郑小瑛回国后，回到中央音乐学院指挥系任教。她牢记周总理“回国后为建设祖国多作贡献”的嘱托，踌躇满志地投身工作中。1964年，五一劳动节那天，郑小瑛与中央乐团合作，在音乐厅举行了向祖国汇报演出的首场音乐会，获得圆满成功。
《人民音乐》盛赞郑小瑛：“在一场音乐会中，完美地表现不同时代、不同作曲家、不同风格的作品是不容易的，尤其是在很短的时间内，指挥一支不熟悉的乐队，能够获得这样好的成绩实属难得……”对她的指挥风格评价道：“严谨、细致、准确、谦虚是郑小瑛同志在排练中所表现出来的特点，而在音乐会中给人的印象是稳实、热情、遒劲，对乐曲的解释有深度。从她的指挥技艺和对乐曲的解释以及掌握乐队方面，看得出她很有才华，更重要的是可以看出她创作的严肃态度和刻苦治学的精神。”
1965年，郑小瑛受赵沨院长委派，前往中央实验剧院执棒民族歌剧《阿依古丽》。《阿依古丽》是一部由电影《天山红花》改编的民族歌剧，是描写共产党员女队长阿依古丽教育有落后思想的丈夫，团结群众与反动分子斗争的故事。歌剧院对这部由文化部林默涵副部长亲自挂帅推动的歌剧寄予厚望，期盼它成为用美声唱法的中央歌剧院的“翻身戏”!
作曲家石夫与乌斯满江的音乐以哈萨克民间音乐及柯尔克孜、维吾尔民歌为素材，借鉴西洋歌剧音乐表现手法和传统戏曲板腔体结构原则进行创作，有鲜明的哈萨克民族风格。剧中阿依古丽的音乐主题贯穿全剧，还成功地运用了重唱、合唱和管弦乐队，增强了歌剧的艺术表现力。
一个歌剧指挥只有在服从戏剧主题的前提下，与导演、演员共同探讨沟通各自的创作意图，才能取得成功。这部歌剧的音乐有相当的交响性，指挥者有很大的发挥空间。有机会把自己的学习成果用于实践，这怎不让郑小瑛为之心情振奋，备受鼓舞!
郑小瑛在仔细研究剧本、熟读总谱后，她一面帮助导演和演员熟悉乐谱，进行音乐作业，逐场逐段反复排练，贯彻她的音乐处理意图，一面和大家一起研究如何才能更准确地表达编剧和作曲家的思想。在歌唱和乐队部分都分别练好后，再进行坐唱合乐，然后才是分场合乐、连排和彩排。
当时，歌剧院只有一支50多人双管编制的中型乐队，没有人会演奏民族乐器。可是为了表现哈萨克风味，全体铜管乐手克服了用指甲弹拨造成的伤痛，学会了演奏冬不拉，保证了音乐的民族风格。
郑小瑛回国后指挥的第一部歌剧《阿依古丽》终场大合唱
《阿依古丽》一经公演，在观众和音乐界引起强烈轰动，反响热烈。对于第一次在国内亮相指挥歌剧的郑小瑛，国内众多媒体评论说，“指挥指法美妙，细腻”，“指挥风格热情奔放，严谨细腻，颇有深度”。
1966年春，《阿依古丽》在广交会和深圳巡演。许多热情的香港观众听说是从苏联留学归来的中国第一位歌剧、交响乐女指挥执棒该剧，慕名而来，都想一睹这位女指挥家的风采，演出盛况空前。
香港著名的《大公报》在《中国第一位歌剧女指挥》一文中，对郑小瑛做了详细介绍;《文汇报》更是不惜笔墨，盛赞“郑小瑛指挥得有气魄、有深度、有激情。具有大将风度，使观众惊佩、赞叹!”还有的香港媒体用剧中台词“谁说母雁领头飞不远”作标题，惊叹这位女指挥的“大将风度”。《阿依古丽》在全国公演二十余场，社会各界给予了广泛关注和好评。
郑小瑛看到歌剧在中国刚刚启蒙就已露出可喜的发展态势，她也想在人生的黄金时期做出一番成就，让更多的人了解这一“音乐艺术皇冠上的明珠”的魅力。不曾想，一场突如其来的政治风暴席卷全国，冷酷地折断了她的音乐理想，摧毁了她欲为之奋斗的歌剧之梦。
“文化大革命”开始，音乐学院也停课闹革命，许多国内外知名的老教授，被戴上了“反动权威”“牛鬼蛇神”等帽子受到批斗。被观众喜爱与盛赞的《阿依古丽》被说成是“贬低毛泽东思想，歪曲贫下中农形象的大毒草”，西洋歌剧被说成是“封资修”，遭到批判。
音乐学院的教学和演出工作处于瘫痪，琴房被封，“红卫兵”批斗的目标不仅放在一些老教授、老艺术家身上，还把钢琴等西洋乐器当成了眼中钉，说是应该统统砸烂的“封、资、修”。郑小瑛的心在滴血，痛心、迷茫与无助像一条绳索，勒得她透不过气来。
在这期间，她以“被解放”的“黑尖子”身份，指挥了一部由年轻人集体创作和演出的《毛主席诗词交响组歌》，这是那个混乱的年代给她留下的最深刻的记忆。青年人以革命激情和专业方式将毛主席诗词用通俗、大众化的音乐形象来演绎，符合她的音乐理想。演出受到了众多年轻人的欢迎。
郑小瑛和音乐学院的全体师生，被下放到河北省定县清风店的38军接受“再教育”。部队官兵对他们这群音乐家很是欢迎，在接受“再教育”进行“大批判”的同时，也让他们下连队搞一些演出活动。
在部队领导的支持下，郑小瑛在连队里开设了音乐课堂，举办指挥班，演出储望华和陈培勋创作的钢琴协奏曲《国际歌颂》，排练“革命样板戏”交响乐《沙家浜》和钢琴协奏曲《黄河》。下到连队和三线的兵工厂演出时，感受着战士们和工人们高涨的情绪，听到大家热烈的掌声，看到幸福洋溢的笑脸，郑小瑛百感交集。
还能拿起指挥棒，还能够演出，在那个年代，对把音乐艺术视为生命的郑小瑛来说，多少感到一丝安慰。
1972年，总政歌舞团想调郑小瑛去担任指挥，被领导全国的文艺组注意到了，于是作为样板团领导的钱浩亮马上抢先一步，将郑小瑛等几人调到了中国京剧团乐队，不容分说，由军代表把他们直接从部队带走。
被调到中国京剧团，这对郑小瑛是一个沉重的打击，她一度认为指挥生涯走到了尽头。因为京剧是什么，自己去那里能干什么，她一点都不清楚，她非常迷茫。可是她一旦进入了角色，就发现了京剧艺术的博大精深。她深有感触地说：“京剧的锣鼓虽然听起来很简单，却非常有表现力，一点不亚于西方管弦乐队演奏的和弦。有时那个小锣‘嘚’一下，把你的心都会勾出来。中国的传统文化非常美妙。”
认识到自己对这项中华民族精品艺术竟一窍不通，这燃起了她积极求知的热情。她虚心向老艺术家求教，汲取我国古典戏曲艺术表演中的精髓与经验，与需要同自己紧密配合的京剧鼓师、琴师们分享自己的知识和建议，尝试西洋指挥技法与京剧表演艺术的有机结合，她的努力很快就获得了京剧界同事们的认同。
这时，全总文工团的青年钢琴演奏员陈佐湟通过钢琴家殷承宗介绍，要来跟她学习指挥。郑小瑛了解到他毕业于中央音乐学院附中钢琴学科，有较好的钢琴演奏及乐理基础，而且思维敏捷，有很好的悟性，欣然义务地收下了这名“入室弟子”。可当时西方经典音乐一律被视为“封资修”，他们上课时只能依靠无声的内心听觉，还生怕被人注意到。但还是被人打了小报告，她被领导叫去批评，说她是“在公家的时间干私活儿”。陈佐湟后来考上了中央音乐学院指挥系，1985年以出色的成绩获得美国密西根大学颁发的第一个乐队指挥音乐艺术博士学位，成为新中国第一个音乐艺术博士。
在此期间，郑小瑛经历了人生最大的悲痛。有一天，她突然接到母亲病危的消息，可第二天剧团有场重要的彩排，她无法向单位请假。在彩排中场休息时，家人才告诉她，母亲已经走了。郑小瑛强忍悲痛，坚持到彩排结束后，才放声大哭了一场。母亲是她生命中最重要的人，她为没有陪母亲走完生命中最后一程，感到既愧疚又无奈。
郑小瑛和同事们顶着压力，把花圈送到群众悼念周恩来总理的天安门广场上
1976年1月8日，当她听到周总理逝世的消息时，泪流满面。周总理的音容笑貌和他的谆谆教导浮现在她的脑海里。虽然样板团得到命令不允许大家去天安门广场悼念周总理，郑小瑛还是顶着压力和几位乐队的同志一起，把一个寄满哀思的花圈送到了人民英雄纪念碑前。虽然天空低垂，残阳如血，当她看到悼念的人群和像森林一般林立的花圈，当她听到悲痛的群众自发地举起拳头，向周总理发出肺腑誓言，她还是从中看到了祖国终将迎来曙光的希望。
在中国京剧团工作的5年中，郑小瑛成功指挥过多出剧目的折子戏，如《杜鹃山》《龙江颂》《夜渡》《红色娘子军》《智取威虎山》等等。她被京剧界的一位老人认为是“学贯中西，能用西洋指挥法指挥京剧的第一人”。她从实践中发现了不少中外歌剧表演艺术的共同规律，丰富了自己的指挥技艺。
1976年10月6日，“四人帮”被打倒，在经历了十年“文革”的沉重灾难之后，祖国和人民终于迎来了历史转折的时刻，郑小瑛也迎来了艺术生命的第二个春天。
激动人心的好消息，不久后便传到郑小瑛耳边。中央歌剧院恢复工作之际，希望郑小瑛能到歌剧院担任指挥，重振歌剧事业。得到消息的那一刻，郑小瑛的心情就像当年冲破种种藩篱赶赴解放区时一样兴奋。
