《明史》是一部纪传体史书，它的编纂体例沿袭了前朝诸史，分为纪、志、表、传4种。《明史》虽然与前朝诸史同属纪传体史书，也采用了相同的分述方式，但是纠其实际编纂内容，与诸史并不完全相同。
1. 本纪
本纪共24卷。《太祖本纪》3卷，《恭闵帝(建文帝)本纪》1卷，《成祖本纪》3卷，《仁宗本纪》 1卷，《宣宗本纪》 1卷，《英宗本纪》前后共2卷，《景帝本纪》1卷，《宪宗本纪》2卷，《孝宗本纪》 1卷，《武宗本纪》1卷，《世宗本纪》2卷，《穆宗本纪》1卷，《神宗本纪》2卷，光宗纪附于神宗后，《熹宗本纪》 1卷，《庄烈帝本纪》2卷。
就卷数而论，《明史》本纪所占不足全书十分之一，若以字数而论，则所占不及全书二十五分之一。由此可知本纪在《明史》中所占比例甚小，这是《明史》编纂体例中的一个特点。本纪在纪传体史书中，是以编年形式叙史的部分，《明史》显然是将本纪作为全史之纲，以简明扼要的方式，首列于全书之前，使人在读阅这部史书之时，首先了解到有明一代历史之概况，而不是使人在读阅本纪时便事无巨细尽览尽知。这应该算是《明史》修纂整体设计上的独到之处。
《明史》本纪的另一个特点，是尊重史实，不以明代官定史论为据。如建文帝年号于成祖夺位后革除，其四年实录仅以元、二、三及洪武三十五年，附于《明太祖实录》之后。《明史》中则专立《恭闵帝本纪》1卷，甚为得体。再如英宗削景泰帝号，情形与建文事相似，《明史》中亦处理得当。清代史家钱大昕曾论称：“其例有创前史所未有者。如《英宗实录》附景泰七年事，称郕戾王，而削其庙号，此当时史臣曲笔。今分英宗为前后两纪，而列景帝纪于中，斟酌最为尽善。” ( 《十驾斋养新录》卷9)
明洪武中懿文太子朱标，因早逝而未及继位，建文元年(1399)追尊为孝康皇帝，庙号兴宗。成祖夺位后，废其帝号庙号，复称懿文太子。是虽曾有帝号，而未改元登极，故不入本纪，而入列传，但其曾有帝号，亦为史实，又与诸传不同，特于后妃传后，诸王传前立传。与之同列者，又有嘉靖皇帝之父，兴献王朱佑杬。嘉靖中兴大礼议，特尊其父为睿宗兴献皇帝，也属仅有帝号而已。《明史》本纪不列兴宗、睿宗，正与其以本纪为叙述有明一代历史之大纲有关。光宗即位于万历四十八年(1620)八月初一，死于同年九月初一，在位仅1月，未及改元，遂定以是年八月后为泰昌元年。《光宗本纪》于是附于《神宗本纪》之后，未单立1卷，仅以数百字述过，不失为大纲之作。
《明史》本纪虽以时间长短为本，分卷记史，然而又不尽拘泥于此。太祖在位31年，本纪则占3卷，因其为开国之君。成祖在位22年，本纪则占3卷，虽可称因其夺位登极，事属特殊，则已有轻重之分。英宗2卷，尚可因前后各有年号为由，宪宗22年，亦占2卷，世宗45年，神宗48年，同样各占2卷，庄烈帝17年，亦占2卷。可见诸人修史，颇以史事轻重叙述，此又符合其立纲之体。总的来看，《明史》本纪，分帝而述，编年记事，又不失为一个整体，笔墨虽少，却完整明了，轻重适宜。
《明史》本纪中一大令人遗憾之处是未能给南明诸帝立纪，这是清初政治形势所决定的。清朝官修史书，不仅不可能给南明诸帝立纪，甚至于列传中亦不立传。清初私家修史，妄谈及此，则也难免于 “文字狱”之祸。
2. 志
《明史》本纪之后即为志，史家常说，“读史必先读志”。《明史》志共计75卷，《天文志》3卷，《五行志》3卷，《历志》9卷，《地理志》7卷，《礼志》14卷，《乐志》3卷，《仪卫志》1卷，《舆服志》4卷，《选举志》3卷，《职官志》5卷，《食货志》6卷，《河渠志》6卷，《兵志》4卷，《刑法志》3卷，《艺文志》 4卷。
《明史》志之修纂，依照天、地、礼、乐之顺序排述，《天文志》出自汤斌之手。汤斌为清初廉正之臣，于修 《明史》颇有所建言。顺治初修《明史》时，他曾应诏陈言，请广搜野乘遗书以修《明史》，且言：“宋史修于元至正，特传文天祥之忠;《元史》修于明洪武，亦着巴颜布哈之义。我朝顺治元、二年间，前明诸臣亦有抗节不屈，临危致命者，与叛逆不同。宜令纂修诸臣勿事瞻顾，昭示纲常于万世。”此下于所司，招致冯铨等人攻击，说他“夸奖抗逆之人”，幸亏顺治皇帝赞许汤斌之言，才未因此获罪。至康熙再修 《明史》时，汤斌于康熙二十一年 (1682) 充任《明史》总裁，因此《明史》中本纪、志、列传不少篇出其笔下。但汤斌颇重经学，于天文则非其所长，其所撰《天文志》较为难读。
《明史》卷25《天文志序》称： “自司马迁述 《天官》，而历代作史者皆志天文。惟《辽史》独否，谓天象昭垂，千古如一，日食、天变既着本纪，则《天文志》近于衍。其说颇当。……然因此遂废天文不志，亦非也。天象虽无古今之异，而谈天之家，测天之器，往往后胜于前。无以志之，使一代制作之义泯焉无传，是亦史法之缺漏也。……明神宗时，西洋人利玛窦等入中国，精于天文、历算之学，发微阐奥，运算制器，前此未尝有也。兹掇其要，论着于篇。”
由此可知，修纂《明史天文志》的宗旨，虽然仍抱对天文之轻视，但也看到了明代天文学的发展，尤其是西方传教士带来的西洋天文学知识，于中国传统天文学颇有裨补。《天文志》除第1卷叙述传统天文学与“西洋之说，既不背于古，而有验于天”者外，还比较系统地介绍了从明太祖至崇祯皇帝其间仪象(即天文仪器)的发展变化。第2卷与第3卷则记有明一代天文现象的变化，除去日食已全部记入本纪之中外，其余如“月掩犯五纬”，“五纬掩犯”，“五纬合聚”，“五纬掩犯恒星”，以至“星昼见”、“晕适”、“星变”、“流陨”等，多有记录，虽然难懂而泛浅，仍有一定参考价值。
除去《天文志》之外，汤斌还执笔了 《五行志》与《历志》的编纂。
《五行志》即金、木、水、火、土，其体仿《汉书》及前代诸史，记自洪武至崇祯间所谓“祥异”之事。其3卷中首卷为水，如恒寒、恒阴、雪霜、冰雹、雷震、鱼孽、蝗蝻、豕祸、龙蛇之孽、马异、人痾、疾疫、鼓妖、陨石、水潦、水变、黑眚黑祥，皆属之水。第2卷为火、木，仿前史，以恒燠、草异、羽虫之孽、羊祸、火灾、火异、赤眚亦祥属之火; 仿前史以恒雨、狂人、服妖、鸡祸、鼠孽、木冰、木妖、青眚青祥属之木。第3卷为金、土，仿前史以恒旸、诗妖、毛虫之孽、犬祸、金石之妖、白眚白祥属之金; 以恒风、风霾、晦冥、花妖、虫孽、牛祸、地震、山颓、雨毛、地生毛、年饥、黄眚黄祥属之土。
《明史·五行志》的编纂是不够成功的，一是简单而缺漏太多，如地震水旱等灾情;二是多有记述不确之处，甚至记入传闻，以增其神秘色彩，所以史家多认为其 “无大用”。(柴德赓《史籍举要》)
《历志》共9卷。明代历法，由于崇祯时改用西洋新法而有所创新。其《历法沿革》1卷，对朱载堉《圣寿万年历》、《律历融通》介绍较详，后徐光启等督修历法，重视西洋历法，也多用文字。这当是《明史·历志》的一大特点。
《历志》的第二大特点是除表之外而有图，与诸史不同。计有图五，均附于 《大统历法》之中。有 “割圆弘矢图”、“侧立之图”、“平视之图”、“月道距差图”、“二至出入差图”。
全志以大统历为主，计有二、三、四、五、六共5卷，回回历法为附，计有七、八、九共3卷。《历志》述事虽详，因涉于历法知识，又有古今之别，及明朝所用 《大统历》与《回回历》之别，颇为难读。
《历志》之后为 《地理志》，《地理志》共7卷。
明朝为我国历史上统一朝代之一，如《明史地理志序》所称：“禹迹所奄，尽入版图，近古以来，所未有也。” 自明太祖统一全国后，京师之外，置十三布政使司，及都指挥使司、行都指挥使司分领天下。成祖即位，又增设交址、贵州二布政使司，而改北平为北京。仁、宣以后，弃交址，而渐定为南北二京，十三布政使司，全国一统遂定。英宗天顺五年(1461)，李贤等奉敕修成《大明一统志》90卷，为明朝全国政区之志书。而该书记述失误颇多。《明史·地理志》则“考其升降之差，沿革之故，具着于篇”而成。
7卷之中，南、北两京1卷，山东、山西1卷，河南、陕西1卷，四川、江西1卷，湖广、浙江1卷，福建、广东、广西1卷，云南、贵州1卷。南、北两京及十三布政使司各有总述，记其沿革，均以《禹贡》诸州为本。总述之后，再以府、州、县分述。后附都司、卫、所之设置沿革，内容颇为详尽可取，然亦间有漏误之处，后人有作考辩纠误者。
《礼志》14卷，吴苑所撰。礼、乐为历朝统治者所重视，礼教为治民之本。礼仪反映了一个时代的政治及社会生活状况。礼仪同时也被用作封建刑法的补充。明朝是中国封建社会后期的朝代，随着社会政治经济和文化的变化，礼制也发生了较明显的变化，尤其是正德、嘉靖以后，复有“礼崩乐坏”之势，而所谓“礼崩乐坏”则正是社会变革之时。《明史·礼志》也就必然要反映出这方面内容。
《礼志》所述，首为吉礼，即祭祀之典，包括祀天地诸坛、诸庙等，共6卷。次为嘉礼，以宫中之礼为主，附有地方“乡饮酒礼”，共3卷有余。嘉礼之后为宾礼，除来宾之礼外，官民相见之礼亦属之列。宾礼附嘉礼后，篇仅半卷。后有军礼1卷。再后则为凶礼3卷，述陵寝丧制。正符古五礼之制。《礼志》的优点是叙述较详，缺点是官民之礼过简，且所述礼仪，难于读明，需与《明会典》诸书相参而读。
《明史·乐志》3卷，主要记述有明一代乐器及乐章之制，以礼为本，乐随礼行。乐制所述并非明代音乐，而仍为礼制而已。明代有音律家朱载堉，为近代音乐创始之名人，惜其所创，非 《乐志》所述。
《仪卫志》1卷，《舆服志》4卷，内容亦与礼制相关，记述较详尽。
《明史》仿《宋史》体例，《礼志》、《乐志》、《仪卫志》、《舆服志》均立而分述，较前诸史所立更为全善。
《选举志》3卷，所述颇有特点。其序言称：“选举之法，大略有四：曰学校，曰科目，曰荐举，曰铨选。学校以教育之，科目以登进之，荐举以旁招之，铨选以布列之，天下人才尽于是矣。”
因此《明史·选举志》首卷为学校，次卷为科目，3卷则荐举、任官铨选考察。明初重荐举，永乐以后，科目渐盛，荐举日轻，此种变化于志中叙述十分清楚，其体例为制度与事例夹叙，使人易读易懂，一目了然。《选举志》出自陆葇之手，陆葇进士出身，又选博学鸿儒，于选举关键，自当有所体会，故述史颇为得体。
《职官志》5卷，为《明史》诸志中之重点。明初太祖朱元璋罢丞相，升六部之秩，成祖朱棣始设内阁，中国历史上文官制度至此为一大变化时期，又有宦官衙门之设与历朝不同，其特点显而易见。
《明史·职官志》采取由朝廷至地方，由文及武，由内及边的记述方法。南北两京官署，以北京为主，南京官专立于后，述记颇简。
其1卷所述为：宗人府、三公三孤、太子三师三少、内阁、吏、户、礼、兵、刑、工六部。
2卷： 都察院、通政司、大理寺、詹事府、翰林院、国子监、衍圣公。
3卷： 太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、尚宝司、六科、中书舍人、行人司、钦天监、太医院、上林苑监、五城兵马司、顺天府、武学、僧道录司、教坊司、宦官、女官。
4卷： 南京官、应天府、王府长史司、布政司、按察司、各道、行太仆寺、苑马寺、都转运盐使司、盐课提举司、市舶提举司、茶马司、府、州、县、儒学、巡检司、驿、税课司、仓库、织染局、河泊所、批验所、递运所、铁冶所、医学、阴阳学、僧纲司、道纪司。
5卷： 公侯伯、驸马都尉、五军都督府、京营、京卫、锦衣卫、南京守备、南京五军都督府、南京卫、王府护卫、总兵官、留守司、都司、各卫、各所、宣慰司、宣抚司、安抚司、招讨司、长官司、军民府。
《职官志》中于内阁叙述不详，而以六部为重，是因六部为明代官制主体，但明代内阁作用之大，设置之突出，实应多述。都察院系改原御史台而置，为明代始置。都御史职关纪纲风宪，尤其重要。又有巡抚之职，为都御史外任，并有经略、总理、赞理、巡视、抚治等名目;监察御史又有巡按之制。故此都察院置于第2卷之首，而所占篇幅最长，此亦史笔之用心。
宦官专立1篇，列于第3卷之末，即在京诸衙之后。首述十二监、四司、八局，即宦官二十四衙门，及诸库、房、厂、提督、守备、镇守诸职，记述颇为清楚。如记提督东厂，下记：“掌印太监一员，掌班、领班、司房无定员。贴刑二员，掌刺缉刑狱之事。旧选各监中一人提督，后专用司礼、秉笔第二人或第三人为之。其贴刑官，则用锦衣卫千百户为之。凡内官司礼监掌印，权如外廷元辅，掌东厂，权如总宪。秉笔、随堂视众辅。各私设臣掌家、掌班、司房等员。” 明代宦官之权势，跃然于纸上。
且宦官之后，另有评述文字，由明太祖洪武十七年 (1384) 铸铁牌“内臣不得干预政事，犯者斩”至永乐后中官四出，王振、汪直、刘瑾、魏忠贤之专权，直至明亡，颇有总结。清朝以此为戒，宦官遂无干政之机，这实在是以史为鉴。
明代土司制度，亦为当时一大特点，故职官之尾专立土官，文字虽然不多，却给人以完善之感。
《明史·食货志》共6卷，出自潘耒之手。其实潘耒所作，实据王原《明食货志》而成。但据记潘耒对编纂《食货志》用力最勤，“自洪武至万历朝实录之有关食货者，共钞六十余本，密行细字，每本多至四十余纸，少亦二十余纸，他纂尚不在是。”(杨椿《上明鉴纲目馆总裁书》)故人多认为潘耒曾作有食货之稿，或为长编。后王原入史馆纂《食货志》即所见《学庵类稿》中的《明食货志》，至于其是否曾用潘耒所纂，就不可得而知了。
王原《明食货志》共12卷：
卷1： 志序、农桑
卷2： 户口
卷3： 田制 (附屯政)
卷4： 赋役 (附荒政)
卷5： 漕运 (附海运)
卷6： 仓库 (附马房、仓场)
卷7： 盐法
卷8： 钱钞
卷9： 茶矾
卷10： 课税
卷11： 上供采造
卷12： 会计 (附俸饷)
王鸿绪所上《明史稿》钞本中，除将“会计”并入“上供采造”而存11卷外，内容与王原《明食货志》几乎完全相同。
《明史·食货志》共6卷。
卷1： 户口、田制 (附屯田、庄田)
卷2： 赋役
卷3： 漕运、仓库
卷4： 盐法、茶法
卷5： 钱钞、坑冶 (附铁冶铜场)、商税、市舶、马市
卷6： 上供采造、采造、柴炭、采木、珠池、织造、烧造、俸饷、会计
除去内容有所增减外，基本略同。因此说《明史·食货志》系据王原《明食货志》而成。《食货志》将“明一代理财之道，始所以得，终所以失，条其本末，着于篇。”(《食货志序》) 自清朝以来，论者甚为推崇，但其实志中错误之处甚多，且有文字过简不明之处，待后尚有介绍，故于此不赘。
《河渠志》6卷，依旧史之例，分河而述。黄河分上、下，共2卷，运河亦分上下，而未足2卷，附有海运半卷。《明食货志》，海运原附于漕运之后。淮、泇、卫、漳、沁、滹沱、桑乾、胶莱诸河共为1卷，直省水利另为1卷。显而易见，《河渠志》之目的不在于河渠而在于水利，着重于河工和漕运。其内容与食货可互为补充。
《兵志》4卷，记有明一代军政之详。首卷记：京营、侍卫上直军(附皇城守卫、京城巡捕)、四卫营。2卷记：卫所、班军。3卷记：边防、海防(附江防)、民壮、士兵(附乡兵)。4卷记：清理军伍、训练、赏功、火器、车船、马政。
明代兵制特点突出，主要体现明太祖集权之用心。所谓“明以武功定天下，革元旧制，自京师达于郡县，皆立卫所。外统之都司，内统于五军都督府，而上十二卫为天子亲军者不与焉。”(《兵志序》)此系得唐朝府兵制之遗意而更为详密。
有明一代，困于南倭北“虏”，军事至为重要，而形势所变又迫使军制屡更。其间沿革变化，《兵志》中记述颇为清楚，只第1卷内关于京营之记述与 《职官志》互为交叉，采用简述方法与之互为补充而已。
《明史·刑法志》仅3卷。明初太祖极重刑律，后因循日久，虽视为具文，而明代刑律仍有其特点。《刑法志》 3卷，每卷无题类之别，但首卷即述有明一代之律文。第2卷再述法司及刑法执行情况。此卷内容本易与《职官志》诸法司重复，而史官姜宸英撰写得体。《刑法志》第3卷最有特点，开首便称： “刑法有创之自明，不衷古制者，廷杖、东西厂、锦衣卫、镇抚司狱是已。是数者，杀人至惨，而不丽于法。踵而行之，至末造而极。举朝野命，一听之武夫、宦竖之手，良可叹也。”此卷记厂卫之事较详，史论甚佳。厂卫为明代刑法中之大事，洪武中行锦衣卫镇抚司狱，末年废罢，至永乐中复置，且立东厂。立东厂事实录中避而不述，是有所隐晦遮掩，《刑法志》颇予详述，此举甚当，亦补 《职官志》之所难述。
《艺文志》 4卷，出目录学名家黄虞稷之笔。黄虞稷撰有 《千顷堂书目》，于目录之学甚为博知。《艺文志序》另出倪灿之手，文中申明本志体例，仅录有明一代名家着述，此与前史不同。“前史兼录古今载籍，以为皆其时柱下之所有也。明万历中，修撰焦竑修国史，辑《经籍志》，号称详博。然延阁广内之藏，竑亦无从遍览，则前代陈编，何凭记录，区区掇拾遗闻，冀以上承《隋志》，而赝书错列，徒滋讹舛。故今第就二百七十年各家着述，稍为厘次，勒成一志。凡卷数莫考、疑信未定者，宁阙而不详云。”
自 《汉书·艺文志》、《隋书·经籍志》之修，搜罗历代图书，考其存亡，为目录学整理之大功业。《明史·艺文志》不采用此种修纂方法，专取有明一代之书，似简而实详，确是颇有用心者。然智者百虑，不免一失，如其着录邓名世《古今姓氏书辨证》40卷，乃宋人之作，以其体例而论，必为误录之书。
《艺文志》4卷，依经、史、子、集排述。一曰经，共10类： 《易》、《书》、《诗》、《礼》、《乐》、《春秋》、《孝经》、《诸经》、《四书》、《小学》。二曰史，共10类：正史、杂史、史钞、故事、职官、仪注、刑法、传记、地理、谱牒。三曰子，共12类： 儒家、杂家、农家、小说家、兵书、天文、历数、五行、艺术、类书、道家、释家。三曰集，共3类：别集、总集、文史。其经部收书目905部，史部1316部，子部970部，集部1398部，共计收书4589部。虽然并未能将有明一代图书尽收其中，仍不失为一大功绩，而为了解明代目录书籍之不可少者。
3. 表
《明史》表共13卷，其中《诸王世表》5卷，《功臣世表》3卷，《外戚恩泽侯表》 1卷，《宰辅年表》2卷，《七卿年表》2卷。其中《七卿年表》为首创，钱大昕《十驾斋养新录》评《七卿年表》称：“盖取《汉书·公卿表》之意。明时阁部并重，虽有九卿之名，而通政、大理非政本所关，则略之。南京九卿亦闲局，无庸表也。”所谓七卿，即吏、户、礼、兵、刑、工六部加上都察院都御史，此为有明一代政体之本。另《宰辅年表》初列左、右丞相，平章政事，左、右丞，参知政事，至洪武十三年(1381)革中书省并左、右丞相，左、右丞及参知政事，遂止。自建文四年(1402)成祖夺位后，始改记内阁诸臣，则实为内阁诸臣年表。
《明史》诸表的最初修纂似与纪、志、列传同时进行，王鸿绪康熙间增损史馆旧稿，先成于列传205卷，始有先成列传之说。其雍正元年(1723)进呈《明史稿》时，于诸表所改不大，诸王表仍旧，去功臣、戚臣、宦幸，改大臣上为宰辅，大臣中、下为七卿，因此可知，原稿中诸表具备。诸表之修，则并非依据《明史列传》，表中所载，可与列传记述互为补证。
4. 列传
《列传》220卷，构成了 《明史》之主体。共22类。
《后妃传》 2卷
《兴宗孝康皇帝 (附皇后、吕太后) 传》、《睿宗兴献皇帝 (附皇后)传》共1卷
《诸王传》 5卷
《公主传》 1卷
诸臣传，前并有明开国前群雄3卷，共158卷;
《循吏传》 1卷
《儒林传》 3卷
《文苑传》 4卷
《忠义传》 7卷
《孝义传》 2卷
《隐逸传》 1卷
《方伎传》 1卷
《外戚传》 1卷
《列女传》 1卷
《宦官传》 2卷
《阉党传》 1卷
《佞幸传》 1卷
《奸臣传》 1卷
《流贼传》 1卷
《土司传》中，《湖广土司》1卷、《四川土司》2卷、《云南土司》3卷、《贵州土司》 1卷、《广西土司》3卷，共计10卷;
《外国传》 9卷
《西域传》 4卷
《明史·列传》基本沿旧史之体例，但亦有其创新之处。《四库全书总目、》卷46《明史条》提要中称： “列传从旧例者十三，创新例者三，曰《阉党》、曰《流贼》、曰 《土司》。盖貂珰之祸，虽汉、唐以下皆有，而士大夫趋势附膻，则惟明人为最伙。其流毒天下，亦至酷。别为一传，所以着乱亡之源，不但示斧钺之诛也。闯、献二寇，至于亡明，剿抚之失，足为炯鉴，非他小丑之比，亦非割据群雄之比，故别立之。至于土司，古谓羁縻州也。不内不外，衅隙易萌。大抵多建置于元，而滋蔓于明。控驭之道，与牧民殊，与御敌国又殊，故自为一类焉。”应该说，创设《阉党》、《流贼》、《土司》三类传，确实符合于明史之实际情况，这与诸表中创设《七卿表》有异曲同功之处。明代宦官之干政，虽不及汉、唐诸朝有废立之举，但外廷士大夫屈膝卑颜于阉宦，而成一时之气焰，则为亘古未有。《阉党传》所列46人，属刘瑾党者7人，余皆魏忠贤之党。读《阉党传序》可知史馆诸人于明亡之鉴深痛而慨然。然而与《流贼传》相比，其感情又有所不同，所撰《流贼传序》 自唐赛儿起义论起，直至李自成、张献忠之亡明，文称：“自唐赛儿以下，本末易竟，事具剿贼诸臣传中。独志其亡天下者，立《李自成、张献忠传》。”其中 《李自成传》长达万余言，为 《明史》诸传中之最长者。从修史者角度虽主要为后人之鉴，却因此而保留较为丰富的有关记载，而未采取分散于 “剿贼”诸臣传中。
《明史·列传》之体例采用类传形式，除以类分传外，于诸臣传中亦因类分卷，而未尽以父子及孙等为传。其方法即因事而分。如卷122有《郭子兴传》、《韩林儿传》、《刘福通传》虽亦为明建国前群雄之列，而与群雄同明太祖朱元璋之关系不同，归为1卷。陈友谅、张士诚、方国珍、明玉珍合为1卷，扩廓、陈友定、把匝刺瓦尔密合为1卷。诸臣中，如徐达、常遇春单为1卷，是功臣亦有别而分立。史臣为建文帝遗臣列传颇详，甚至有传闻之人，能列立传者尽量立传，也是史臣寄托遗民之情的一种方式。
《明史·列传》之中，亦多见以事附传之体例。如卷189《夏良胜传》，附同下诏狱者万潮、陈九川、张衍瑞、姜龙、徐鏊、姚继岩传，均连署进言谏止武宗南巡之人。卷206《马录传》附颜颐寿、聂贤、汤沐、刘琦、卢琼、沈汉、王科，均嘉靖中“李福达之狱”受牵之人。如隆庆中御史庞尚鹏疏中称：“据李同之狱，福达罪益彰，而当时流毒缙绅至四十余人，衣冠之祸，可谓惨烈。”此附传后史官评论中所引述，以为同事附传之由也。此类附传，于 《明史》 中不胜枚举。
《明史·列传》中，《外国传》及《西域传》，反映了当时人与境外国家及部落地区等的联系，保存了大量东南亚及中亚等地历史资料，是研究这些国家历史及中外关系史的较好参考资料。
总之，《明史》修纂日久，又有前诸史修纂之经验，成为《二十四史》中较好的一部，尤其是隋、唐以后诸史中，更为突出。清朝史学家赵翼于《廿二史札记》中说： “近代诸史，自欧阳公《五代史》外，《辽史》简略，《宋史》繁芜，《元史》草率，惟《金史》行文雅洁，叙事简括，稍为可观，然未有如《明史》之完善者。” (卷31《明史》) 由此可见《明史》体例优于诸史者之大概。

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