十三世纪罗马教皇为维护教廷统治，以审判“异端”为名，镇压进步思想和言论的强硬策略。在基督教发展过程中，教会的“正统派”把不符合“正统”教义的思想、学说称为异端。到十二世纪，西欧异端运动进入一个高潮阶段，意大利的阿诺德派、法国的阿尔比派等异端派别从揭露教会当局腐败现象开始，逐渐发展到对某些正统教义的批判，以至于公然与教会当局对抗。为了平息异端运动，教皇用建立异端裁判所(又称宗教法庭或宗教裁判所)的办法，来惩办和镇压各种“异端”言行。

1220年，教皇洪诺留三世(Honorius Ⅲ，1216—1227在位)通令建立异端裁判所，用于侦察和审判“异端”。根据教皇的理论，异端乃叛逆上帝，其罪甚于背叛国王。1233年，教皇格列高利九世(Gregory Ⅸ，1227—1241在位)发布通谕，宣称只有教会有解释教会法规和审判异端的权利，宣布设立中央集权的异端裁判所，同时指定多明我会会士担任异端裁判所的裁判官，直接向教皇负责。1259年，裁判官的权力已达到不受任何教会控制，并有权解释国家和教会法规的地步。1252年，教皇英诺森四世通谕再次明确异端裁判所的组织地位，并允许在裁判过程中使用刑罚。

异端裁判制以审判宗教异端为名，对一切揭露教会黑暗、反对封建统治的人，和许多宗教改革派人士都统统扣上“异端分子”或“异端嫌疑者”的帽子加以残酷镇压，刑罚之酷令人发指。在审判中，原告和证人姓名严格保密，对被告的审问也严格保密，而且都以假定有罪为出发点，因此往往不惜罗织罪名。侦讯中大搞逼供，一切对被告有利的证词都不允许成立。被告可以不经审判而被处死。认罪并表示悔改的，另行处以鞭笞、监禁等刑罚。认罪后如翻供则要处以死刑。所有被判异端者，一律没收全部财产并处以监禁，流放以至火刑等处罚。十六世纪以后，许多进步的科学家、思想家如布鲁诺、伽利略等，因其科学发现与教会传统观念相抵触，也受到异端裁判所的残酷迫害。西班牙的异端裁判所最为残暴，1483—1498年间受迫害者即达10万人。在血腥的镇压下，教皇的权势得到暂时的巩固，西欧进入中世纪最为黑暗的时期。

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