地，本来就是无主的，并不是人们有意隐占不报。地方官吏谎称是诡诈的人隐占，错误地依靠惩罚人来解决问题，实际上是把无主之地强行摊派，然后借此搜刮钱财，敲诈勒索。这种做法已沿袭多年，百姓不堪其苦，许多人举家逃亡。这样做名义上给国家增加粮产，实际上是虚耗粮产; 名义上是清除弊端，实际上这才是弊端的根源。”徐元文请求进行整治： “凡是以前假报的，实行自己检讨、主动坦白和互相检举，这些姑且予以宽免。始终掩盖不讲实情的，应加重治罪。”
徐元文任左副都御史3年，兢兢业业致力于重振纲纪，整顿吏治。关系到八旗之内的事，众人大多退缩畏惧，不敢直言，惟独徐元文敢于讲话，敢于坚持自己的主张。先后上奏弹劾福建总督姚启圣纵恣谲诈，妒功喜能; 浙江副都统高国相纵兵虐民，两淮巡盐御史徇私包庇贪官。将军马哈达提出民间有很多隐名逃亡的人，请求自行拘捕，不移交地方衙门。徐元文认为不能这样。他说： 文武兵民的划分，历来如此，现在以拘捕窝藏的逃犯为名，辗转倾害，必将扰民。满员大臣主张，应当命令以将军为主和督抚共同协商去处理。徐元文认为： 这样仍然是将军为政，应当以督抚为主会同将军去处理。双方争论不已。最后，康熙皇帝听从徐元文的主张。
徐元文认为，吏治清明首先要严格官吏选拔。清朝初年连年用兵打仗，国库已告贫匮，于是实行捐纳授官。凡是捐纳做官的人，任期满3年以后，称职的给予升迁或转任，不称职的则予以罢免。后来又规定3年满期，如果再有捐纳，则一律升迁转任。这样，就造成吏治腐败。那时各部寺院有数千名笔帖文书一类小官，他们一致要求依照旧例捐纳，当个州县官吏。徐元文极力主张不可以这样。有些人惧怕激成事端，主张让步，满员大臣也好言相劝。徐元文和他们争论了3天，对同僚们说： “除此别无他法。若出了事，由我一人承当，决不连累大家。”徐元文的意见最终被采纳。
五、修史撰书任职两部
康熙二十二年(1683)冬，九卿会议推举道员王垓、胡悉宁为湖北按察使。康熙认为两人人才平庸，追问由谁推举。徐元文受到牵连，但他并没有申辩，吏部商议将他降三级调用。康熙二十三年二月，命他专门管理史局，负责监修《明史》。当时，史局已建立5年，但修书未成。既然不参与政事，于是专心修史。他取来纪传稿，考订史实，参用诸家之说，以年为经，以月为纬，亲自编辑。遇有疑难问题，就请来熟知前朝典故的人，虚心求教，细心商榷，经常直到深夜。经过1年努力，完成十分之六七的传记，缮写7卷本纪，撰列传15卷，呈进宫内。关于南明诸王及其史实，是《明史》编纂过程中非常敏感的问题。一些人出于种种顾虑，主张以崇祯十七年(1644)三月明朝覆灭为下限，南明诸位皇帝不必写入。徐元文认为应该写入。他上疏说： “南明福、唐、桂三王的事迹，不能不写，请准许援引《宋史》对益、卫二王和《辽史》对耶律大石的处理为例子，本纪到崇祯皇帝为终止，三王依照附传之例。至于明末各大臣尽忠其主的，考证史实，都应该如实记录下来。”康熙皇帝亲自询问《明史》编纂事宜，徐元文逐条明确回答，康熙皇帝非常满意，批准有关南明问题的处理意见。不久，朝廷决定开馆纂修《大清一统志》，康熙皇帝指示说：“此事必须由徐家兄弟负责组织编修。”于是，任命徐元文为副总裁。二十七年(1688)七月，恢复徐元文原职。复职以后一个月，徐元文连续向康熙皇帝上奏四疏，主张： 禁止科道官员交结督抚大吏; 设置建言牌，轮流奏事; 即刻停止台湾的官贩; 地方知府缺员，应及时由吏部议决，挑选合适人才递补。并弹劾两淮御史陶式至等人。同年十二月，升任刑部尚书。他觉得： 人命关天，各直省案成奏上，有不正确的，平反也不容易。总督巡抚檄行所属，若查纠下来就说已经“妥招”。他认为招供一妥，即人命则不妥了，而各司官员秉公办事勇于负责的很少。他深感在刑部办理事务不容易。10天以后，改任户部尚书。
户部是天下最有油水的场所，历来弊端很多。徐元文到任后，力图刷新办事方法，与尚书鄂尔多等相约澄清部内弊端。主要措施是： 更换各司官吏，严格规章制度，规定各衙门的钱粮要及时核算按时支放，罢去各衙门役满书吏，规定各司事多由满汉官员共同商定。当他发现福建布政司侵吞库银，立即上疏严加盘查。徐元文精明果断，辞复明辨，户部官员十分畏惧，风气焕然一新。
六、涉嫌解职终老故乡
康熙二十八年(1689)五月，徐元文出任文华殿大学士兼翰林院掌院学士。九月，副都御史许三礼。上疏弹劾徐元文的哥哥徐乾学被解除尚书职务后，不是立即回归养老，而是伙同亲家招摇撞骗，贪财纳贿。徐元文入内阁任职后，曾有收贺礼白银5000两之事，导致有“去了徐秦桧，来了徐严嵩”的传谣。徐元文上疏申辩，说许三礼所弹各种事项，全属无根之词，横肆污蔑，这是他忌妒我们三兄弟的才能与职位，才散布流言，想以此置我们于身败名裂之地。同时请求辞职，以表明心迹。
第二年四月，康熙皇帝下诏编修《三朝国史》，以大学士伊桑阿、阿兰泰、徐元文等为总裁官。五月，两江总督傅拉塔上疏弹劾徐元文、徐乾学兄弟及其子侄家人以官为生财之路，公然受贿，扰害地方百姓。傅拉塔弹劾徐元文的奏疏共有12条; 第一，康熙二十八年，徐元文升任大学士，某省巡抚洪之杰为了巴结他，送给徐元文金字大匾一块，上面刻有“瑞协金瓯，泰开王烛”8个大字，还送上贺礼白银1万两。徐元文的儿子徐树本代父收下。第二，原任松江知府赵宁为在朝中找个靠山，特投拜在徐元文门下为徒，并送去白银1000两。徐元文的侄子徐树屏等代为收下。第三，苏州、松江、常州三府购买一批青蓝布，却多支取报销14000两白银，这些钱被洪之杰、赵宁和徐树本瓜分。第四，康熙二十八年，洪之杰经吏部讨论予以革职，康熙皇帝格外施恩，批示将其降职留任，徐元文等却将圣上的大恩归结为他们出力的结果，徐树本收取洪之杰白银2万两的谢礼。第五，徐元文家乡的居民钦涞、钦鼎丞二人因事诉讼，徐元文的侄子徐树敏借机敲诈钦鼎丞1000两白银，由徐家佣人查点收齐。第六，徐元文的儿子徐树声向苏州承天寺敲诈勒索白银1000两，并驱逐寺内众僧，单单留下个别恶僧。第七，徐树本唆使王缉植的母亲控告监生李端匏久不葬亲，敲诈白银400两。第八，徐树屏庇护徐长民，将生员黄中坚的手指殴打折断，并讹诈白银4000两。第九，徐树声等将银钱粮食，于六月份放出去，再于同年十月收回来，利息最低为每两5～ 6钱，对借贷者重利盘剥。贫苦的平民到时不能偿还，徐家就派家人催逼打骂。第十，徐乾学、徐元文将其子侄的田地填入别人名下，以拖欠应交纳的钱粮。第十一，徐乾学致仕回籍养老后，违背朝廷惯例，擅自建造长生祠堂。第十二，徐元文的子侄以及家人往来于苏州，经常轮流更换马吊纸牌，并从中做手脚，借口娱乐，实为赌钱，勒索昆山的知县和船夫，并承揽当地大大小小的衙门案件。徐元文家乡的百姓也纷纷上呈状纸，控告徐乾学及其子侄横行乡里、霸占田地房舍、草菅人命等罪行，也牵连到徐元文。朝廷经过调查认为：人们所揭露的徐家各条罪行属实，虽然多是徐元文的儿子徐树本和侄子徐树屏等及家人所为，徐元文也难辞其咎，应当负一定的责任。七月，康熙皇帝命令： “所奏各款均予从宽处理，赦免对徐元文案件的调查讯问。”并命令徐元文回到家乡养老，不再从事任何政治事务。
徐元文身体一向比较好，自从在史局留任以来，他夜以继日，呕心沥血，纂写修订史书，惟恐有不妥当的地方，因劳累过度时常咳嗽哮喘。后来，担任翰林院掌院学士，充任《政治训典》、《平定三逆方略》、《大清一统志》以及《三朝国史》总裁官，并负责监修《明史》。每天都是晨入阁，午入院，未四鼓即上朝，工作繁重，成绩突出。返回老家的时候，乘船经过临清(今属山东)榷关，关吏喝令停船搜查。即使徐元文夫人的衣物连同炊事用具之类也仔细查看，结果只查出图书数千卷和300两馔金。徐元文性格刚直，从不趋避祸福利害，这次遇到关吏侮辱，愤愤不平，吐血不止。回家以后，他感慨人情万端，世态炎凉，仰天长叹，接连吐血数斗。在家乡仅住了1年，于康熙三十年(1691)七月二十七日去世，终年58岁。
徐元文一生好学，积藏图书近万卷。业余时间专心读书，钻研学问，谢绝客访，还经常亲手校正书籍中讹误的地方，并以此为人生乐事。他对于书写尤其重视，即使便条或小札，也从来没有一个字随意涂抹或写得潦草。一生着述甚丰，现存诗、文、奏疏各若干卷，另有《含经堂集》1部，《明史稿》若干卷。康熙二十八年(1689)《中俄尼布楚条约》签订以后，徐元文撰写《俄罗斯疆界碑记》，刻成碑文，立于格尔必齐河畔。
