中世纪大学的组织是在城市与行会组织发展的条件下形成的，欧洲“大学”一词原来的意义是由人们组织起来的团体，后来又发展为专指由从事学习、教学和研究的人组织起来的团体。此后在大学形成的过程中，又有了较为明确的含义，指并非专由一个地区或一个阶层团体得到学生，而是由各个地方来的学生组成的学校。它从事包括有神学、法学和医学这些学科的高等教育，而且每种学科是由多位教师讲授。大学的组织与教学的形成经历了一个长期过程并有着各种类型。

意大利的波洛尼亚大学起源于学习罗马民法和教会法的学生组织。波洛尼亚所在的伦巴德地区，处于西欧和东方贸易往来的通道，罗马教皇与神圣罗马皇帝进行长期斗争的中间地带，工商业发达，出现了大批的自治城市，为学术研究的兴起提供了有利条件，欧洲各地的学生纷纷到此求学。但是中世纪城市和行会的法律、规章是维护本地人利益的，对于这些外来的学生极为不利，学生们在房租和学费上受到敲诈，甚至要他们替同乡人归还欠下的债务。于是这些学生们便逐步组织起来形成团体，制定了自己的规章从事学习和聘请教师。学生团体考核聘请教师的学术质量，规定聘金和讲授课时数量，还有一些更详细的规定，如教师上课不得迟到早退，必须按照课本逐节进行讲解和论证，如果一门课不能吸引来五个以上的学生，这门课的讲授资格便被取消。学生团体与城市当局协商房租标准，不得允许有人向房主出高租来驱逐学生。而由学生团体认可在学识和讲授方面合格的教师，才有资格向学生进行考试，并授予从事法律等专业的合格证书。随着学生团体的壮大和规章的完备，波洛尼亚大学便成为西欧第一所有着完备制度的大学。

学生团体之所以能取得这样的成就，是由于中世纪城市行会林立，法规纷杂，在团结起来的学生面前不得不让步，而学生多是富家子弟和有教会支持资助的教士，也是城市的经济来源，教师则多为“游学之士”，也要从学生团体得到可靠收入。德国的神圣罗马皇帝和罗马教皇在意大利北部城市激烈争夺，各城市均医学，1860年增设神学。波洛尼亚大学这种由学生主持管理校务的体制，成为意大利、法国南部、西班牙、葡萄牙等地大学的榜样。大学的法律教育的影响遍及西欧，但较为轻视神学与经院哲学，形成了较为自由的学术气氛，也为孕育意大利的人文主义思想提供了条件。

西欧中世纪大学的另一个典型是法国的巴黎大学。巴黎在查理曼帝国时代就设有教会和宫廷学校，此后巴黎的几个著名教堂和修道院学校，尤其是巴黎圣母院的主教学校一直持续发展。十二世纪古典文化的复兴，经院哲学的形成和唯名论与唯实论的激烈斗争，在巴黎的教会学校是最为集中的研习和讨论场所。过去的宗教教育已远远不适应需要，许多人要求接受文艺学科、哲学、神学和教会法的教育。而在教会势力强大的法国，进行这类教学必须得到教会颁发的许可证。最初这种许可证由教会学校的校长颁发，由于教会学校校长对许多学科毫无知识并经常以出售许可证谋利，严重损害学者的声誉和权利，各教会学校的教师便组织起来抗议与抵制。1179年，在拉特兰宗教会议上的斗争，使教皇亚历山大三世颁布通谕，严禁教会学校校长出售许可证，并必须担保教学人员的质量。教皇特别斥责了巴黎圣母院主教学校的校长。此后，取得教学资格就主要取决于教师团体的“授职”了。由于巴黎的教师与学校拥有很高的声誉和地位，西欧各地求学的学生纷纷来到巴黎学习，以得到教师团体的授职。教师团体由于拥有众多的学生，势力强大起来，经常与巴黎的市民发生冲突。巴黎的教师团体便向教皇亚历山大三世请愿，取得了由教师审判有关学生的法律案件的特权，实际上是由一个教师专门组成的法庭审理。后来这些特权又由教皇西斯廷三世于1194年加以确认，将巴黎大学所有师生置于教会法管理之下，使他们在与俗人的争端中享有教士特权，并实际由大学处理。法国国王腓力二世(奥古斯都)于1200年正式承认了巴黎大学的特权。在这些斗争中，有“皇帝党”与“教皇党”之分，都要争取具有法律和其它学识的人才。1158年，皇帝腓特烈一世(巴巴罗萨)授予波洛尼亚大学特许状，批准了大学自治的法律地位，1189年教皇克莱门特三世的通谕，更进一步明确了保障学生租房居住，商定租金的权利。大学从这些敕令与通谕中获得的重要法律权利还有：大学生可以自由通行，城市与各地方当局不得阻碍;大学生与外人发生诉讼，均由大学审理;大学师生免交赋税，免服兵役。

随着由西欧各地来的学生人数的增多，学生团体为便于组织和管理，又分为“同乡会”，首先是分为阿尔卑斯山内和山外两个同乡会，后来山内同乡会又分为伦巴德、托斯卡纳和罗马三个同乡会，山外同乡会又分为高卢、皮卡迪利、勃艮第、普瓦图、图尔内与缅因、诺曼底、加泰隆尼亚、匈牙利、波兰、德意志、西班牙、普罗旺斯、英格兰、加斯科尼十四个同乡会。同乡会的原则是互相保护、帮助、共同娱乐。要求纯洁、友爱，照顾病人，提供贫困者的需求，防止争吵斗殴，埋葬死者，互助学业的研修，援救被迫害者等，每个学会有专门的负责人，并收一些会费。最初学生团体没有集中的领导机构，只是在有重大问题时派代表共同会商，后来各团体共同选举产生了校长，并授予校长以司法权力。学生对同乡会和校长的关系是采用缔结章程、宣誓遵守服从的形式结成的，这种组织形式主要是保证学生的学习、生活和不受外人侵犯，教师是处于这种组织之外的，但是学生团体除了聘任与判定合格的教师之外，也不干涉教师的教学，考试与学术活动。

波洛尼亚大学在成长过程中也经历了多次斗争，包括与城市当局、封建贵族、教会和师生内部的斗争，有司法斗争，武装自卫，学生罢课，教师罢教，大学集体迁移等种种形式。由于大学学术水平卓越，并善于利用矛盾取得支持，斗争往往取胜，以致这些斗争形式均被承认为大学的合法权利。波洛尼亚大学到十三世纪初学生已达五千余名，除了民法与教会法外，于1316年增设教师团体把过去的习惯和规章写成了具有法律效力的文件，并使教师团体成为处理各类法律事务的法人团体，指派固定官员，使用专门印章，并最后排除了主教学校校长对大学的权力。虽然教师和学生均具有教士身份，但由于他们来自各地，不愿受巴黎当地教会组织的管辖，终于在1231年得到罗马教皇的支持，又取得了独立于当地教会的自治权。巴黎大学的教师团体之所以能够连续取得这些成就，主要是当时罗马教廷的权力达到最高峰，罗马教皇企图利用巴黎大学对法国的教会和俗权进行控制，而巴黎大学又汇集了西欧各地有权势、有学识的教士，权倾西欧的教皇英诺森三世，就曾是巴黎大学和波洛尼亚大学的学生。

在大学成长过程中起重要作用的是人数最多的文艺学科教师团体。他们也组成了法兰西、皮卡迪利、诺曼底和英格兰四个同乡会(实际包括了西欧其它地区来的人)。但教师更上一层的组织是分学科的教授会，分为文学、神学、教会法学(罗马民法在巴黎被禁止讲授)和医学四个教授会。每个教授会有权颁发本学科的教学许可证书，决定本学科的教学规则和学生纪律。每个教授会选举一个会长。大学的重大事务由几个教授会共同会商。到十三世纪末，文学教授会的会长由于拥有较多人力、财力，实际上成为巴黎大学的校长。巴黎大学这种由教师团体主持校务的体制，成为英格兰、苏格兰和北欧各大学的榜样。巴黎大学最盛时曾达5万多人，号称与教皇和皇帝并为欧洲三足鼎立的势力，尤其以文艺学科和经院哲学最为著名。巴黎大学在神学和宗教事务上的权威和影响，在十四世纪教廷分裂时期甚至凌驾于教皇之上，形成了大学中强大的宗教保守势力，一直延续到欧洲近代时期。

中世纪大学中还有一个具有特别影响的典型，即英国的牛津大学。牛津在中世纪初期就有一些学者在此教学，在1167年左右，由于英王亨利二世与法国国王的争执，许多英国的教师和学生陆续由巴黎大学回到牛津，按照巴黎大学的组织方式讲学，逐步形成了牛津大学。但是牛津既非工商业中心，也不是政治和教会中心，教师、学生的研习和生活必须以独特的方式加以保证，于是便形成了学院制度。学院制度在西欧其它大学也存在，起源于为付不起房租的穷学生提供宿舍，逐步形成学生共同学习和生活的组织。但是在牛津，学院成为大学体制的主要形式，大学是因一个个学院的建立而发展起来。学院是由英国各地的贵族、教会以至国王捐助的资金、土地和房屋而建立起来的，最早形成的是大学学院(1249年)、贝利奥尔学院(1260年)和莫顿学院(1263年)。每个学院订有由国王和教会当局批准的章程。章程包括尊重捐献者的意愿，服从某个教俗上层的领导，教师团的组成，院长的产生和权力，经费的运用，学生的学习规章和纪律等。学院对于招收师生、经费应用和进行教学方面均拥有自主权。学院拥有学生和教师宿舍、教堂、食堂、教室、图书馆和庭院，各具风格。大学的重大事务由各学院院长会商，并轮流分工负责。大学的校长是由国王和教会任命的，主要是负责大学独立的司法权。学院制度的建立在当时具有重大意义，它为许多贫穷的学生和教师提供了学习、生活的保障，使各种教授、学习、管理制度能够系统化和贯彻实施，并为大学提供了可靠的经费来源，使大学不仅在司法上，并且在经济上也加强了独立性。

牛津大学虽然在一个小城市形成，也经历了与城市当局和市民的长期斗争，甚至发生多次武装冲突。在1209年一次武装冲突中，逃散的一部分师生跑到剑桥，逐步形成了剑桥大学。此后牛津学生又几次被市民打得逃散。但是牛津大学得到国王和教会的支持，国王在1244、1248、1275年一再颁发的特许状中保护牛津大学的权利，最终在1355年大学战胜城市当局，成为牛津的掌权者。大学的得胜也是由于大学建立了许多学院，全英国各地的学生均来此就学，人力财力增强并博得了全国的支持。虽然学院林立，制度各异，牛津大学的教师还是形成了严密的组织来管理大学。来自英国南方和北方的教师分别选出两个学监，学监后来取得了指派各学科的教师代表选举校长的权利。全体教师又逐步形成教师会议，教师会议提出和修改学校规章，讨论决定重大财政收支，总管授予学位事项。教师会议多次与教会和修道院团体对大学教学的干涉进行斗争，并取得胜利。

牛津大学在西欧中世纪也起到重大的作用。牛津校长格罗塞特和学者罗吉尔·培根对抗教会压力，最先开展对自然科学的实验研究。邓斯·司各特和威廉·奥卡姆发展了唯名论，对抗罗马教会的正统神学，成为中世纪学术界对罗马教会基本信仰和理论最严重的挑战。约翰·威克里夫提倡国家教会，反对罗马教皇和教士，成为宗教改革运动的先驱。

在波洛尼亚、巴黎、牛津等大学榜样的带动下，到十五世纪末，整个西欧建立了近80所大学。意大利有20所，法国有18所，英国有2所，苏格兰有3所，西班牙有13所，葡萄牙有1所，德意志神圣罗马帝国境内(包括尼德兰、捷克和瑞士)有16所，匈牙利有3所，波兰、丹麦和瑞典各有1所。大学是在中世纪封建制度下，在城市、行会、教会团体各种组织的影响下形成的，但在形成过程中，大学却又与这些组织和制度进行了激烈的斗争，取得了存在、发展、自主的种种权利。尽管大学组织并不能摆脱封建制度和神权统治总的束缚和要求为其服务的目的，但是追求知识、追求真理、追求得到改造社会和自然界的能力这种人类进步的总倾向，是限制不了的。正因为西欧中世纪大学这种组织为此提供了较为良好的条件，才会成为近代高等教育制度的先导。

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