左宗棠，字季高，1812年出生在湖南湘阴县的一个小地主家庭里。是晚清地主阶级中比较爱国的政治家和军事家。
左宗棠的祖父和父亲都是秀才。全家虽有四十亩地，由于人口较多，生活并不宽裕。十六岁那年，其母去世，十九岁时，又死了父亲。二十一岁时虽然考中举人，但随后三次入京会试都名落孙山。此后，他放弃科举，一心钻研历史、地理、军事等经世致用的学问。因为生计所迫，还从事私塾教学，有时也参加一点田间劳动，曾自号 “湘上农人”。在陶澍、贺长龄等师友的熏陶下，在日益严重的民族危机影响下，他崇尚林则徐、龚自珍、魏源等人的思想，赞同“师夷长技以制夷”的进步主张，逐步形成了爱国主义思想。左宗棠的一生是功罪兼有的： 从1852年开始，他相继参与了镇压太平天国、捻军和回民起义的罪恶活动，他靠这一血腥事业起家，成了声势显赫的所谓 “中兴名臣”，成了和曾国藩、李鸿章齐名的封疆大吏。这方面，无疑是应当批判和否定的。但是，他在新疆沦陷的危急时刻，挺身而出，力排众议，毅然挥师出关，收复了新疆，为中华民族立下了不可磨灭的功勋。在这场胜利的反侵略战争中，他表现出了强烈的爱国主义精神和精湛的用兵艺术。
海防塞防 力主并重
1874年冬到1875年春，受到英、俄两国支持和控制的浩罕侵略者阿古柏，侵占我国新疆的天山南北已达十年之久，沙皇俄国直接出兵强占我国新疆的伊犁地区也已四年，饱受殖民统治的新疆各族人民，迫切要求清军早日出关，驱逐外国强盗，使新疆归回祖国。这时，左宗棠所部清军已经基本结束了在甘肃的战事，出兵收复新疆的条件完全成熟了。
正当清政府调兵遣将，准备大举出兵收复新疆之际，发生了日本侵犯我国台湾的事件，东南海防因此紧张起来。于是，清政府内部出现了一场海防与塞防的争论。
以直隶总督兼北洋大臣李鸿章为代表的海防派认为： 塞防不如海防重要，新疆不收复，对国家元气无伤; 有了新疆，对国家只有损失而无收益; 阿古柏已与英、俄两国勾结一气，即使收复了也守不住; 目前财政困难，无力顾及新疆。因此，应该放弃塞防，专顾海防，准备出关的部队，可撤则撤，可停则停，其停撤之饷，即匀作海防之饷。这就是所谓的 “海防沦”，实质上是放弃新疆的卖国谬论。
以湖南巡抚王文韶为代表的塞防派认为： 西洋各国，以俄为大，离中国最近，又最狡猾; 目前已经侵占了我伊犁地区，势必长期不还; 如不迅速出兵收复，沙俄必将得寸进尺，继续入侵。因此，“目前之计，尚宜以全力注重西征”，“但使俄人不能逞志于西北，则各国必不致构衅于东南”。
①这就是所谓的 “塞防论”，实质上是主张暂弃海防，专注塞防。
这时的清朝最高统治集团，从自己王朝的利益出发，还不甘心放弃新疆，但在海防论者的喧嚣声中，又感到左右为难，举棋不定。于是，密谕陕甘总督兼督办新疆粮饷事宜的左宗崇，不指名地转述了海防、塞防两种意见，让左宗棠帮助拿主意。无论资历、声望，还是地位、才干，左宗棠都是当时唯一可以同李鸿章相抗衡的人物，他的意见，无疑将对清政府的最后决策产生极其重要的影响。
左宗棠原来打算在陕甘战事结束之后告病回乡。但是，当他得知沙俄强占伊犁的消息后，便决心在垂暮之年 “与此虏周旋”。从此，他以收复新疆为己任，密切注视着新疆局势的发展。1874年10月，他受命督办新疆粮饷之后，已经从后勤的角度，开始了进军新疆的实际准备工作。
1875年3月19日，左宗棠在兰州军营接到密谕之后，周密筹画了二十多天，于4月12日上了一道长达五千多字的《复陈海防、塞防及关外剿抚粮运情形折》，坚决反对放弃塞防、专顾海防的主张。他认为： 自从福州船政局开设以来，海防的创办已有头绪，不需别筹经费，经常性的练军之费不多，也不用别筹; 如果西北塞防费用充裕，自然可以匀给海防一些，可是，历年来，各省、关欠解塞防之饷已达两千多万两，没有余钱可匀; 乌鲁木齐没有收复，无总要之地可以扼守，断无撤兵之理; 即使收复了乌鲁木齐，停兵不进，防军之数不可能减少，也不会节省军饷; 只有尽快收复新疆，以伊犁和南疆等富裕地区的财富来负担新疆的防务，才有可能节省军饷; “若此时即拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸，而寇进尺，不独陇右堪虞，即北路科布多、乌里雅苏台等处，亦未能晏然。是停兵节饷，于海防未必有益，于边塞则大有所妨”。
①因此，左宗棠主张： “东则海防，西则塞防，二者并重。”
②这就是所谓的 “并重论”。
同一天，左宗棠还上了一道《遵旨密陈片》，毫不客气地弹劾了原任新疆统帅景廉的无能和死板，弹劾了原任粮饷转运帮办袁葆恒的主观武断，对用兵新疆的人事安排提出了建议。
5月3日，清政府发布上谕，认为左宗棠 “所见甚是”，决定采纳海防、塞防并重的主张，在加强海防的同时，出兵收复新疆; 决定将景廉和袁葆恒调回北京任职; 任命左宗棠为钦差大臣、督办新疆军务，并且表示“不为遥制”。这样，清政府就打破了边疆不用汉人的传统，将收复新疆的大权全部交给了左宗棠。
左宗棠主张海防和塞防并重，具有重大的战略意义。我们知道，中国近代以前的国防重点是塞防，是在西、北两方。从鸦片战争开始，资本主义各国相继从东、南沿海入侵，海防变得严重起来。从此，清王朝几乎把全部注意力转到了海防方面，忽视了塞防。林则徐最早看到了这个危险，他指出： 沙俄最终将成为中国的主要祸患。然而，他的话没有引起朝廷的注意。时过不久，沙俄就割占了我国一百五十多万平方公里的领土。对于这样重大的国防失误，恭亲王奕诉却轻描淡写地说成没有仔细考察疆域舆图。可见清政府在塞防上糊涂到了何等地步。李鸿章发展这一错误，竟然主张放弃新疆、专顾海防，如果得逞，其后果之严重，是不堪设想的。因此，左宗棠的“并重”主张，不但避免了专注塞防的片面性，更重要的是克服了放弃新疆的危险性，实际上是一条从当时全国大局出发的唯一正确的国防方针。
注重后勤 粮运兼筹
用兵新疆，有兵、饷、粮、运四大困难。左宗棠认为： 筹饷难于筹兵，筹粮难于筹饷，筹转运尤难于筹粮。粮、运两事，是用兵新疆的关键，“事之利钝迟速，机括全系乎此”
①。因此，“非粮运兼筹不可”
①。
俗话说，兵马未动，粮草先行。粮运对作战的重要性本来是不言而喻的。但是，象左宗棠这样，把粮运提到战略首位，在其之前的中外战争史上，是非常罕见的。为什么呢?因为历代战争，大都在人口稠密的富庶地区进行，既可以取粮于敌，又可以随地征粮，粮运问题并不突出。然而，用兵新疆，情况发生了重大变化。新疆地处祖国西北，荒漠贫瘠，水草缺乏。特别是兵锋首达的东疆、北疆地区，戈壁纵横，产粮极少。就是邻近新疆的河西走廊，因为多年战乱，粮食也很短缺。从甘肃到新疆，远隔数千里，沿途尽是戈壁、沙漠、高山、深谷，即使买到了粮食，要想运到新疆前线，也非常困难。在这种条件下，不首先抓粮运，就谈不到打仗。清政府调兵遣将多年，全无成效，成禄一军赖在高台七、八年，就是不出玉门关，景廉、金顺虽然出了关，却打不了仗，基本原因都在粮食。因此，左宗棠断然把粮运摆到战略首位，是十分必要的。
左宗棠受命之后，以相当长的时间和极大的精力，着重抓了以粮运为中心的各项进军准备工作。
首先是军队的整顿。进军新疆的数量问题，清政府缺乏深虑，总以为多多益善，在调遣景廉、金顺两军进疆之后，又催令左宗棠分兵出关，还调遣穆图善、宋庆、刘铭传三军出关。李鸿章从阻挠西征的目的出发，企图釜底抽薪，奏请将刘铭传部二十二营铭军调往山东、江苏驻防。有趣的是，当清政府征求左宗棠意见时，左宗棠不但完全同意，而且还要求把穆图善、宋庆两军调走或裁遣。他依据粮运的战略地位，坚决主张“精兵”。为此，他对已在新疆和准备出关的部队进行了大刀阔斧的整顿。
陕甘战争结束时，左宗棠辖有一百八十多营，他汰弱留强，一下裁掉了四十营，以后又作了进一步的裁减。金顺部原有三十营，进疆之前接统成禄部十七营，进疆后接统景廉部三十四营，共计八十一营，金顺以拥多兵为荣，不愿裁减，左宗棠便奏请清政府，命令他裁掉了四十二营。景廉在新疆时，曾教条地搬用古代 “寓兵于农”的政策，搞且耕且战，结果不伦不类，粮食没有生产出来，仗也打不了。左宗棠一接任，立即划分兵农为二，择其精壮者为兵，散其老弱者为农。对于原来驻守新疆各城的清军残部，则令保守现驻城隘，不担负作战任务。另从五十五营老湘军中精选二十五营作为主力，在粮运完成以前，暂在凉州(今甘肃武威)整训，待命出关。已经出关的张曜部十四营嵩武军，令其在哈密举办屯田。经过这番整顿，不但提高了部队的战斗力，而且为军饷和粮食的筹备数量提供了依据。
其次是军饷的筹集。用兵新疆，每年需饷约一千万两。当时的饷源仍靠各省、关供应陕甘的协饷、厘金和海关税，总计每年应到八百多万两。可是，拥护 “海防论”的督、抚们，一味拖欠，有的甚至停解。就连主张全力西征的王文韶，解饷也很不积极。当时，李鸿章系统的淮军，每年可发九个月实饷，而进军新疆的部队，每年只能发一个月实饷，这对于实行雇拥兵制、靠薪饷养家的勇营军队来说，是难以维持的。由于左宗棠与士卒同甘共苦，将每年官俸的大部分捐作军需; 加上广大官兵的爱国热情，军心还未动摇，薪饷还可继续积欠下去。但是，全军的粮草、盐菜、武器、被服的采买费和数额巨大的运输费，是绝对不能积欠的。
1875年，左宗棠筹办粮运，需饷急如星火，当年却只收到了二百六十多万两协饷。1876年初，左宗棠在要饷、催饷无效的情况下，申请借外债一千万两，又受到李鸿章和沈葆桢的反对。不得已，左宗棠再次恳请清政府准借四百万两外债以解燃眉之急。清政府体谅左宗棠的难处，决定从户部库存四成洋税项下，一次拨给左宗棠二百万两，令各省、关三个月内合解三百万两，逾期不到，准左宗棠指名弹劾，从重治罪。另外，让左宗棠自己设法借外债五百万两。左宗棠接到上谕，高兴万分。开战前的军饷筹集终于有了着落。
此后，左宗棠通过上海采运局，几次向外国银行借债，至1881年，总计借了一千三百多万两。同时还向本地、外地富商挪借了一些。加上各省、关每年解到一些，总算勉强解决了筹饷的难题。
与此同时，左宗棠组织了一套庞大的机构进行军粮的采运。他改变了过去成禄之流采取的摊派强征和拉差逼运的办法，实行采买和雇运的方针。他强调 “民为军食之本”，规定以合理价格收购粮食、支付运费，一地采粮不准过多，要保证农民留足口粮和种子，以便恢复和发展生产，为日后准备粮源。
按左宗棠在西北修订的《楚军营制》，步兵每营五百人，长夫二百人，骑兵每营二百五十人，长夫一百人，战马二百五十匹。兵、夫月需口粮四十五斤，战马月需粮料一百五十斤，草三百六十斤，草不够以粮料补充。总计入疆部队最多时达到百营左右，其中骑兵约占四分之一。每年约需粮食五千万斤，准备三个月作战口粮和三个月储备口粮，需要两千多万斤。军粮的采运，基本上按照这个标准进行。
在采买方面，左宗棠开辟了五个粮源： 一是河西地区。1875年采购到三千六百多万斤粮食。二是口北地区。由于河西地区粮少价贵、运费高昂，左宗棠经过调查研究，发现宁夏、归化(今呼和浩特市)和包头以西盛产粮食，经外蒙边有一条近路直达巴里坤，用骆驼运送，每百斤粮只要八两银子，比从河西采运便宜一半左右。左宗棠就在归化设了采运总局，在包头和宁夏设了分局。从1875年夏到1876年夏，共从此区采购到七百多万斤粮食。三是北疆地区。从古城(今新疆奇台)到济木萨，产粮虽然不多，还可以买到一点。为了防止采粮过多，左宗棠采取事先调查、确定购量的方法，共买到三百多万斤粮食。四是俄商之粮。1875年夏天，俄国商人索斯诺夫斯基到兰州拜访左宗棠时，主动提出从俄边斋桑湖一带为清军采运五百万斤粮食到古城，每百斤收费七两五钱，条件是允许俄商来西北做生意。左宗棠一合计，觉得很划算，答应新疆收复后再行通商。双方当即签订了合同。其实，这个所谓的商人原是沙俄军官所扮，卖粮的目的是为了左右清军行动，左宗棠虽未识破其阴谋，但也没有依赖俄粮。由于战争迅速胜利，索斯诺夫斯基的罪恶目的没有得逞。五是屯垦之粮。张曜所部于1875年开荒近两万亩，1876年收获了一百五十多万斤粮食，也解决了一点问题。
在运输方面，左宗棠采取了多种办法。俄粮包给俄商运送，口北粮食包给骆驼商队用直达方式运送，这两路的运输，费力不大。最困难、最复杂的是河西一线，不仅要运输几千万斤粮食，还要运输大批的武器、弹药、军装、被服等军用物质。从凉州经甘州(今甘肃张掖)、肃州、安西、哈密、巴里坤到古城，全长三千五百四十里。沿途人烟稀少，道路年久失修。尤其是从安西到哈密的一千多里，茫茫戈壁，砂砾纵横，除马莲井有点水外，没有台站，没有水草。从哈密到巴里坤，中隔天山，山高路险，大车难以翻越。由于多年战乱，牲口、民夫和车辆严重缺乏，购雇两穷。左宗棠从实际出发，规定玉门关内主要采用车运，玉门关外主要采用驼运; 在发挥官运(辎重部队)作用的同时，主要雇清民夫运输，关内百斤百里给银四钱，关外加价一钱; 具体方式是 “节节短运”，分程包干，各运一段，层递衔接，流水而进; 此外，还让军队裹粮出关。凡出关部队，除随身背带和车、驼装运一批粮食之外，走一大站后，再腾出车、驼回头再运一批，如此往复而前。
在左宗棠的调度下，从1874年10月到1876年5月，用了一年零八个月的时间，才将大批作战物质运达新疆前敌，并在哈密、巴里坤、古城等地库存了两千多万斤粮食。至此，以粮运为中心的各项后勤准备工作基本就绪了。
先北后南 缓进急战
1876年春，左宗棠奏调擅长办理后勤的刘典抵达兰州，负责陕、甘和新疆的后路事宜; 同时，委托 “英锐果敏、才气无双”、是年只有三十三岁的刘锦棠总理行营营务，负责指挥前敌诸军作战。4月7日，他自己从兰州移大营于肃州，居中坐镇，统筹调度。
依据新疆的敌情和地理条件，左宗棠计划以歼灭阿古柏入侵势力为第一期作战任务，战略部署是“先北路而后南路”
①。4月26日，刘锦棠在肃州正式受命出关时，左宗棠又授以 “先迟后速、缓进急战”的八字方针，告诫他务必做到 “前途有粮可因，后路有粮为继，乃为稳着”
②。
按照先北后南的战略部署，清军出关后，第一个战役是攻占北疆，收复乌鲁木齐至玛纳斯一带，扼全疆总要之处，为南进准备后方基地。
这时，阿古柏的主力都在吐鲁番地区，北疆是由投降阿古柏的白彦虎、马人得、马明各部防守的，总兵力约有两万人，主力六千余人部署在乌鲁木齐东北的古牧地(今米泉)。
左宗棠确定： 由刘锦棠和金顺两部六十四营、三万多人马担负作战任务; 刘锦棠到济木萨与金顺会师后，首先攻占古牧地，撤乌鲁木齐屏障，“成捣穴犁巢之举”; 再攻占乌鲁木齐满、汉各城，如果阿古柏从南路率军来援，“当有数大恶战”，刘、金两部应合力猛打数仗，歼灭阿军援兵，为下兵南路大张声威; 此后分兵两路： 金顺率部西攻昌吉、呼图壁和玛纳斯南北二城，刘锦棠率部在乌鲁木齐地区清剿残匪，准备对付阿军可能的反扑。战役发起的时机，左宗棠和刘锦棠反复商酌，最后定在秋初，因为届时 “新谷遍野，有粮可因”。
1876年8月上旬，北疆战役打响。在刘锦棠的机动指挥下，迅速攻取了古牧地和乌鲁木齐，金顺部西攻时，不战而下昌吉、呼图壁和玛纳斯北城，历时仅十多天。白彦虎、马人得率残部南逃。阿军五千骑兵来援，刚到达坂城，闻败而止。这些进展，比左宗棠预计的顺利得多。
左宗棠闻讯，高兴异常，立即着手部署天山战役，准备分兵攻取天山地区的达坂城、吐鲁番和托克逊，打开进军南疆的门户。计划一上奏，清政府也很满意，谕令他赶紧和刘锦棠 “约定师期”。不料，金顺 “攻坚无善策”，玛纳斯南城久攻不克，直到刘锦棠派去十一营老湘军增援，到11月6日才攻克。这时大雪已经封山，无法南进了。
清军攻占乌鲁木齐后，阿古柏非常恐慌，一面请英国主子出面调解，企图通过外交途径制止清军南进; 一面赶赴托克逊部署防御，企图以吐鲁番、达坂城、托克逊三城互为犄角，坚固设防，阻止清军南进。后见清军没有动静，又重新部署： 以南逃的白彦虎、马人得残部配合艾克木汗步骑八千五百、民团一万防守吐鲁番; 以其大总管爱伊德尔呼里率步骑四千四百防守达坂城，并于东西天山隘口之间筑成一座新城; 令其次子海古拉率步骑六千防守托克逊，总兵力约有三万多人，其中作战主力两万余人，并配备了大量的后膛枪、炮。阿古柏自己则退居喀喇沙尔(今焉耆)，作遥控指挥。
为了保护阿古柏这条走狗，英国公使威妥玛以代表阿古柏“乞降”为词，发动外交攻势，要求清政府停止进军，准许阿古柏为 “属国”，“免去朝贡”。清政府转询左宗棠，左宗棠断然拒绝，指出英国的阴谋是让阿古柏长期侵占我南疆地区。同时，左宗棠函告刘锦棠，大军南进时，如果阿古柏派代表真意求降，可押解肃州大营，如果意图缓兵，即将来使遣回。
左宗棠认为，天山战役不同于北疆战役，清军将同阿古柏的主力交战，需要认真对付。为此，他计划： 集中刘锦棠、张曜、徐占彪三支部队作战。同时给刘锦棠增调了骑兵、炮队各三营，给张曜增调了骑兵、炮队各一营(共计十六营)，给徐占彪增调了骑兵一营(共计六营)，合计三部兵力为五十三营、两万多人。依据敌情和刘、张、徐三军的分布，兵分三路，同时进击： 以刘锦棠为北路，从乌鲁木齐出发，由北而南，攻打达坂城，如果得手快，则分兵配合张、徐两军夹攻吐鲁番; 以张曜为东路，从哈密出发，由东而西，以徐占彪为东北路，从巴里坤出发，由东北而西南，出木垒河，越天山南下，与张曜在盐池会师后，合兵西攻吐鲁番，如果进展快，则西进配合刘锦棠夹攻达坂城;两城攻克后，三军合攻托克逊。战役发起的时机定于来年春融，具体师期，由刘锦棠与张曜、徐占彪约定，分期出发，定期攻敌。
玛纳斯一战，再次证明金顺 “粥粥无能”，难以独挡一面，恰逢清政府任命金顺为伊犁将军，左宗棠便将金部三十九营裁并为二十营，担负玛纳斯以西到精河一带的防务; 奏调驻包头的金运昌部十营皖军西行，接刘锦棠之防，驻守乌鲁木齐地区; 调徐万福三营、范铭一营接徐占彪之防，驻守巴里坤、古城地区，哈密防务则由刘风清部两营豫军和原哈密四营防军负责。
为了保证粮食供应，左宗棠令古城粮局采运九百万斤粮食到乌鲁木齐，加上清军在乌鲁木齐地区收割和采购的秋粮，为刘锦棠一军备足了四个月口粮。并令巴里坤粮局就地采购两百万斤粮食，加上从口北运来之粮，合成六百万斤，供徐军与接防之军食用; 又令肃州粮局、采运六百万斤新粮到哈密，满足张军之需。同时还赶运了一批军装、被服和新买的后膛枪、炮到达前敌。
南进之前，左宗棠向各部反复叮嘱： “大军规复旧疆，是吊伐之师，与寻常讨贼有异”
①，必须严禁杀掠奸淫，严禁骚扰百姓，要宽待阿军俘虏，争取南疆人民的支持和配合。
按照左宗棠的部署，天山战役从1877年4月中旬开始，前后不到半个月就胜利地结束了。刘锦棠一路攻打达坂城，仅用了四天就全歼守敌，无一漏网，还生擒了爱伊德尔呼里，打了一个漂亮的歼灭战。接着，刘锦棠分兵一部，与张、徐两军同日抵达吐鲁番城下。这时，艾克木汗、白彦虎已经南逃，马人得稍作抵抗后，率部投降。刘锦棠自率一部直捣托克逊，海古拉接战不利，慌忙烧毁存粮和火药，仓皇逃往喀喇沙尔。总计这一战役歼敌两万余人，救出百姓两万余人。刘锦棠对俘虏全部宽大释放，对百姓作了妥当的安置。爱伊德尔呼里主动写了劝降信给阿古柏。左宗棠的战役计划顺利地实现了。至此，南疆八城，门户洞开。
天山战役结束后，被左宗棠誉为 “深明缓进急战之义”的刘锦棠，建议 “暂作小停顿”。左宗棠认为，只作小停顿，粮运准备还来不及。从吐鲁番到库尔勒一千多里，沿途产粮极少，必须采运足够的粮食才能进军。吐鲁番本是产粮区，可是，存粮已被敌毁，当时青黄不接，新粮还要三个月才能收获。哈密、巴里坤、古城和乌鲁木齐各粮局所储存粮，短时间内运不出来。需要派人到吐鲁番和托克逊设粮局，采运粮草，还需要调运足够的银两随军前进，以备在库车以南随地买粮之用。因此，左宗棠决定，部队暂缓进军，待暑天过去和 “秋粮采运足供”之时，再举进兵。
清军的缓进，客观上促进了阿古柏营垒的分化瓦解。当天山战役打响之际，阿古柏从喀喇沙尔退到了库尔勒。库尔勒是维语“观望”的意思。阿古柏在 “观望”城中，观望到他的主力溃不成军，观望到被释放的俘虏为清军义务宣传，观望到他的部下纷纷投奔清军，观望到他的大总管给他的劝降信。1877年5月29日，阿古柏再也观望不下去了，他歇斯底里大发作，在残酷殴打他的部属时，突然中风，不治而死。树倒猢狲散，阿古柏的死亡，引起了一场内乱的爆发。海古拉携其父尸逃向喀什噶尔(今新疆喀什)途中，被其长兄伯克胡里所杀。艾克木汗在库尔勒自称为汗，进据阿克苏后被伯克胡里打败，逃奔沙俄。原来投降阿古柏的尼牙斯在和阗起兵，进围叶尔羌以策应清军，原叛国投敌的喀什噶尔汉城守备何步云，乘机反正，率军占据喀什噶尔汉城。这时，白彦虎独成一股，偷息于开都河西岸，随时准备逃窜。敌方的分崩离析，给清军继续进兵造成了极为有利的形势。
左宗棠预计，阿古柏死后，当面之敌，以伯克胡里和白彦虎两股为大，伯克胡里长于坚守，白彦虎长于流窜。一旦清军进攻，白彦虎必然迅速逃窜，其窜路有三： 一是西窜库车、阿克苏，正为清军追剿之途，不必别为布置; 二是经罗布泊、吐鲁番边界，东窜敦煌，逃入青海。这一路山泽盘旋，荒僻少粮，可能性不大，三是由西转北，经伊犁边界，回窜昌吉、玛纳斯一带，这一路地势平衍，道路纷歧，威胁最大，必须预先设防。为此，左宗棠令金顺和金运昌两军，“远发侦探，加意预防”，随时准备截击白彦虎的回窜。
南疆八城，以喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什为东四城，夹在天山山脉和塔里木盆地之间，东西一线，延绵三千余里。以喀什噶尔、英吉莎尔(今新疆英吉莎)、叶尔羌、和阗为西四城。由阿克苏向南，经一千五百多里驿路到达叶尔羌，叶尔羌以东七百多里是和阗，往西约三百里是英吉莎尔，再往西二百多里是喀什噶尔。八城中，以阿克苏的地理位置最为重要。
根据这种敌情和地势，左宗棠安排南疆战役分两个阶段进行： 第一个阶段攻占东四城，控制阿克苏; 第二个阶段攻取西四城，收复整个南疆。为了使战役顺利进展，左宗棠组成了三个梯队： 以刘锦棠部三十一营为 “主战”之军，组成一线兵团，首先出发攻敌; 以张曜部十六营为 “且战且防”之军，组成二线兵团，稍后出发，接防已克之城，清剿残敌，防敌回窜; 徐占彪一军在天山战役中曾勒索敌财，破坏军纪，左宗棠觉得徐占彪“不明事理，不受教益”，便将其撤回巴里坤、古城一带驻防。另调易开俊部七营安运军为 “防军”，组成三线兵团，在张曜之后出发，填防阿克苏以东各城。战役发起的具体时间，授权刘锦棠决定。
1877年9月下旬，清军粮运准备完毕，先遣部队控制了托克逊至曲惠一线。刘锦棠不失时机地发起了南疆战役。由于白彦虎一触即逃，刘锦棠机动灵活，断然率精锐步骑，以迅雷不及掩耳之势，一月驰驱三千里，在维族人民的支持和协助下，一举收复了东四城。
在此之际，英国又向清政府交涉，要求清政府准许伯克胡里在西四城 “立国”，作为属国，每年入贡。驻英公使郭嵩焘和李鸿章一唱一和，鼓动清政府批准这一侵略要求。清政府将情况通报左宗棠，左宗棠怒不可遏，立即上奏痛斥了李鸿章之流的卖国主张和英国的无理要求，同时命令刘锦棠一意进军，如遇外国人交涉，请其到肃州大营说话。
1877年12月初，刘锦棠得知尼牙斯和何步云反正的消息之后，不待张曜一军到达阿克苏接防，便分兵三路，于年底收复了西四城。除伯克胡里和白彦虎各率一部、分道投奔沙俄而漏网之外，余敌全部被歼。阿古柏侵略势力终于被消灭了，沦陷十多年的天山南北终于回到了祖国的怀抱。胜利捷报传到肃州大营时，左宗棠高兴万分，情不自禁地赞扬说： “大军西征，如飞如翰”，“功成迅速，则实古今罕见之事”。
①所以功成迅速，当然和左宗崇的正确指导分不开。尤其是他制定的先北后南、缓进急战的战略方针，收到了克敌制胜的效果。
先北后南，正确地选择了战略打击方向。从敌情看，阿古柏比沙俄弱，北路白彦虎、马人得等部又比南路阿古柏嫡系弱，先打北路，做到了先拣弱的打。从地理看，清军控制着哈密和巴里坤、古城、济木萨一带，具备先打北路的后方基地，乌鲁木齐是全疆的总要之地，可以制约南路。先打北路，既可以使清军依托后方，稳步进展，又可以割断阿古柏与沙俄的联系，制止沙俄东侵，形成对南路阿军的东、北两面逼攻之势。
缓进急战，正确地解决了新疆特殊条件下作战的基本问题。缓进的实质是粮运问题，新疆缺粮，军粮靠从外地采运。依靠当时的运输条件，要把几千万斤粮食和其它作战物质从几千里、上万里之外运到新疆前线，没有足够的时间不行。部队进军快了，粮运跟不上，仗打久了，粮运更困难，这就是用兵新疆的特殊所在。“缓进急战”四字，有效地解决了这个矛盾，真正把粮运放到了战略首位。左宗棠本人对此也极为看重，他曾指出： 收复新疆之战，“决机致胜，全在缓进急战四字。”
①这个看法，颇有道理。
此外，左宗棠对历次战役的部署也是正确的。战争期间，他一直坐镇于肃州大营，离作战前线远达数千里之遥。但是，由于他对敌情、我情和新疆的地理都有充分的调查研究，因而，能够通过当时军台、营塘传递文报的通信联络，实施了符合实际的战役指挥。真可谓运筹于帷幄之中，决胜于千里之外，表现了算胜先于战胜的指挥特点。
1878年，清政府派崇厚出使俄国谈判收复伊犁问题。次年8月，崇厚同沙俄签订了丧权辱国的《交收伊犁条约》，仅收回了伊犁一座孤城。左宗棠坚决反对这一卖国条约，坚决主张“先之以议论，决之以战阵”。在一场著名的 “和、战之争”中，他成为主战派的旗帜。1880年4月，左宗棠作出了三路出兵、收复伊犁的战役部署。5月底，他以六十九岁高龄，出玉门关，移大营于哈密，决心与沙俄决一死战。在左宗棠的积极奋战之下，色厉内荏的沙俄被迫将已吞并的特克斯河流域大片领土归还我国。
此后，左宗棠为国计民生，特别是为抗击法国侵略，做了不少有益的工作。1885年8月，他病逝于钦差大臣督办福建军务的住所。
① 《同治朝筹办夷务始末》,卷九十九。
①② 《左文襄公全集·奏稿》四十六,《复陈海防塞防及关外剿抚粮运情形折》。
① 《左文襄公全集·奏稿》四十三,《金军未能迅速出关折》。
② 《勘定新疆记》,卷二。
① 《左文囊公书牍节要》,卷十六。
② 《左文囊公家书》,《与孝宽》,东亚书局印。
① 《左文襄公全集·批札》六。
① 《左文襄公全集·批札》七。
① 《左文襄公家书》,上册。
