蔡翘，字卓夫，1897年10月11日(清光绪二十三年九月十六日)生于广东揭阳县仙美村一个富裕之家。父蔡增虔，母卢氏。蔡翘七岁入本村振华小学启蒙，1917年毕业于潮州金山中学。是年秋，蔡只身赴沪，入复旦大学附中就读。1918年9月，在北京大学中文系旁听。1919年五四运动爆发，蔡翘受科学救国思想的影响，于同年秋自费赴美留学。

蔡翘从沪乘轮途经日本抵美，受先期留美并小有名气的同乡郭任远的影响，于1920年春先后入加利福尼亚大学、印第安纳大学攻读心理学。1922年夏，入哥伦比亚大学读研究生，一学期后又转到芝加哥大学心理系继续读研究生。一年后，蔡翘的兴趣逐渐转移到神经解剖学和生理学方面。蔡翘认为这两门学科非常具体，归国后能更好地为国家和人民服务。他在芝加哥大学文理学院就读时，先后发表四篇科学论文，《大白鼠的记忆曲线》是其博士论文。他在导师赫里克(C.G.Herrick)的指导下，对美洲袋鼠脑结构进行研究。在实验中的细心观察，整整花去半年的时间，终于找到过去未曾发现过的下丘脑和中脑被盖间的一个微小新核团及两条视觉神经分支的起源和终点，并进行详细描绘和理论阐述。在研究中，蔡翘进一步发现中脑被盖中与眼球活动及其脏腑活动有关的一个神经核区。这一发现提供了视觉与眼球反身关系的解剖基础。这一重大发现，引起国际神经解剖学界的极大关注，誉其为“蔡氏神经核区”，美国神经解剖学家克拉克(C.G. Clark)教授在其著作中引用了这一科研成果，直到70年代，这一成果还为外国学者所引用。不久，蔡翘被导师推荐为美国西格马赛学会的会员。

1925年夏，蔡翘于芝加哥大学研究院毕业，获得哲学博士学位。是年秋，他由加拿大绕道日本回上海，受聘于复旦大学任教授。当时复旦大学尚无生物学科，蔡翘立即编写教材，筹措经费，购买仪器，建立实验室，逐步开展生物学和生理学教学实验室，建立了复旦大学的生物学科。1927年秋，蔡翘加入中国生理学会，担任《中国生理学会会志》的编辑。同年秋，他转到吴淞中央大学医学院生理学系执教，除教生理学外，还兼讲授比较解剖学、组织学和胚胎学等课程。1929年，蔡翘用中文编著的《生理学》教科书由商务印书馆出版，这是我国第一本大学生物系生理学课本。他又于1936年增订出版了适合医学院的教材《人类生理学》。这些教科书于解放前曾多次修订再版，一直为国内各类大专院校采用。抗日战争期间，根据地的八路军医学校及后来的延安卫生学校也用其为教材。

蔡翘于教学上讲究教学艺术，形成一套行之有效地教学方法：首先他要求学生掌握基本理论知识;其次他特别注意培养学生的能力，尤其是实际操作能力;同时注重提高学生的写作能力与表达能力。蔡翘非常重视科研工作，他认为不搞科研，教学水平是不会提高的。他在复旦和中央医学院工作期间，与助手徐丰彦做过关于甲状腺与钙磷代谢的研究，在《中国生理学杂志》上发表了多篇论文。

1930年，蔡翘得美国洛氏基金会资助，先后在英国、德国留学进修。先于伦敦大学，与生理学系耶文思(L.Evans)教授合作研究肝糖原代谢问题，并将研究成果发表在1931年《英国生理学报》上。继之于英国剑桥大学神经生理学家艾德里安(E.D.Adrian)教授(诺贝尔奖金获得者，曾任英国皇家协会会长)实验室从事神经传导生理研究，证明了蛙趾单条传入神经纤维的放电频率随着肌腱的拉长而增加，但电位的幅度不变。其典型神经电位记录图，后被著名的英国大型生理学参考书《人类生理学原理》及哈利斯(Harris)所著《实验生理学》所引用。1931年冬，蔡翘到德国法兰克福大学进修，并访问了多名教授的实验室。

不久，蔡翘归国仍执教中央大学医学院。半年后，受聘英国人在上海所办的雷士德医学研究所任副研究员，同助手易见龙、技术员蔡纪静从事肝糖原代谢的研究工作。1933年—1937年间，蔡翘与易见龙合作，在《中国生理学杂志》上连续发表十多篇关于肝在糖代谢中作用的论文。这些实验和论文，第一次直接证明在安静不麻醉状态下，肝脏能利用食物中蛋白质的分解物以产生糖原，尔后再分离为葡萄糖离开肝脏，经由血液循环系统以供全身所需。当时国际生理学界非常重视蔡翘和助手在上海雷士德医学研究院取得的研究成果。它的重要意义就在于动物处于清醒而安静状态下(排除了麻醉和外科手术的影响)可以保持正常的肝功能。1934年，蔡翘被推选为英国生理学会会员。遗憾的是，由于日本发动侵华战争，迫使蔡翘中断了这一课题研究。

蔡翘怀着强烈的民族责任感，认为上海雷士德医学研究所虽然生活条件较优越，科研成果也较丰硕，但毕竟是为外国人工作，不能实现为祖国服务、为国家培养人才的抱负，发展民族的科学事业更是无从谈起。他曾对人说过：“雷士德医学研究院像租界一样，受外国管，受洋人的气，心情不愉快。”1936年秋，蔡翘决定提前一年中断合同期约，接受中央大学新建医学院之聘，任生理学教授，再次创建生理科，并编著《生理学实验》一书。

1937年7月，全面抗日战争开始。是年秋，中央大学本部内迁重庆，中大医学院因实习医院迁成都，先借华西大学部分校舍开学。1938年，蔡翘发起组织华西大学、齐鲁大学医学院及中大医学院共同成立了中国生理学会成都分会，每季度举行一次学术报告会，交流科研成果。1941年6月，又倡议并主持创办了英文版《中华生理学学会成都分会会志》，四个月出一期，到1945年6月，共出十三期。太平洋战争爆发后，由北京林可胜主办的《中国生理学杂志》被迫停刊，该《会志》成为大后方唯一的生理学学术刊物。

蔡翘是位富有献身精神和善于创业的科学家，中大医学院迁成都后不久，他就在科内建起机械室，使用简陋的工具和自造的土车床、钻床，从维修本实验室的仪器开始，逐步发展到制造成套的生理学教学仪器。除供自己教学、研究需要外，从1939年起还陆续供应国内各大学、医学院校等六十多个单位，其中包括延安中国医科大学，成了当时国内各教学科研单位成套生理仪器的唯一供应地。他还带领助手们自己提纯药品试制，以解决教学、研究之急需。实验室迁到成都城里某中学后，蔡翘就亲自动手安装自来水，改善实验室的工作条件。抗战时期，成都科技图书资料奇缺，他把个人之藏书和尚能从国外寄来的科学杂志陈列在本科图书室，供大家阅览。1943年，蔡翘作为六位交换教授之一赴美讲学一年，回国时为中大医学院购得一大批较新的参考书和一些仪器。蔡翘十分关心本科同事的生活疾苦，在出售自制仪器和维生素B糖浆所获收益中，提取部分作为教学研究成绩优秀者之年终奖金和生活困难者之补助费;自制豆浆供大家饮用;利用麸皮、豆渣等下脚料养猪，年终每人分得一份;本科动物房周边之空地自种蔬菜，改善伙食，如此等等，他都亲自参与其事。

蔡翘为人正派，善于与人合作共事，团结各方面人才。他当时领导的生理实验室是后方条件最好的实验室，一时吸引了各方人才，使抗战时期中大医学院生理、药理两科的人员日增，教学和科研不断得到发展。在他领导下工作的有易见龙、吴襄、李瑞轩、宋少章等二十多人。蔡翘还调来他处任职的徐丰彦、周金黄、朱壬葆等教授并配备助手，按他们自己的特长和思路开展研究工作。蔡还非常重视技术员和技工的作用，同时也要求技术员和技工加强理论知识学习。科内同事都能合作共事，和睦相处。蔡翘特别关心年轻人的进步成长，教育年轻人珍惜时间，发奋图强，在教学和科研上努力提高自己，为他们提职、出国深造创造条件。

抗战期间蔡翘主持研究课题有以下四个方面：猫在去大脑及切除垂体后的利尿率;中国人的肺活量、血象、生长率、血型感觉敏感度、基础代谢等正常生理标准;红细胞脆性及溶血与抗溶血机制的研究;血清中缩血管物质的研究。这些科研成果分别发表在《中国生理学杂志》、《中国生理学会成都分会会志》以及英美有关的生理学杂志上。 与此同时，蔡翘还曾指导七八位学生和同事，研究胆固醇——卵磷脂的溶血对抗作用，发现胆固醇有保护红血细胞免于被卵磷脂从食物吸收过多而发生溶解。

1946年春，中大医学院迁回南京，蔡翘再次带领科内人员在医学院新址丁家桥利用旧仓库改建成教室和实验室，很快恢复了教学和研究，当时中大校长吴有训把改建成的实验室誉为Palace Hotel(皇宫旅馆)。蔡翘与两位美国教授在这里一起举办了一期血液技术研究班，有二十多位来自全国各地的高级教学、研究、医务人员参加。他同陈定一阐明了小动脉的自动止血机制以及小动脉、小静脉和毛细血管受伤后的不同止血过程。1947年8月，蔡翘在国际生理科学牛津会议上报告了这一研究成果，受到外国学者的重视。这一成果至今仍被外国学者引用。1948年，蔡翘代理中大医学院院长职务，并被选为中研院院士。

中华人民共和国成立后，蔡翘先后任南京大学医学院院长、第五军医大学校长。受卫生部的委托，蔡翘举办了生理学高级师资进修班，学员毕业后，被分到各医学院任教。1954年，蔡翘调往军事医学科学院出任副院长、研究员和院学术委员会主任。1955年，被聘为中国科学院生物学部委员。蔡翘是我国航空生理学的创始人和开拓者，他主持领导了航空、航海生理学的一系列研究。1967年—1969年，蔡翘完成了《航空航海医学基础》初稿，吸取各方意见后，定名为《航空与空间医学基础》，于1979年出版。1978年以后蔡主要从事基础医学的研究，虽年事已高，仍能洞悉当前生理学发展趋势，继续为科学事业而奋斗。

1954年，蔡翘被推为第一届人大代表，并连任到第五届。1961年，蔡翘加入中国共产党。

1990年7月29日，蔡翘在北京病逝。

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