一、名门望族
清代，淮河上游支流史河与曲河交汇处，有个固始县(今属河南)，县西南有个鄢店，鄢店东门附近有座很气派的四合院，沿街门楼3间，东西耳房各数间，门前有两根木柱，柱子上面各有一个四方木斗，左柱称“阀”，右柱谓“阅”，两柱相距1丈，叫做“阀阅门”，是世宦门第的标志。皇帝旌表功绩的报条，贴在柱子上，以示荣耀。进大门后是天井，分隔成东园门、西园门和正门3个住宅。这座四合院的主人姓吴名延瑞，乾隆三十一年(1766)第二甲第14名进士，官至广东按察使。吴延瑞住在正中的正房，长子吴湳住在东园，次子吴烜住在西园。进西园后是5间接官厅，厅后是5间堂楼，堂楼后是内宅。吴烜登乾隆五十二年第二甲第27名进士，官至吏部左侍郎。
吴烜有2个儿子，长子吴其彦，嘉庆四年(1799)第二甲第63名进士，官至兵部右侍郎; 次子吴其濬，字季深，一字瀹斋，别号吉兰，乾隆五十四年二月初六生于堂楼东间屋内。
固始鄢店吴氏是名门望族，书香门第。吴延瑞着有《清芬书屋文稿》，吴湳撰有《卧云山房文稿》，吴烜写了《中州文献考》、《读史笔记》等，吴其彦有《藤花书屋遗稿》等。吴其濬深受家学的影响。他5岁那年，母亲许氏对他进行启蒙教育。10岁，拜伯父吴湳为师，就读于临淮书院。吴其濬好学，博览群书，无所不窥。他好胜心强，遇上不懂的问题，千方百计要弄个明白，他后来潜心钻研植物学，就是因为有人问他仙人掌为什么不长叶也不开花，他当时没答上来。
嘉庆五年，父亲吴烜在京为官，12岁的吴其濬随母亲进京，住在北京宣武门外一座府第里。
吴其濬在北京，先是就读于清芬书屋，后考入最高学府国子监，成了一名监生。
嘉庆十五年八月，吴其濬参加顺天乡试中选，名列第31名，成了一名举人。翌年三月，在礼部贡院参加会试，不幸落第。家里出钱，给他捐纳了个内阁中书。内阁中书从七品，在内阁中做文字工作。嘉庆十九年三月，吴其濬再次步入礼部贡院考场，初九、十二、十五日3场考试下来，他仍榜上无名。两次会试皆落选，吴其濬并不气馁，他积极准备，欲在下科会试中再展身手。嘉庆二十二年三月，吴其濬第三次参加会试。这次，他终于考中，成了一名贡士。
这年四月二十一日，科举取士的最高一级考试——殿试在保和殿举行。参加殿试角逐的贡士有255人，吴其濬力挫群雄，一举夺魁，成为清代第73位状元。
这年，吴其濬年二十有九。
当朝天子仁宗御笔亲赐新科状元吴其濬状元匾。吴其濬是位谦逊而俭约的人，他没有像有的状元那样，大兴土木，建造状元府，而是因陋就简地翻盖了一间门楼，以悬挂状元匾。当然，这门楼修得还是很有气派的，青砖灰瓦，古香古色，高大宽敞，丹漆明柱，虎头门环。大门两侧一对青石雕刻的雄狮，巨头卷毛，隆鼻暴眼，阔口含珠，利齿外露。
固始县把吴其濬视为家乡的荣耀，迄今谈及吴其濬，当地人犹引以为豪。
二、仕宦生涯
中状元后，吴其濬入翰林院为修撰，掌修国史。嘉庆二十四年，出任广东乡试正考官。
嘉庆二十五年七月二十五日，仁宗皇帝在承德(今属河北)避暑山庄驾崩。他的次子爱新觉罗·旻宁即位，年号“道光”，是为宣宗。
吴其濬出任《仁宗实录》的纂修官。
不幸的是，道光元年(1821)七月二十一日，老父礼部右侍郎吴烜病死于京城，享年61岁。吴其濬与胞兄兵部右侍郎吴其彦一道，扶灵柩归固始老家，安葬于固始高庙集东南。吴其濬与兄一同在家服丧3年。
父亲死后两年，即道光三年十一月二十八日，胞兄吴其彦病死于固始老家，享年44岁。兄死后两年，即道光五年七月初三，母亲又病亡，吴其濬继续在家服丧。
5年间，3个亲人接连去世，给吴其濬以巨大的打击，他在悲痛中度过了8年。为了转移一下思绪，他开始实现多年来的夙愿——研究植物学。
道光八年，服除，吴其濬入京，继续做翰林院修撰。九年，充日讲起居注官，随从皇帝参加各种政治、礼仪活动，笔录于册。吴其濬成了宣宗的一名近臣。十一年，入南书房，侍从宣宗作文、绘画。十二年，提督湖北学政。十四年回京，擢为东宫的洗马。十五年六月，擢为职司朝祭礼仪的鸿胪寺卿。闰六月，擢为掌内外章奏、封驳和臣民密封申诉的通政司的副使。十六年八月，擢内阁学士兼礼部侍郎衔，这是一次破格提拔， 《清史稿》和《清史列传》称为“超擢”。十七年八月，出任兵部左侍郎，奉命以此官提督江西学政。十二月，调户部右侍郎，留学政任。十九年九月，转户部左侍郎，仍留学政任。
道光二十年九月，宣宗命吴其濬与刑部左侍郎麟魁去查办湖广总督周天爵和候补知县楚镛滥用酷刑、戕害人命一案。
吴其濬、麟魁去了湖广总督衙门所在地江夏(今湖北武汉)。经过十几天的明察暗访，吴其濬、麟魁查明： 周天爵私造“飞禽椅”、“快活凳”、“上绷子”、“猴儿上树”等刑具，让楚镛用这些刑具，逼供犯人。被整治得快要死的犯人，用箩筐盛着，发交县监。周天爵又派楚镛总办盐卡，把一些小商小贩和贫苦老百姓抓起来，戴上铁杆，致死多人。周天爵又委任一个叫韩云邦的办案。韩云邦诬良民为盗，派兵捉拿，百姓不服，聚众抗击，杀伤官兵多人。吴其濬、麟魁将调查结果奏告宣宗。宣宗龙颜大怒，褫夺周天爵、楚镛的官职，流放西北边疆; 湖北巡抚伍长华、布政使孙善宝、按察使林绂也受到惩处，或降官，或革职。
接着，宣宗命吴其濬署理湖广总督，不久，任命他为湖南巡抚。
就在他去长沙(今属湖南)上任的时候，英国资产阶级发动了旨在倾销鸦片的鸦片战争。吴其濬具有强烈的爱国心，痛恨英军的入侵。湖南虽不是抗英前线，但吴其濬仍积极行动，严禁鸦片，缉拿烟贩数十名，收缴烟土650余两，烟具数十件;另一方面，积极组织力量支援抗英前线，代造火箭，委员运去福建打击英军。
尽管鸦片战争以腐败的清王朝战败而结束，但吴其濬是尽了力的。
道光二十一年十一月，吴其濬上疏弹劾千总胡再忠调赴军营时，沿途勒索，纵兵滋扰。宣宗下诏，将胡再忠流放新疆。二十三年正月，崇阳(今属湖北)人钟人杰聚众起义，攻陷崇阳、通城(今属湖北)，兵锋直指巴陵(今湖南岳阳)。吴其濬携官属驰赴巴陵，官兵还未调集起来，便招募一些水手狙击钟人杰等人。官兵抵达，分兵把守临湘(今属湖南)、平江(今属湖南)各要隘，吴其濬移驻湘阳(今属湖南)。钟人杰遣兵2000余人偷袭平江军营，被官兵击溃。二月，湖北官兵收复崇阳、通城，钟人杰被擒，余党逃入湖南，陆续被逮杀。宣宗下诏，褒扬吴其濬等有功人员。
三月，吴其濬以病乞假调理。
围剿钟人杰时，湖南委员在湖北军营出力，一批人立功，获准升任知县。吴其濬上疏说： “军功甄叙人员，系就一时的功绩而获奖赏，仍须察看他们才能的优劣，不宜马上升用，致误地方。”宣宗览奏，大加称赞，说他“认真之至”。
道光二十三年五月，吴其濬调任浙江巡抚。
吴其濬到任1个月，便碰上一桩案子。武冈(今属湖南)人曾如炷聚众拦阻税粮出境，署理知州徐光弼前往查办，被戕杀。吴其濬督兵搜捕，抓获了百余人，按首从依法治罪。吴其濬又奏请在地理位置极为险要的洪严洞设兵卡巡防，防止有人利用洪严洞聚众闹事。
刚处理完曾如炷一案，吴其濬便调任云南巡抚。
道光二十四年，宣宗下诏： “明时开矿的官吏循私舞弊，国家和黎民皆受其害。我朝云南、贵州、四川、广西都有银厂，岁收税银，从无扰累。由此看来，官营不如民办。四省可采之处还多，命各省督抚查看形势，听民采办，不可假手吏胥。”吴其濬接诏，与云贵总督桂良上奏： “云南旧厂现只存15处，加上新开各矿，一年收税白银4万两。查各地矿藏不一，往往发现有矿石，呈请开采，商人、兵丁都招集来了。不久，便因无矿而解散。设厂的地方，其先不过数十人，带着粮食结棚而居，略有所获，四方商贾、百工便纷至沓来，多至万余人。从前，委派矿厂的官员弹压，平决争讼，选诚实的吏胥数人负责文书出纳。官员的薪水，工役的伙食，都有一定规定，并无扰累。可采矿的地方虽多，但也有些不可准许开采的。因为山深林密，汉族和少数民族杂居，有些少数民族人嗜利轻生，动辄与汉人结冤。若再令民人开采银矿，势必劫掠争斗。”宣宗大加称赞。
为了深入了解云南的矿产资源和冶炼技术，他对云南矿藏分布、采矿技术、冶炼工艺、组织管理等进行了深入的研究。
不久，宣宗诏令吴其濬署理云贵总督。
道光二十五年四月，调任福建巡抚。旋调山西巡抚，兼管盐政。二十六年五月，奏告河东盐税短绌，请裁减盐政办公银1万两充抵。宣宗诏准。按规定，实缺知县不准改补教职。吴其濬认为神池(今属山西)知县杨衔才能平常，不能胜任，奏请改任教职。宣宗以吴其濬违例奏请，命吏部议处，后又赦免未究。
鸦片战争后，鸦片走私仍十分猖獗。山西虽然偏僻，也十分严重。吴其濬上疏： “贩卖鸦片、烟土，是违法的。但近来有些不法之徒，伺烟贩经过，纠众抢夺。事发，到了官府才知道罪名甚重，双方都不吐露真情，仅说是寻常抢夺斗殴。此风不刹，轻则恣行械斗，重则酿成盗劫。”他建议严加处置，并嘉奖认真查处的官吏。
这年十二月，吴其濬罹病，上疏引退，宣宗诏准。不久，吴其濬病死，享年58岁。他的遗体安葬在固始县汪棚乡八里松。宣宗下诏： “山西巡抚吴其濬由翰林院修撰入值南书房，累迁至侍郎，外任巡抚。学问渊博，操守清洁，办事认真。闻悉溘然长逝，殊为惋惜！”诏令追加太子太保衔。
吴其濬原聘宋氏，有4男4女。继聘王氏，有两男两女。
三、杰出的植物学家
吴其濬幼年时，一位客人来吴家拜访，看到他家桌子上摆着一盆仙人掌，就问他： “吴公子，为什么仙人掌没叶，也不开花呢?”吴其濬聪颖出众，在这个问题上却无言以对，他深以为耻，发誓研究植物学，这个心愿直到道光二年才得以实现。
道光元年七月二十一日，父吴烜病死。吴其濬与其兄吴其彦扶柩南归。安葬了父亲后，他在家服丧。翌年，他在固始县东买了一片土地，创建了“东墅植物园”。“东墅植物园”距县城约5里，在史河的东岸。史河中多苇，秋时如雪; 两岸人家多以种桃为业，桃树满地，春时若霞。这个植物园是吴其濬植物研究的实验地， 他在园中栽了桃树800株， 柳树3000株，还有菜数亩，对植物进行观察研究。
吴其濬还利用一切时机搜集植物标本，观察和描绘植物的形态，研究它们的生长规律和特性。同时，翻阅大量的文献，特别是乾隆年间编纂的、收录3457种图书、79070卷的皇皇巨着《四库全书》。他把文献中记载的植物分门别类地加以整理，编纂成一部植物学资料汇编—— 《植物名实图考长编》。全书22卷，收录植物830种。他对收录的植物都做了认真的考辨。
在充分研究的基础上，吴其濬编着了在中国植物学史上占有举足轻重地位的《植物名实图考》。
《植物名实图考》突破了历史上各种《本草》着作既收载动物、植物，又收载水、火、土、金、石等药物的模式，只收载植物，成为一部植物学专着。全书收录植物1714种，分谷、蔬、山草、隰草、石草、水草、蔓草、芳草、毒草、群芳、果、木12类，计38卷，是历史上收录植物最多的一部植物学巨着。此书图文并茂，插图1800余幅。
从唐宋起，一些《本草》着作开始绘图谱，如唐代《新修本草》、宋代《图经本草》。其后，多数《本草》都是依葫芦画瓢，互相抄录图谱。由于撰着者对植物的形态并不真正了解，以致张冠李戴，以讹传讹。吴其濬的《植物名实图考》特别重视按植物绘图。他常常随见随绘，哪怕是出巡途中偶然碰见，也一定停步细致地绘下。如《植物名实图考》卷24《毒草·鬼臼》说： “此草生深山中，北人很少见到。……吾在途中，适遇山民担着此草去卖，花叶高大，遂马上图绘下来。”因此， 《植物名实图考》中的图极为精细、准确。如卷24《毒草》中的天南星、魔芋、由跋、半夏皆为天南星科植物，外形十分相似，极易混淆。《植物名实图考》不仅用文字阐明了彼此间的区别，且用7幅插图醒目地绘出了根、茎、叶、花、果实的异同。
《植物名实图考》的重点在于考核植物的名称与实物是否相符，把历代《本草》和其他文献中经常出现的同物异名和同名异物的混淆现象纠正过来。如，宋代大学问家沈括的《梦溪笔谈》将南烛与南天竹混为一谈。吴其濬指出了南烛与南天竹并非一物。现代植物分类学证实了吴其濬的观点，南烛为杜鹃花科南烛属植物，而南天竹为小蘖科南天竹属植物。像这种匡失纠谬，书中比比皆是。
在植物学的研究上，吴其濬奉行实地调查研究为主，参证书本为辅的治学方法。他反对那种只靠“耳食”，忽视“目验”的研究方法。他身居高官，不耻下问，牧童、老农都是他的老师。《植物名实图考》中留下了大量的吴其濬访问牧童、农夫、菜农的记载。
《植物名实图考》在中国植物学史上占有重要地位，被誉为中国古代植物学的顶峰之作，现代植物学的先声一书。它在世界植物学史上也占有突出的地位。光绪六年(1880)，《植物名实图考》浮海东传日本。当时，日本正值明治维新，科学渐兴，日本学者见到此书，如获至宝，奉为经典，推崇备至，甚至到了惟吴是从的程度。德国人贝勒在从事中国植物研究时，以《植物名实图考》为主要参考书，获益匪浅。他还把此书推荐给欧洲林奈学会的许多会员及欧美各国的着名图书馆。1919年，商务印书馆铅印《植物名实图考》，西欧学者竞相求购。
当然，由于时代的限制，吴其濬的《植物名实图考》也有些缺憾。如，条目的叙述详略不一，有的长达数千字，有的仅二三十字; 同一条目，重叠出现; 一些重要的植物没有收录，等等。但瑕不掩瑜，《植物名实图考》一书不愧为世界植物学史上的不朽名着。
四、在矿物学及矿物采冶技术上的贡献
云南是我国矿物资源最丰富的省区之一。道光二十三年，吴其濬调任云南巡抚。在云南不足1年的时间里，他深入矿区考察，翻检《云南通志》及《铜政全书》等典籍，在一个叫徐金生的协助下，写出了《云南矿厂工器图略》和《滇南矿厂舆程图略》两书。这二部着作对云南的矿产资源及矿厂分布做了详细记载，对矿物知识及采矿技术也做了深入探索。
吴其濬认为，开发矿藏，首要的任务是寻找矿苗，找到了矿苗，就可以顺藤摸瓜，找到矿藏。他把矿苗分成5类：
第一类，憨闩。色枯而质轻，无矿。
第二类，蔓山闩。散漫无根，矿藏极少。
第三类，竖生闩。直挂无枝，也无大矿。
第四类，
刀闩。斜挂进山，忽断忽续，一得蓬座，呈刷状，定有大矿。
第五类，大闩。宽厚尺余，横长数丈，石硖坚硬，马牙间错，一时不能得矿，既得之后，必有丰富的矿藏。
他的阐述，进一步丰富了我国的探矿理论。
吴其濬对采矿过程也做了细致的考察，还特约徐金生绘制了精致的图版，生动地描述了采矿的整个场面：
凿洞的工具有铁锤、铁尖、铁凿子等。装运矿石的用具为褡裢形的麻布袋，使用时一头在肩，一头在臀，矿工背驮着麻布袋在洞中爬行。供洞中照明用的叫“亮子”，套在矿工的头上。洞中有通风设施——风柜，还有排水用的竹桶或木桶，实际上是一种利用空气压力和活塞原理的汲水、排水器械。矿井用圆木支撑，断面呈三角形。采矿采取竖井、斜井、平巷等相结合的采掘方式。
吴其濬还详细记述了铜、银、铅等金属的冶炼工艺：
炼铜沿用炉子，以土砌筑，底长、广各2尺余，壁厚约1尺，形状像锅，旁杀渐上，至顶而圆，高可8尺，叫做“甑子”。炼银用罩，有大小二种，大的叫“七星罩”，形状像墓，故又叫“墓门罩”; 小的叫“虾墓罩”，是一种长方形的建筑。鼓风设备是一种长1. 2丈左右的木制风箱，3个人操作，一个时辰一换。
开矿、冶炼是一项复杂的生产和经营活动，要有周密的安排和严格的管理。吴其濬对矿业管理做了全面的阐述。
开矿办厂，首先要准备好粮米油盐和采矿、冶炼的各种物资。对物资的消费，他做了细致的计算，就连照明用的“亮子”需多少油，他都做了计算，说每人每天大约用8两。他强调每人都要各尽其能，各司其职。每个矿洞，设一名管事，负责该矿洞的开采事务。管事之下，设一名“镶头”，即技师，负责指导采矿。矿工轮班作业，每班设一名领班，监督矿工采掘。在冶炼上，要选定炉头，掌管冶炼工艺; 设炭长，负责供应木炭。
矿冶要强化规章制度的建设，做到有法可依。
第一， 开办矿厂， 要履行严格的报批手续，叫做“报呈”。矿厂开业后，要按章纳税，名曰“火票”。上缴的铜、银等必须保证质量，否则，予以经济制裁。
第二，数人合办，开办前须立合同，入股多少，分红多少，都要事先讲清楚。赢利以后，除去工本、税金，余下的按合同分给每一个人。
第三，两家矿工采掘时碰头，设一根圆木为标记，各自折回; 若一家先采，另一家后采，两家挖洞碰头，后采的应让一下先采的; 若一家直挖，另一家横掘，两家不期而遇，设木为记，准许借路行走，或上下分路交行。
第四，采矿必须有安全设施，如通风、支撑等。
吴其濬对矿物采冶技术和管理方法的总结、研究，极大地丰富了我国的采冶与管理理论，他的《云南矿厂工器图略》和《滇南矿厂舆程图略》是中国矿业史和冶金史的不朽之作。这两部书在道光年间刊印后，法国人如获至宝，很快将其译成法文，改名为《云南矿产志》，作为他们了解和掠夺云南矿藏的指南。
五、中医药学家
吴其濬还是位中医药学家，他的《植物名实图考长编》和《植物名实图考》两书，有大量的中药学内容。
吴其濬在研究植物的同时，对药用植物的性味、功能、用法以及采收、炮制、鉴别、产地、栽培等，做了详细阐述。如《植物名实图考长编》卷6“细辛”条，说细辛味辛温，可治疗咳逆、头痛、风湿、痹痛、死肌，生长在华阴山谷中，二月、八月份采掘根须，阴干。吴其濬对若干药用植物补充了前人的说法，或提出新的见解。如，民间往往以党参代人参，吴其濬阐述了二者的异同，又指出党参的功能近似黄芪，可补气健脾，同时告诫人们： 外感之病不可滥用补药。他十分重视对同名异物、同物异名的植物的考证，鉴别真伪。如，从前人们将黄精与玉竹混为一谈，吴其濬经过深入研究，指出二者绝非一物。他在实践中认识到，药物的真伪影响医疗效果，甚或造成人死财空的悲剧。如他说有些郎中把并非柴胡的植物误认为柴胡，用来医治伤寒，致死人命，却相承不悟。为此，他进行了考辨，指出广信柴胡和大柴胡等皆非柴胡。他也指出，有些植物功能相近，可作替代品，如菊叶三七、景天三七都有活血化的功效，可做三七的代用品。这样，就扩大了药用植物资源。
吴其濬还收集民间验方，并做了实验。如蒺藜可治横闷滞气，吴其濬多次实验，证明其确有疗效。
在疾病的防治上，吴其濬倡言预防为主，他认为有些疾病的预防是很容易的，但一旦染上，医治起来就难了。因此，必须加强预防，如椒、姜、葱、蒜可御寒，瓜果、菘、苋菜可除热，常食之可收到预防效果。
吴其濬的中医药学研究，进一步丰富了中国医药学。迄至今日，中医药学家仍十分推重吴其濬，不少人着文发掘、弘扬他的中医药学成就，缅怀他在中医药学上的贡献。
六、独具慧眼的治淮方针
吴其濬的故乡在淮河边上。淮河在古代中国为“四渎”之一。明昌五年(1194)，黄河在阳武(今河南原阳境内)决口，夺淮入海700年。黄河挟带的大量泥沙不断淤积，使淮河干支流的河岸不断垫高，排水不畅，在低洼的中游地区，形成巨大的洪泽湖。每遇汛期，上游来水不能及时排泄，泛滥成灾。吴其濬在家服丧期间，淮河屡成水灾，他辛苦经营的“东墅植物园”也遭破坏。于是，他下决心研究淮河水灾的成因，寻求根治之道。他带着干粮徒步跋涉，考察淮河主流和支流。在掌握了第一手材料的基础上，他写出了《治淮上游论》一文。
自大禹起，中国的治河理论主要是泄，虽有修建陂塘之举，但目的在于蓄水灌溉或补给漕运用水，不见有滞蓄洪水的。吴其濬独具慧眼，提出利用安徽境内两侧湖泊洼地滞蓄洪水的治淮方针： 在这一带修建闸坝，洪水大时，闭闸蓄水，减轻对下游的压力; 待水小时，再开闸放水。
吴其濬这一理论，是治淮理论的巨大飞跃，开辟了一个新的领域。1950年中华人民共和国政务院《关于治理淮河的决定》中，治淮方针便是蓄泄兼筹，利用湖泊洼地滞蓄洪水。实践证明了吴其濬治淮理论的正确性。
当吴其濬撰写《治淮上游论》时，便自信“蓄”的理论的可行性。他尖锐地指斥了以往治淮官员目光短浅，只知在下游的泄水上做文章，没有对淮河进行全面的考察，无人过洪泽湖西行一步，遂使上游蓄水滞洪的有利条件搁置了数百年。
