《明史》自开修到刊行，历时将近百年，百年修一史，这实在是罕见之事。那么《明史》的修纂为什么会历时这样长久呢?这主要是由于当时的历史条件所决定的。纵观《明史》 的修纂过程，可以分为3个阶段。
1. 无绩可言的初修阶段
《明史》的正式开馆修纂始于清顺治二年 (1645) 五月初二 (5月26日)。据清顺治朝实录记载，当日以修《明史》总裁官内三院大学士冯铨、洪承畴、李建泰、范文程、刚林、祁充格等奏请，正式设置副总裁官，以学士、侍读学士詹霸等11人充任，并且选定纂修、收掌、誊录官。
此时正值清军入关之初，立足未稳便急于诏修《明史》，其目的是显而易见的。一是以此宣告明朝已亡，而当时南京弘光朝廷正与清朝隔江对抗，修《明史》便是不再承认弘光的南明政权存在。二是以此笼络明朝遗臣，通过纂修《明史》，使那些降清的明朝汉族官员有一种情感上的寄托。
从当时的形势来看，开馆修史的条件是根本不具备的。虽然到五月十五日 (6月8日)清军攻入南京，南明弘光朝廷灭亡，五月二十八日 (6月21日) 清朝政府宣布“平定江南捷音”，但是实际上清军在江南遭到了军民的坚决抵抗，尤其是清政府公布“剃发令”后，更激起江南百姓的抵制。其中着名的战斗有阎应元领导的江阴保卫战，固守孤城达两月之久。
南明弘光政权覆灭后，明臣黄道周、郑芝龙等奉唐王朱聿键于福州建立了隆武政权;与此同时，张国维、张煌言等奉鲁王朱以海于绍兴监国;李自成农民起义军余部也与明总督何腾蛟结合抗清。到顺治三年(1646)，明臣苏观生等奉唐王朱聿��在广州建立了绍武政权，丁魁楚、瞿式耜等又拥立桂王朱由榔建立了永历政权。顺治六年(1649)，张献忠农民军余部在孙可望、李定国率领下，与南明永历政权结合，成为抗清主力之一。
在清军占据的北方各地，与南方抗清形势呼应，山东、山西、陕西、甘肃义师纷起，一些降清明朝将领也先后举旗抗清，在全国范围内，几次掀起抗清高潮。例如顺治九年(1652)李定国率军收复宝庆、全州、桂林的战役，迫使清定南王孔有德自杀。顺治十年(1653)至十一年，明鲁王部下张名振、张煌言等率舟师攻入长江，直抵南京近郊;郑成功亦率水军攻克舟山。这样的抗清斗争，直到清康熙初年，南明永历帝被吴三桂所杀，郑成功、李定国先后去世，始告一段落。
在这样战火纷飞，政局未定的情况之下，要集中大量人力物力开馆修史，是根本不可能的。
清康熙八年(1669)，康熙皇帝拘禁权臣鳌拜，开始亲政。然而此时政局又有新的变化。康熙十二年(1673)，由于平南王尚可喜、平西王吴三桂和靖南王耿精忠撤藩而引发了“三藩之乱”，从此，又开始了长达8年之久的战乱。直到康熙二十年(1681)十月，吴三桂之孙吴世璠自杀。“三藩之乱”期间，清廷集中全力平叛，仍然无暇顾及《明史》的修纂，因此，顺治二年(1645)所下修纂《明史》的诏令，实际只是一纸空文，它的政策作用远远超出了它修史的作用。
《明史》修纂第一阶段无绩可言的另一方面原因是史料的缺乏和人力的不足。当时不仅没有力量整理明朝的邸抄和档案，而且在征求图书时，献书者也极少，就连最基本的史料明代历朝实录也不完整，天启朝实录缺少七年以后部分，崇祯朝因亡国而无实录。如此种种，也限制了 《明史》修纂工作的进展。所以，直到“三藩之乱”基本平定之后，清朝政府才有力量集中人力物力正式动手修纂 《明史》，其间已历时35年之久。
2. 卓有成效的50年
“三藩之乱”虽然直到康熙二十年(1681)始告结束，但是《明史》的修纂工作却并未等到此时，而要略早几年。康熙十七年 (1678)诏征博学鸿儒，次年三月，试博学鸿儒143人于体仁阁，取一等20人，二等32人，命纂修《明史》，从这时候起，正式动手修纂《明史》的第二阶段即告开始。
这时 “三藩之乱” 虽未平定，但朝廷胜利之大局已定。康熙十七年(1678)八月，吴三桂死后，清朝政府便由以军事为主转向了追求进一步的政局稳定。康熙皇帝诏开博学鸿儒科和开修《明史》，正是他炫耀文治，稳定人心之举。修纂《明史》是康熙皇帝用来笼络知名人士，尤其是那些坚持明朝遗民立场，不肯作清朝官吏的着名文人的一种手段。此时明亡已久，决无复兴之可能，这些遗民之情，也只能寄托于修纂《明史》之中了。
康熙皇帝虽然表现出对修纂《明史》的重视，但是他深知，国家稳定之基础并非修书，而在于经济。早在他亲政之初，便“以三藩及河务、漕运为三大事，夙夜廑念。曾书而悬之宫中柱上”。(《清圣祖实录》卷156，康熙三十一年二月辛巳)待到三藩、台湾及准噶尔先后平定，他更感到天下无事，而以治理黄河为最重要。
正因为康熙十八年 (1679)博学鸿儒科及其修纂《明史》只是康熙皇帝的一种政治手段，所以其结果也必然会时重时轻，迁延时日，前后用了将近50年时间，直到康熙皇帝病逝，雍正元年 (1723)，仍然未能完成这部官修的前朝史。
但是这时的情况与顺治二年(1645)下诏初修时已经大不相同。这时政局稳定，经济也逐渐恢复，到康熙后期更出现了繁荣盛世，这些都为《明史》的修纂工作提供了良好条件，无论从人力物力还是资料的征集方面，都是前所未有的。因此，这近50年时间，虽然未能完成《明史》的修纂，但却是《明史》成书的关键阶段，我们今天所见《明史》之雏形便是在此时形成的。
到雍正元年 (1723) 为止，先后完成了4部《明史》的稿本。一种是万斯同审定的313卷本，另一种是他审定的416卷本，这两种稿本都被称作万氏《明史稿》。此外还有王鸿绪于康熙五十三年(1714)进呈的《明史(列传部分)》205卷本，这实际上是在万氏《明史稿》基础上删削而成的。到雍正元年(1723)六月，王鸿绪又一次进呈《明史稿》，包括纪、志、表、传，共计310卷，这便是王氏《明史稿》，即后来刊刻的所谓《横云山人史稿》。
3. 最后成书阶段
经历将近50年断断续续地修纂，《明史》成书的基本工作业已完成。雍正元年 (1723)，王鸿绪进呈《明史稿》，清廷重开史局，以隆科多、王顼龄为监修，张廷玉等为总裁，在王氏 《明史稿》基础之上，增损成书。
这次开局修 《明史》，虽有康熙间众史家之努力及万氏、王氏 《明史稿》为本，仍然还是集中了数十人之力，前后用了13年时间方始告竣。
众所周知，雍正皇帝的即位，一向有“夺嫡”之说，成为清初的一大疑案。尽管对此众说不一，但康熙末年立储之争与雍正皇帝的即位，则是历史事实。雍正皇帝是一位强权的专制皇帝。他登极后，着手削弱诸王旗主势力，打击“朋党”，以至到骨肉相残。雍正皇帝也是一位追求功利的有为之君，在文治和武功方面都要求有建树。因此，在他即位之初便诏令开修《明史》，也就不足为奇了。康熙晚年，诸子为以自身的表现去求得继承皇位的机会，便曾有过修书之举，即陈梦雷侍读诚郡王允祉之邸所纂《古今图书集成》。陈梦雷后因雍正皇帝与兄弟相残，受牵罹祸，下场颇为不幸，然而《古今图书集成》则于雍正间继续编成刊行，反而成为雍正皇帝彰文之举。
雍正皇帝即位之初即命开修《明史》的原因还在于可以由此表现其对父皇遗志的继承。康熙间所修《明史》未成，只好由雍正继续。
这一次开修《明史》贯穿了雍正一朝，直到雍正十三年(1735)雍正皇帝去世，乾隆皇帝即位。同年十二月，修《明史》成，大学士张廷玉进表，持续多年的修史工作方告结束。乾隆四年(1739)正式刊行。《明史》终于得以问世。
《明史》的真正修纂，是从康熙中到雍正末。这时正是清朝的鼎盛时期。尽管清朝统治者从其统治需要出发，在修史时为达其目的，不可能给予真正的关心与支持。但是由于社会长期稳定，经济的恢复发展，文化的日趋繁荣，在客观上为修史提供了有利条件，使得修纂人员能够尽其所能，使这部《明史》保持了许多诸史所不及的特点。

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