明朝自太祖朱元璋开国至崇祯帝亡国，历16帝，凡276年。这276年中，保存了大量官私修纂史籍、政书、笔记、文集，也保存下大量公文、奏折、档案，这些都成为清修《明史》的依据，兹分述于下。
1. 明代历朝实录及其他官修史书
清初修纂《明史》，史料依据首推历朝实录。实录为历朝官修编年史。明制，皇帝死后即设馆修实录，视为大典，以勋臣充任监修官。如《明太祖实录》即初以曹国公李景隆监修，再命太子少师姚广孝及夏原吉监修。《明太宗实录》、《明仁宗实录》则由英国公张辅、少师蹇义、少保夏原吉监修。自宣德以后，专以勋臣监修，成为定制。
到清初修纂《明史》时，保存下来的明实录共有十三朝实录：
《太祖实录》 (附建文帝事迹) 257卷
《太宗实录》 130卷
《仁宗实录》 10卷
《宣宗实录》 115卷
《英宗实录》 (附景泰帝事迹) 361卷
《宪宗实录》 293卷
《孝宗实录》 224卷
《武宗实录》 197卷
《世宗实录》 566卷
《穆宗实录》 70卷
《神宗实录》 596卷
《光宗实录》 8卷
《熹宗实录》 84卷 (第79卷以后无卷数)
崇祯皇帝因亡国而未修实录。福王建国南京后，以辅臣高弘图之请，议修崇祯朝实录，但福王弘光政权仅一年便倾覆，实录终未修成。到清初修《明史》，万言始搜辑遗史，辑为《崇祯长编》，系据崇祯十七年间朝报而成。
清初史家对明实录最为推崇。万斯同曾说：“吾少馆某氏，其家有列朝实录，吾默识暗诵，未敢有一言一事之遗也。长游四方，从故家求遗书，旁及郡志邑乘杂家志传之文，莫不网罗参互，而要以实录为指归。盖实录者，直载其事与言，而无所增饰者也。因其世以考其事，核其言，而平心察之，则其人之本末，十得八九矣。然言之发或有所由，事之端或有所起，而其流或有所激，则非他书不能具也。凡实录之难详者，吾以他书证之，他书之诬且滥者，吾以所得于实录者裁之。”(钱大昕《潜研堂文集·万先生斯同传》)
当然，明实录作为官修正史是有很大局限性的。以《太祖实录》为例，初修于建文中，明成祖夺位后，感到其中有于己不利之处而下令重修。其后因监修官李景隆等人获罪，又有三修之举，即今我们所见之 《太祖实录》。因此，许多史家对实录也是并不满意的。潘柽章《国史考异》、黄景昉《国史唯疑》、钱谦益《太祖实录辨证》，均对《太祖实录》中错漏隐匿之处作了不少考辨。明人李建泰为何乔远《名山藏》所作序文中曾说：“至考实录所记，止书美而不书刺，书利而不书弊，书朝而不书野，书显而不书微。且也序爵而不复序贤，避功而巧为避罪。文献之不足征久矣。”胡承诺又称：“是实录所不载者，嘉谟嘉猷，无从搜罗，以此观之，实录焉可尽信耶?”(《绎志》卷14《史学编·论实录》)史学家张岱对此持论更激，于有明一代之史，概予否定： “有明一代，国史失诬，家史失谀，野史失臆。故二百八十年，总成一诬妄世界。” ( 《嫏嬛文集》卷1 《石匮书序》)
这些论述，皆有其一定的道理，但明实录无论如何是保留了大量资料，为清初修纂《明史》提供了主要依据。例如《太祖实录》中记兵马司职掌时说：“壬午，诏中书省，命在京兵马指挥司并管市司，每三日一次，校勘街市斛斗、秤尺，稽考牙侩姓名，时其物价。在外府州各城门兵马，一体兼领市司。” (洪武元年十二月壬午条) 以其叙事文简意明，清初修《明史》，《职官志》 中照录此文，一字未改。
除去明实录外，明朝官修的史籍还有《诸司职掌》、《大诰》、《太诰续编》、《大诰三编》、《大诰武臣》、《大明一统志》、《大明律》、《皇明祖训》、《万历起居注》、《万历会计录》、《大明会典》等。其中以《大明会典》最为重要。
《大明会典》是明朝官修的政书，专记有明一代典章制度。《大明会曲》先后修纂过3次。第1次修于弘治年间，由吏部尚书徐溥等奉敕修纂，成书于弘治十五年(1502)。至正德六年(1511)由大学士杨廷和等重校后刊行，由于刊行于正德年间，故称正德《大明会典》，计凡180卷。嘉靖间对正德《大明会典》进行改修，于二十八年 (1549) 修成《续修大明会典》，共53卷。这次续修未曾颁行。到万历中再修《大明会典》，由大学士申时行等于万历十五年修成，称万历《大明会典》，全书228卷。《大明会典》记述了自洪武至万历间的典章制度，附有历年有关事例，是了解明朝制度的重要史籍。
2. 邸报与奏疏
邸报是明朝朝廷各衙门官吏传阅的公文材料，其内容主要是奏章。明清之际着名学者顾炎武曾谈及邸报，说道：“惜昔时邸报，至崇祯十一年方有活板，自此以前并是写本。而中秘所收，乃出涿州之献，岂无意为增损者乎?访问士大夫家有当时旧钞，以俸薪别购一部，择其大关目处，略一对勘，便可知矣。”(《顾亭林文集》卷3《与公肃甥书》)这里“涿州”便指冯铨，冯铨偷毁天启实录一事，前已提及，顾炎武也因此而怀疑其所献邸报有所增损篡改。清初修《明史》，征购邸报为一大事。明末事迹，多载于邸报，而天启实录又不完整，崇祯朝无实录，这段历史就更有赖于邸报上的资料了。康熙十八年(1679)，徐元文奉旨监修总裁《明史》，荐教习贡生万言入馆修史。万言所撰《崇祯长编》便是广为搜集邸报章奏而成。
明朝276年间，还存留有大量的奏疏。按照明朝制度，奏疏分为题本与奏本。题本多用于衙门公事，臣民奏事称奏本，官员在外并自陈己事，亦用奏本。明朝人对这些奏疏也曾进行过整理，辑成奏议集，从而保留了较多可信的第一手资料。
这些奏疏一般可分为3种。
一种是专人奏议，如《商文毅疏稿略》1卷，集明大学士商辂所上奏议。《王端毅公奏议》15卷，集明大学士王恕所上奏议。《关中奏议》10卷，集明大学士杨一清所上奏议。再如何孟春《何文简疏议》10卷，夏言《南宫奏稿》 5卷等。
还有一种是专题奏疏，如潘季驯 《两河经略》4卷，专记万历初年治河之事。再如董其昌辑《神庙留中奏疏汇要》40卷，目录1卷。专记万历一朝之事，并专采当时留中的奏疏，涉及万历一朝国本、藩封、人才、风俗、河渠、食货、吏治、边防等方面内容。明李长春编辑的《大明熹宗达天阐道敦孝笃友章文襄武靖穆庄勤悊皇帝实录》专辑天启间都察院官员奏疏。
第三种是分类奏疏合辑，包括几朝或更长时间，内容更为充实。如明嘉靖、隆庆间张卤所辑《嘉隆疏钞》22卷，将嘉靖、隆庆两朝臣僚奏疏400余篇，分37类辑录。再有明张瀚辑录的 《明疏议辑略》37卷，收录了自明初到嘉靖间奏疏，分为君道、圣学、修省、厘正、纳谏、史职、铨选、考课、财计、赋役、征榷、漕运、荒政、礼仪、律历、陵庙、祀典、制科、学校、武备、征伐、抚治、马政、御边、议狱、屯田、河渠、营缮、风纪、纠劾30门。
这些奏疏成为清修《明史》的重要参考资料，有些着名的奏疏被大量引录到 《明史》之中。
3. 私人所修明史
明代以至明清之际私人所撰明史甚多，也成为清朝官修《明史》的参考。私人所撰之明史，也可分如下几种：
一为纪传体明史，如郑晓 《吾学编》69卷。郑晓，字室甫，海盐人。嘉靖进士。《吾学编》记洪武以来史事，有大政记、建文逊国记，同姓诸王表、传，异姓诸王表、传，直文渊阁诸臣表，两京典诠尚书表，名臣记，逊国臣记，天文述，地理述，三札述，百官述，四夷考，北虏考共14篇。尹守衡《明史窃》、朱国桢《皇明史概》等亦属此类。此外还有专门传记体明史，其最着名者为焦竑《国朝献征录》120卷。焦竑，字弱侯，号澹园，南京人，万历进士。他为翰林院史官，曾与修国史。《国朝献征录》记明初至嘉靖间人物传记，以宗室、戚畹、勋爵、内阁、六卿以下各官为分类，并有孝子、义人、儒林、艺苑等类。其中有辑神道碑、墓志铭，并注碑铭撰人，有极高的史料价值。李贽《续藏书》27卷，也是一部重要的传记体明史。李贽，字宏甫，号卓吾，晋江人，嘉靖举人，是明代着名思想家、史学家。《续藏书》共有明初至万历以前400余人传记，分开国名臣、开国功臣、逊国名臣、靖难名臣、靖难功臣、内阁辅臣、勋封名臣、经济名臣、清正名臣、理学名臣、忠节名臣、孝义名臣、文学名臣、郡县名臣等14类。此外《皇明开国功臣录》、《嘉靖以来内阁首辅传》、《本朝京省人物考》等亦属此类。
二是纪事本末体明史，如高岱《鸿猷录》16卷。高岱，字伯宗，京山人，嘉靖进士。记洪武至嘉靖间用兵之事，共60题，每题均4字，起《龙飞淮甸》，终 《追戮仇鸾》。此外《高庙纪事本末》 亦属此列。
三是编年体明史，如陈建《皇明从信录》40卷。陈建，字廷肇，号清澜，东莞人，嘉靖举人。该书节钞实录，记洪武至正德史事，文简义明，有一定参考价值。薛应旗《宪章录》47卷。薛应旗，字仲常，号方山，武进人。嘉靖进士。《宪章录》上起洪武，下迄正德，依年纪事，为明人所修明代编年史中内容较丰富的一种。此类明人所修明史中，价值最高者当首推明末清初史学家谈迁所着 《国榷》，全书104卷，起元文宗天历元年(1328)，迄于南明弘光元年(1645)。作者深感明实录之类正史多曲笔粉饰之处，故立志修史。初稿成于天启六年(1626)，清顺治初，又补崇祯、弘光两朝事迹。但该稿于顺治四年(1647)被盗。谈迁发愤重修，成于顺治十年(1653)，先后凡用30余年，终成一部明史。该书用力甚勤，确有实录所不及之处。除上述者外，张嘉和《皇明通纪直解》，许重熙《嘉靖以来注略》等亦属此类。
四是专题明史，主要有明代史学家王世贞《弇州山人史料》。该书前编30卷，后编70卷，其中有《锦衣志》、《中官考》、《马政考》、《史乘考误》等。俱为 《明史》纂修者所本。
4. 野史笔记
清初修《明史》，野史笔记也是必不可少的参考资料之一。明朝文人极盛，史学颇失严谨，而野史笔记则颇风行。全祖望曾说，明代野史，不下千家。清初修《明史》，虽不可尽得，却也搜罗备用，与正史互证。明代着名的野史笔记有《水东日记》、《双槐岁钞》、《双溪杂记》、《菽园杂记》、《病逸漫记》、《今言》、《七修类稿》、《松窗梦语》、《五杂俎》、《万历野获编》、《客座赘语》、《涌幢小品》、《典故纪闻》等等，多不胜录。这些野史笔记，虽然内容丰富，但多言少讳，有些涉及清朝统治者忌讳之言，虽能资参考，《明史》 中却很少引用，这是历代修正史的局限所在。
5. 文集
《千顷堂书目》中，着录的明人别集达4900多种，《明史·艺文志》中也收录了1189种，这些文集不仅是清初修《明史》时研究文集作者的资料，也是了解当时历史的重要史料。
着名的明人文集有刘基《诚意伯文集》、宋濂《宋学士文集》、方孝孺《逊志斋集》、金幼孜《金文靖公集》、杨士奇《东里全集》、夏原吉《夏忠靖公集》、李贤《古穰文集》、韩雍《韩襄毅家藏文集》、吴宽《匏翁家藏集》、程敏政《篁墩程先生文集》、李梦阳《空同子集》、何景明《何大复先生集》、陆深《俨山集》、陈献章《白沙集》、王守仁《王文成公集》、崔铣《崔氏洹词》、唐顺之《荆川先生文集》、李攀龙《沧溟集》、归有光《震川先生集》、薛瑄《薛敬轩先生文集》、徐渭《青藤书屋文集》、何心隐《何心隐集》、海瑞《海忠介公集》等。
朱彝尊在史馆时，曾建议凡文集、奏议、图经、传记等书，皆需采访，其中首提文集，是深感文集于修史之必要。《明史》中所列千余种文集，想必当时收集而得。
6. 志书
明代方志及有关制度之志书也甚为丰富，清初史馆中纂修诸人亦常提及，认为是必不可少的史料，尤其于《明史》诸志编修过程中，可补正史之不足。
记典章制度之书主要如娄性《皇明政要》20卷，陈仁锡《皇明世法录》92卷，徐学聚 《国朝典汇》200卷，王圻《续文献通考》254卷，王琼《漕河图志》8卷，何士晋《工部厂库条例》10卷，杨时乔《皇朝马政记》 12卷。
地理方志有严从简《殊域周咨录》24卷，田汝成《西湖游览志》24卷，潘季驯《河防一览》14卷，刘效祖《四镇三关志》12卷，何乔远《闽书》154卷， 何景明 《雍大记》36卷， 王鏊《姑苏志》60卷， 陆《山东通志》40卷，黄瓒《齐鲁通志》 100卷，邹守愚 《河南通志》45卷，包节《陕西行都司志》12卷，王崇古《庄浪漫记》8卷，薛应旗《浙江通志》72卷，林庭㭿《江西通志》37卷，王元正《四川总志》80卷，郭棐《四川通志》36卷，戴璟《广东通志》72卷，杨慎《滇程记》1卷，费信《星槎胜览》2卷，陈诚《西域行程记》2卷，马欢《瀛涯胜览》1卷，黄省曾《西洋朝贡典录》2卷，田汝成《炎徼纪闻》4卷，茅瑞征《象胥录》等。
《明史》编修过程中参据书目之广，诸史官钩索之勤，至今已难求其详。以上所列，不过百里择一，仅见其大体梗概而已。

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