《明史》体例堪称完善而优于诸史，此已有公论。而其作为一部纪传体官修正史，就其记述有明一代历史而论，则尚有优劣之评。
清人于《明史》，推崇备至，盖因官修而历四代始成书。清代史学家赵翼作《廿二史札记》，于《明史》多有赞誉之文。他总括谈到《明史》的几大优点：一是修纂时间长。“盖阅六十年(按自康熙十八年始计算，至乾隆初刊行止)而后讫事，古来修史未有如此日久而功深者也。”二是动手时间早。“惟其修于康熙时，去前朝未远，见闻尚接，故事迹原委多得其真，非同《后汉书》之修于宋，《晋书》之修于唐，徒据旧人记载而整齐其文也。”三是详于考订。“又经数十年参考订正，或增或删，或离或合，故事益详而文益简。且是非久而后定，执笔者无所徇隐于其间，益可征信，非如元末之修宋、辽、金三史，明初之修《元史》，时日迫促，不暇致详，而潦草完事也。……执笔者不知几经审定而后成篇，此《明史》一书实为近代诸史所不及，非细心默观，不知其精审也。”此三大特点，也便决定了 《明史》优胜之处。
清人对《明史》的评价，固然有其道理。但近世史家普遍认为，这是出于“清人对《明史》例不敢议”，“正所谓其不敢贬斥者也。”“当清世为史学者，又皆以尊重朝廷之故，专就《明史》中优点而表扬之。”然而，其实清人对《明史》之缺失自然亦有所见，赵翼《廿二史札记》中已有所表述，而近人对《明史》 的评价，更为公允，兹就诸人之论，简述于下。
1. 《明史》 的史料价值
《明史》成书时间最长，一方面固然由于清初形势所定，同时也说明其搜集史料，考订撰写之艰难。
《明史》史料之来源，已见前述，赵翼所谓，“惟其修于康熙时，去前朝未远，见闻尚接，故事迹原委多得其真。”而《明史》实始修于顺治二年(1645)，则去明朝更近，甚至尚有南明诸朝并存。赵翼言不及此，一是顺治中并未认真修史，二是要避南明事迹不谈。然而实际上顺治中已着手于史料的收集。
清初开局修《明史》，确距明亡未远，但有明一代270余年，则即使以顺治初修计算，与明初亦有200多年之遥，所谓“见闻相接”，只能是明末之事，大约在万历以后。因此，清初修史诸人，从一开始便注重于史料收集。如汤斌于顺治中与修《明史》时，便建言广搜野乘遗书。到康熙中大批人才入馆修史，对史料的搜集和使用也就更上一筹。
就其史料价值而言，总的来看，《明史》是一部史料价值较高的正史。《明史》的修纂，带有遗民修史的味道。如大史家万斯同，系明末清初着名学者黄宗羲弟子，被聘为《明史》总审定稿之人，但他只同意以“布衣”参加修史，不署衔，不受俸，完全是一种遗民立场。修史者的这种立场，也就使得他们在修史过程中，尽量保留明代历史内容，以寄托遗民思故国之情感。
明初历史，时隔久远，修史时尽量照顾历史脉络，存其真貌。如明代野史记有徐达病故之事，称徐达有背疽，最忌食鹅肉，明太祖朱元璋赐之蒸鹅，徐达流涕食之，遂卒。后世史家多认为是无稽之谈。刘基之死，则《诚意伯文集》中记有太祖圣谕之言，归罪于左丞相胡惟庸，“并谓其毒基至死云”。徐达、刘基之见忌见猜，明人野史俱有所言，虽不可尽信，亦绝非止无稽之谈。《明史》徐达、刘基二传中却只记太祖对二人始终恩礼，毫无纤芥之疑。这是因为史官们感到明初功臣多不保全，像徐达、刘基这样能保始终，已属仅有之事，因此而未加微词。而同时对徐达、刘基见猜忌之说，亦非全部加以掩饰。同书《李仕鲁传》中便有刘基、徐达见忌之语。这也是一种记史的方法。这种情况在《明史》中非止一例。因此，《明史》中的记述，有时可以达到自证的效果。如建文逊国之事，《恭闵帝本纪》记：“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。”既言不知所终，又言出帝后尸而葬，是存疑于此。其后又称：“或云帝由地道出亡。”但下文举正统间僧人杨行祥诡称建文帝之事。“自后滇、黔、巴、蜀间，相传有帝为僧时往来迹。”则又将出亡事作传闻而记。然记建文逊国事，非止此而已。《明史》卷304《郑和传》记： “成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之。”卷169《胡��传》：“传言建文蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈，浮海下西洋。”又遗胡��，“遍行天下州郡乡邑，隐察建文帝安在。”而卷118《谷王朱橞传》记谷王言： “往年我开金川门出建文君，今在邸中。我将为申大义，事发有日矣。”谷王虽欲以此言欺蔽众人，但其身为金川门之变当事人，亦造此言，足见建文帝并非焚死宫中。
在建文逊国一事上，《明史》的记述亦有其变化的。近代史学家孟森(心史)先生作有《万季野明史稿辨诬》，其中谈到《明史》旧本与今所见通行本的不同记述。旧本作建文焚死说，并传此说之定于万斯同。民初修《清史》，《万斯同传》稿中专记此事一则。孟森先生在驳斥此说定于万氏的同时，指出关于建文自焚的断论取决于清初政治之需，“朱三太子之案，至康熙四十八年乃结。明明崇祯帝之子，坐以诈冒而戮之。馆臣定稿，正在天下汹汹，传有朱三太子之日。清廷必以朱三太子为妄传，以安人心，且便于弋获之后，可以假冒定谳，以除所忌。其用意与明成祖之对建文同。故于修《明史》而及建文，亦必主张建文为焚死，以见失国之君主或其子孙，断无能隐遁在野之理。馆臣可有此希旨之举，季野先生必无此媚世之心也。”但是，到乾隆四十二年(1777)，诏改《明史本纪》时，“去朱三太子事已远，既不虑天下复有思明之人，亦不虑明复有系天下之望的裔。”于是将文字改为存疑之说。由此亦可知一代修史之艰难。
再如记于谦之死，系因石亨、曹吉祥诬以谋立襄王世子定罪。但《于谦传》中仅记遭石、曹之诬陷，未提谋立之事。因此事为定罪之因，谈及则须辨诬，传文必繁，且与襄王传重复，因此记述于《襄王瞻墡传》中。英宗复辟后，于皇太后阁中见襄王金符。乃因 “土木之变”后，欲召襄王而未果，其符遂留阁中。顿知并非于谦等人于景帝病危时私取符相召，于谦所蒙之冤也就不辨自白。
《明史》之所以有其较高的史料价值，不仅因其记史求真得体，还因其重于考订。至今能见史馆诸人文集之中尚存考辨文字。
以明太祖朱元璋死后燕王奔丧与否为例，则朱彝尊时有专文辨证，见《曝书亭集·史馆上总裁第四书》：“伏承阁下委撰明文皇帝纪。彝尊本之实录，参之野纪，削繁证谬，屏诬善之辞，拟稿三卷，业上之史馆矣。昨睹同馆所纂《建文帝纪》，具书燕王来朝一事，合之鄙稿，书法相违。彝尊愚暗，非敢露才扬己，暴人之短，惟是史当取信百世，讵可以无为有?故敢述其所闻，复上书于阁下。”下有5段考辨文字，一为建文初燕王入朝之不可信，今所见《恭闵帝纪》已删去此说。二为成祖备礼葬建文之说不可信，今亦不见于本纪。三为天下大师墓之不可信，四为《从亡随笔》之不可信，五为《致身录》之不可信，均辨建文出亡之传闻。朱彝尊的论证，均为修史所采纳。
袁崇焕之被杀，如今人所共知为一大冤案。但在明末清初之际，世人并不知其实情。赵翼《廿二史札记》有《袁崇焕之死》：“袁崇焕之死，今日固共知其冤。而在当时，不惟崇祯帝恨其引我朝兵胁和，(时帝怒甚，欲族诛崇焕，以何如宠申救，免死者三百余口。见《如宠传》。)即举朝之臣，及京城内外，无不訾其卖国者。杨士聪平心而论，亦但言其罪不至此，而不知其所以得祸之由。其所撰《玉堂荟记》云： 己巳之变，当时士马物力足以相当，袁崇焕初至一战，人心甫定。而袁于大珰少所结好，毁言日至，竟罹极刑。乃京师小民亦群以为奸臣卖国，至有啖其肉者，其蜚语皆出自内阉云。可见是时引敌胁和之说已万口一词。士聪虽略知谤言之出自中涓，然究未知中涓何以有此说也。直至我朝修史时，参校《 (清)太宗实录》，始知此事乃我朝设间，谓崇焕密有成约，令所获宦官杨姓者知之，阴纵使去。杨监奔还大内，告于帝，帝深信不疑，遂磔崇焕于市。于是《崇焕传》内有所据依，直书其事，而崇焕之冤始白。使修史时不加详考，则卖国之说久已并为一谈，谁复能辨其诬者。于此可见《明史》立传之详慎。是非功罪，铢黍不淆，真可传信千古也。”
这确实是修史者勤于考订的结果。
2. 《明史》 的缺点
《明史》尽管有较高的史料价值，又称“最为完善”之作。但它作为一部官修的正史，其缺点也是显而易见的。
赵翼作《廿二史札记》，已对《明史》中的缺失有所评论，只是出于对官修正史的顾忌，未敢加贬斥之辞。近世史学家柴德赓教授曾经指出：“如《周延儒之入奸臣传》一题下，应加 ‘不当’二字，才与内容符合，但却从略。‘刘基廖永忠等传’条，下未接‘疏舛’二字，‘乔允升刘之凤二传’下未接 ‘重复’二字，此正所谓其不敢贬斥者也。”(《史籍举要》)赵翼原文虽然委婉，《周延儒之入奸臣传》中亦云： “周延儒不过一庸相耳，以之入《奸臣传》，未免稍过。……此非以甚延儒之恶，转为延儒增其身分也。”《刘基廖永忠等传》一篇，则论其述史之不确。以朱元璋征陈友谅一役，《太祖本纪》记：“戊戌，克安庆。壬寅，次湖口，败友谅于九江，克其城，友谅奔武昌。”《陈友谅传》所记略同。《廖永忠传》加至安庆，破其水寨，遂克安庆。总之皆称先克安庆，后克九江。而《刘基传》中却记，师攻安庆，自旦及暮不下，刘基请径趋江州，捣其巢穴。按此说则江州之陷前，安庆未克。所记不合。与此相类，《张玉传》记东昌之役，成祖被盛庸军包围，力战而出。张玉不知，突出阵中欲救成祖，力战而死。而《朱能传》却称，成祖被围，张玉力战而死，朱能率周长等力战，救成祖出。张玉究竟死于成祖突围前还是突围后，二传所记不合。事虽并非关键，但确为述史不严谨之失漏。
《明史·卓敬传》记卓敬之被杀，称成祖欲活之，但功臣姚广孝与卓敬有隙，从旁进言劝杀。此乃据明人野史杂传，考其史实，广孝实未从成祖之师入南京，亦无从谗杀卓敬。《明史》记建文遗臣之事，为表彰忠义，较多搜罗，野史传闻亦有所采用，难免有误。
四川廖麻子、曹甫起义，曹甫之被杀所记亦有抵牾之处。《洪钟传》记其为廖麻子所杀，《林俊传》则记曹为指挥李荫所擒杀。
《乔允升传》记崇祯在位17年，刑部易尚书17人，并一一列举易人之事。《刘凤之传》中亦有此段文字，并且一字不改照录于传中。此二传一在254卷，一在256卷，相隔只两卷，不及订正。“盖卷帙繁多，纂修诸臣不暇彼此参订也。” (《廿二史札记》)
至于书中此类错误不足之处更多不胜举，故史家多作考证文字。如地理设置，记兰州于成化十三年九月复为州，而实录则记在成化十四年四月复县为州。成都府南江，《明史》作正德十一年置，《大明会典》卷16记为九年添设。如太仆寺之设置，《兵志》中记为设四十牧监。《职官志》、《大明会典》均作“十四牧监”。《兵志》中之“四十牧监”，系承袭《明史稿》中之误。北畿计丁养马，始行于永乐十三年十二月，实录中有记。《明史·兵志》记作十二年，恐为误以月作年，未经核订之故。
《明史·艺文志》史论颇为推崇，然其中失误之处亦不少，前举所录邓名世《古今姓氏书辨证》40卷，乃宋人之作，误入志中。再如所着录陈仁锡《周礼句解》6卷，据考体例文字多剽窃猥杂，系坊贾托名，而非出陈仁锡之手。修志人似未睹原书而录。顾起元《说略》亦同此，《艺文志》作60卷，而顾起元自序记，全书只30卷，志中误记60。再如《艺文志》中着录杨慎《墨池琐录》1卷、《书品》 1卷、《断碑集》4卷，而遗漏《画品》 1卷，估计也是成篇时未及仔细订正之故。
其述史不一之处，尚有表、传之不合。如吴悼王允熥之死，卷103《诸王世表》作永乐十三年卒。卷118《吴王允熥传》则作“永乐十五年卒”。《宰辅年表》汪广详，洪武三年左丞。而《汪广详传》则误记为右丞。李贤天顺元年为吏部右侍郎，则当依《李贤传》为左侍郎。又有志、传不合之处，如 《徐光启传》记所进《日躔历指》 1卷，《艺文志》作4卷，《通率表》1卷，《艺文志》作2卷。均不合。
此类小疵，不胜枚举。以 《明史》300卷之多，虽经修纂日久，难免有失误之处，众人成书，或有顾及不到，在所难免。而《明史》中真正失漏之处不仅在此，而在其有意隐蔽史实。
清初修《明史》，所以有须隐没之事实，即在于清与明本身之关系。其所隐没者有二：一是隐没清未建国前曾臣于明;二是隐没清入关后南明诸朝廷存在之事实。
清朝的发祥，大概与明朝的建立同时。清以肇祖为追尊入太庙之始。肇祖即童猛哥帖木儿。先袭职为元朝万户，后归明朝，授建州左卫指挥，升至都督。清称都督孟特穆，追尊肇祖。据《明太宗实录》所记，明永乐间即有关猛哥帖木儿之记录。近代清史专家孟森(心史)先生曾对清之世系作有考订：“清之初系，为明之建州左卫。始授左卫职之猛哥帖木儿，又因其姑姊妹中，有入明宫为妃嫔者，因内宠之故，至升都督职衔，清实录谓之都督孟特穆。” (《清史讲义》第三章)
建州女真于明代入朝进见、上贡、袭替、改授及与周边之关系活动甚多，但此均清朝发祥后为明朝之臣的明证，为清廷所讳，因此在《明史》中不但不许见建州女真，而且凡是“女真”皆在所讳，“于是女真之服而抚字，叛而征讨，累朝之恩威，诸臣之功过，所系于女真者，一切削除之”。(孟森《明史讲义》第一章)
自古以来，凡于易代之际，以后代修前代之史，关系到新朝与旧朝之处，难免没有曲笔。但是一般来说，大都相涉年代不多，其掩饰之处，读史者也能意会其中缘故，从未有如明朝与清朝这样关系始终，“一隐没而遂及一代史之全部” 者。
凡明朝文武诸臣，曾为督抚镇巡等官者，皆削其在辽之事迹。如王翱、李秉、赵辅、彭谊、程信等人，《明史》中均各有传，但其于建州有抚治或征讨之绩处，《明史》中均略去不述，间有一二语涉及，则不指明为何部落，以何原因启衅，其史实真相，无从观看。再如马文升，以抚安东夷，自着专书记其事，名《抚安东夷记》，书中主要记述成化时女真状况及其与明朝之关系，尤对海西女真多有记述。《明史》卷182《马文升传》亦记其“凡三至辽”之事迹，然读之却并不知其为建州女真之事，文词隐晦，只略述其曾于辽事有功而已。宦官汪直，与马文升不合，欲建功辽事，但其传中亦不作明述。据诸史家考证，《明史》中讳记女真之事，亦有疏忽之处，如《宪宗本纪》及《汪直传》中，有伏当伽一名。伏当伽为其时建州女真一首领名，史官不知伏当伽为何部酋领，漏出其名，反彰其曲笔掩饰之实。
凡是明朝人中所长而必书之事在于建州者，则《明史》中削其人而不为立传。如顾养谦、宦官亦失哈等，因生平活动不可离辽东及建州之事，《明史》中遂无传。此外亦有明显删掉者。如卷257《王洽传》记： “宣大总督王象乾与大同巡抚张宗衡争插汉款战事，……洽及诸执政并主象乾策，定款议。详见《象乾、宗衡传》。”然《明史》无《象乾传》、《宗衡传》。《王象乾传》，万斯同所订《明史列传》中原有传，在卷348，王鸿绪《明史稿》亦有，在卷228。《张宗衡传》则分见两书卷364及卷241。显然为 《明史》定稿时所删。
明初于黑龙江下游设奴儿干都司之事，《明史·地理志》中漏而不述，只见于《兵志》，称： “洪武、永乐间边外归附者，官其长，为都督、都指挥、指挥、千百户、镇抚等官，赐以敕书印记，设都司卫所。”下列： “都司一(奴儿干都司)”，再列卫384。所谓“边外归附者”，即女真各部。至于蒙古、西番，则均直书其名。
《明史》中另一掩饰之处，则为南明诸帝。自崇祯十七年(1644)李自成农民军克北京，随后清军入关，明朝即亡。几乎与清军入北京同时，南京建立弘光朝廷，此后又有隆武朝、绍武朝、永历朝及鲁王监国。永历帝朱由榔于康熙元年 (1662)为吴三桂所杀，或以为此系明亡之时。而孟森先生作《明史》末述《南明之颠沛》，最后有云： “十一月辛卯 (十六日)，鲁王殂于台湾，明亡，时为清康熙三年(1664)。”则此距崇祯之亡，又20年矣。此20年南明之史，《明史》亦予隐讳，不承认其帝号，而将其事记述于诸王传中，以示其仍为诸王而非帝统。
说到清初修史之讳，顺便可以略述清初之文字狱。清初着名文字狱，一为庄氏史案，罹祸者至70余人，死者剖棺锉尸，生者延颈就戮，妻孥极边充军为奴。而观其原书，涉及清室并未有过份讪谤之语，惟于清兵入关之事，直书为“夷氛”、“夷寇”，于“奴酋(奴儿哈赤)”名号，迹未加避讳。而于李成梁传中，称努尔哈赤为成梁所豢养：“已而并杀教场及他矢于阿台城下。他矢子即清太祖也，以幼得不死，留置帐下。”此为清廷所最忌讳之事，庄氏及诸修史之人因遭大祸。此为涉及清入关前史事之文字狱。涉及南明诸帝的着名文字狱有戴名世《南山集》狱。戴名世，字田有，号褐夫，别号忧庵。清康熙间进士，官编修。留心有明一代史事，网罗散佚，走访明季遗老，考求遗事。着《南山集》，用南明永历年号，以存明朝统绪，为左都御史赵申乔所劾，论斩。凡为《南山集》作序者，如方苞等人，均获株谴，达数十人之多。此则为清初又一文字狱大案。由此可知清廷这两大避讳是触及不得的。史官岂敢冒杀身之祸而必书其实?即使有此董狐之风，以清初文禁之严，又岂能留只字于官修史书之中? 隐讳史实固然是 《明史》一大缺失，又是必然结果。
谢国桢先生于明清史籍所知博深，其评论《明史》缺失，共列5点，除“毁灭不利清廷之史实”外，尚有4大点：一、于明初事实记载不翔实。因清廷讳言明朝驱逐蒙古于漠北，亦犹如讳言建州女真于东北臣于明。又因史官为明末降清人士，对明初统治集团内部矛盾，尽略而不愿详记。二、记建文之事，讳言建文出亡，主张焚于火，以示亡国之君无生之理。此亦出清廷之需。三、除李自成、张献忠起义外，其余农民起义，均只见于有关官员列传之中，且极尽歪曲之能事。四、《明史》出于东南文人之手，于江浙文人尤其是东林党人多立佳传。自明嘉靖以后，内阁柄政大臣，多为东南缙绅所操持，一脉相承，当时谓之“传衣钵”。《明史》对党籍中人，言之剌剌不休，与其他方面人物相比，记述不均，因之是非亦难得其平。
此为先辈学者见识，足资后世读史时体验之。
3. 《明史》 在史学史上的地位
在谈述了 《明史》的特点及其缺失之后，如何给予《明史》一个概括的评价呢?前面的评述，基本上还是就其自身内容而论，然而要给《明史》一个总的评价，就不得不把它放到历史中，放到整个中国史学史中去看。
着名史学家白寿彝教授将明清时期划为中国史学史的第五个时期，他说：“明清时期，是中国史学史的第五个时期。它处于中国封建社会的衰老时期。这时，生产力在继续发展，而生产关系却阻碍了生产力的发展。同时，新生产力的发展不够强大，还不能突破封建生产关系的桎梏。这是社会进程的一段微妙时刻，很容易迷惑人，使人给它作偏高或偏低的估计。我们说它衰老，不说它解体，就是说它已经失去了旺盛的生命力，但生命力还是有的，甚至还相当顽强。这种特点反映在史学上，一方面是因循保守气息的充斥，另一方面，是反映时代抗议精神的优秀作品在不断地问世。”( 《中国史学史》叙篇)
在这样一个条件下问世的《明史》与它的编纂者们一样，被打上了深刻的时代烙印。
大学者章炳麟在谈及明末清初浙东史学时说：“自明末有浙东之学。万斯大、斯同兄弟，皆鄞人，师事余姚黄宗羲，称说礼经，杂陈汉宋，而斯同独尊史法。”因此《明史》虽然最后定刊于乾隆间，但并没有完全陷于考据学之风中。白寿彝教授指出：“万斯同、全祖望对《明史》的工作，其兴趣在于保存明代文献，他们也还有清初学者那样的民族思想。”因此，《明史》虽然是二十四史的最后一部，但是它仍然继承了前代诸史的风格，这绝不仅仅表现在体例上，而且表现在述史的追求上。
但是，正如白寿彝教授所指出的时代特点所限，《明史》已无法像前四史那样去体现史家的思想，也无法像其余诸史那样相对少有避讳。史家们的艰难是在史德与现实中找寻出路。尽管如此。《明史》仍不失为一部历史巨着，它的完善是突出的，它的避讳难言是突出的，它反映出的史家们的艰难也是突出的。这也是清初史学的特点。“但这是社会变革中易于遇到的现象，这是社会变革的矛盾运动在史学领域里的反映，有的反映得明显，有的反映得曲折，有的为封建桎梏所紧紧掌握，有的是要挣脱封建桎梏而又苦于力量不足。” (《中国史学史》叙篇)
《明史》是中国封建官修正史的尾声，它同前朝诸史一脉相承。《明史》 以后，中国封建传统正史便走上了日暮途穷的末路。

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