1966年“文化大革命”开始，俞剑华先生随即就进了牛棚，并被扣上了“反动学术权威”的帽子;此时的林树中在学术研究方面也已经具有了一定影响力，因此也被人贴了大字报，称他为“资产阶级学术权威的接班人”，差一点也要进牛棚。但因为历史清白且是烈士家属，最终还是逃过一劫。1967年，42岁的林树中在江浦农场劳动，并多次下乡。他白天劳动，晚上则搞自己的业务。这一年，他题写《<南史>摘要》，内附《晋书》与《南齐书》部分摘要。此笔记起于1966年到苏北参加“社教运动”时，林树中抽空阅《晋书》《南史》等，并作笔记。笔记时断时续，直到1967年末才告一段落。这一阅读与笔记，对以后研究六朝美术史打下了基础。
六朝(公元222—589)，一般指中国历史上三国至隋朝的南方的六个朝代。即孙吴(或称东吴、三国吴)、东晋、南朝宋(或称刘宋)、南朝齐(或称萧齐)、南朝梁、南朝陈这六个朝代。六朝京师均是南京(孙吴时期名为建业，西晋司马邺称帝后为避讳，改名建康)，因此南京也就成为六朝遗存最为丰富的地区。在下放农场劳动期间时，林树中白天操作在水稻田，晚上却挑灯夜读，通读“廿四史”，特别细读魏晋南北朝阶段的历史和文论、书画论。把自订的《文物》和《考古》差不多翻读一遍，这两大期刊成了他的良师益友。在参加“评法批儒”的同时，特别留意六朝艺术的研究，口头上天天不离“六朝”，并写关于六朝的文章，以至红卫兵给他起了个“林六朝”的绰号。
20世纪60年代末，虽然大多数时候为了写“检查”和“交代材料”，林树中不得不中断自己的专业研究，但他还是忙中偷闲地撰写了《看了南京出土<七贤与荣启期>砖印壁画、<邓县画像砖墓>后，对南朝画的新认识》以及《隋唐五代美术史研究》提纲。可以说虽然无法动笔，但是其思想却一直执迷于自己的学术当中。在此期间，很多同行对事业失去信心，把所藏专业书刊秤斤卖给贩破烂的;而他却继续坚持自己的理想，始终没有放弃。
林树中1975年摹《荣启期与竹林七贤图》
到了“文革”后期，学术研究的氛围较前期相对宽松，而此时林树中关于六朝美术的研究从实物的调查收集到文献的探索已有很大的积累。1977年1月，林树中在《文物》发表了《江苏丹阳南齐陵墓砖印壁画探讨》。文章中他首先肯定南京西善桥、丹阳南朝大墓发现砖印壁画的重大历史价值，比之传为顾恺之《女史箴图》有过之无不及。他以文物考古和文献考证相印证的方法论证出丹阳南齐一号墓墓主应是被追尊为景帝的萧道生夫妇，其年代应为建武元年(公元494)。文中还针对原发掘报告中所称的“砖刻壁画”名提出商榷，认为应称“砖印壁画”。这一新术语后来已被文物考古工作者普遍承认并使用。对该墓的砖印壁画“四神”“羽人戏虎”“飞仙”，仪仗等一一考证，比较分析，纠正了丹阳南朝大墓中《竹林七贤与荣启期图》的母本作者问题，有的先生根据《历代名画记》所载顾恺之评戴逵作《七贤》的一段话，定为戴逵原作也有的先生认为壁画风格与顾恺之有很深的渊源关系，倾向于顾恺之原作。林树中通过慎审的临摹、分析和反复比较，发现此壁画以“笔迹劲利”的铁线描为主，区别于顾恺之的“春蚕吐丝”般的高古游丝描。而且，传为顾氏的《女史箴图》中的人物形象较为丰满，区别于此壁画中人物的清瘦形象，即所谓的“秀骨清像”。在具体论述陆探微的活动年代、社会地位、影响范围及其对顾恺之画风的继承和发展以及南齐的审美时尚等因素之后，确认此母本为陆探微原作的可能性更大。这些论点后来为《中国美术全集·原始至魏晋南北朝绘画》参用，著名美学家李泽厚也据此在他的《美的历程》中论证魏晋风度与人的主题。此文还考证出陆探微的卒年为南齐永明三年(485)，这一点也已被新编《辞海》采用。林树中从美学的角度探讨南京和丹阳宋、齐帝陵砖印壁画，并把美术史的研究和美术考古等作为交叉学科，扩大了美术史的研究领域，实现了对六朝美术史研究的新突破。论文得到国内外考古和美学、美术史界的极高评价——中国考古学界第一人、中科院院士夏鼐对此高度赞赏，称之为“震动了美术史界与考古学界的一篇论文”，并曾就此亲自与林树中面谈;宿白教授则认为林树中在六朝研究方面已经颇有成绩了，笑称：“尽管你当年考研究生时没有录取，将来我们还要请你来北大讲课呢。”这篇文章可以说是奠定林树中在学界声名的基石之作。其后林树中又与考古界的南京大学蒋赞初教授、南京博物院罗宗真研究员共同确认南京西善桥大墓为南朝宋孝武帝刘骏景宁陵(1464年建)。
此后在1979年第3期《文物》上，林树中又发表了《常州画像砖墓的年代与画像砖的艺术》一文，文章将该墓年代定为南朝末期或稍晚，并论及画像砖的艺术特点，这些也被《中国大百科全书·考古学》采用。而这篇文章的出现，也是缘于1975年末，林树中参加的常州南郊发现南朝画像砖墓发掘报告的写作，为此他还在常州博物馆住了十天左右的时间。这些成果的发表，开创了六朝美术史研究的新阶段。
“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中。”作为六朝故都的南京，历史留下了一个又一个脚印，那些积淀着民族艺术精神和创造智慧的陵墓石雕、砖印壁画、青瓷、书画和画论等实物和文献，都需要作深入细致的研究。林树中以史家的敏锐目光发现了六朝美术的特殊价值，从而开辟了一个崭新的研究领域。在那视学术如粪土的年代里，林树中不顾白天劳动的辛苦挑灯夜读，还曾多次考查丹阳、镇江和南京各六朝遗址，在同行面前津津乐道他对六朝美术的见解。凭着对真理的追求，他一方面吸收朱希祖、朱楔、向达、俞剑华和傅抱石诸前辈所取得的成果，同时也真诚直率地指出他们的疏漏和错误。林树中的研究，是在考古学的基础上结合美术史研究。这种研究方法在他的《南朝陵墓雕刻》和由他主编《中国美术全集·魏晋南北朝雕塑》中同样可以让读者领略得到。经过对南京和丹阳地区南朝陵墓雕刻遗迹所作十多年的全面调查，他认为东吴东晋仅有墓碑、石兽始自南朝宋，且继承汉代石刻的优秀传统，同时又适应了新的审美时尚，还将其分为宋的平直简朴、齐的窈窕夸张、梁的豪迈雄强和陈的小巧繁富等四种风格特征，也就是四个时期。在同北朝的比较中，他指出南北朝陵墓雕饰的区别：南朝更多地继承了汉代文化传统，重视地面石刻，以壮观瞻，北朝则佛教观念更多地反映在地下墓室雕饰和随葬品中南朝墓室雕饰以画像砖为主，北朝则以石刻为主。总的来说，南朝俏秀、玲珑、活泼，北朝质朴、厚实、庄重。
佛教雕塑在魏晋南北朝雕塑中所占比重最大。对于这种外来宗教的造像艺术，林树中认为它“从一开始就不是全搬外来的形式，而是植根于传统艺术之上的”。新疆地区诸石窟造像虽保留了较多的犍陀罗笈多式佛像样式与手法，但都表现出民族化了的种种迹象。“再往东而敦煌、炳灵寺、麦积山、云冈、龙门诸石窟，也都表现出接受西来影响而又加以民族化的特点，而且地域向东和南，时代越往后，这种民族化的迹象就越突出”，从而看到“中华民族勇于吸收外来艺术的营养，而又融化在民族艺术中，创造新艺术”。在论证过程中，林树中始终以辩证唯物主义和历史唯物主义的基本观点和方法为指导，将考古挖掘与美术史研究结合到一起了。其意义不只是在于填补了考古学与美术史学之间的隔阂，更在于它对美术史这门学科建设的启示。
正所谓“博观而约取，厚积而薄发”。林树中学术成果的不断显现，是经过长期的积淀后的结果。参详一部分由他自己审定的年表，人们不难得知，即使在趋于混乱和瘫痪的十年动乱期间，林树中依然马不停蹄的做了大量相关准备工作：
1972年，47岁4月，到南京博物院参观“文革”出土文物展，特别对南京西善桥大墓、丹阳皇陵出土的砖印壁画拓片展出印象尤深。并与赵青芳、罗宗真等先生交换“文革”中出土文物的意见。
4月，在江浦五七农场写“致南京博物院革委会主任姚迁”信，主要探讨、征询关于南京西善桥及丹阳南朝大墓砖印壁画问题，为撰写论文作准备，此信对其后来研究六朝美术有里程碑意义。
5月9日，在江浦农场作《历代名画记》读书笔记，有《顾恺之评荀勖画》等，《历代名画记》著录画目 (部分卷轴画，未完稿)等。
1973年，48岁4月，到丹阳考察新出土砖印壁画南齐帝陵的墓地，收集壁画砖、花纹砖及文字砖，调查南朝陵墓石刻，进行摄影，收集资料。
6月5日晚，整理好南齐三陵墓砖拓片，装成图片，并作说明。
6月，与王子云、刘汝醴、张祥水同志调查南朝陵墓石刻，在甘家巷作萧秀墓碑侧拓片。同月，作陈武帝万安陵石兽速写。
11月25日，对在丹阳所作梁文帝萧顺之建陵神道石柱额之拓本等进行整理并补记。
1974年，49岁作《诸葛亮<夷图>及蜀汉画像砖<采桑图>》稿。
秋，赴沪，参观上海博物馆，作《古代绘画展览笔记》。
9月18日，与王子云先生调查南京狮子冲陈文帝陵石刻，并至甘家巷萧秀墓，拍有照片。
9月22日，同王子云先生、张祥水同志至江苏句容调查南朝萧绩墓石刻。
9月24日，拍摄南京麒麟门刘裕初宁陵照片。
今天听来，“林六朝”“六朝痴”是学界对于林树中六朝美术研究领域成果、地位的赞美之词，然而回归到当年的环境中，这些不过是时人对他所作所为的不解、不屑而起的一系列绰号而已。事实上正是有了这种不惧冷眼、不怕坐冷板凳的精神，林树中才能在此阶段中打下如此丰厚的基础，并在70年代后期井喷式地输出那么多具有分量的学术成果。当然除了这种一以贯之的精神，这一阶段在六朝美术研究方面的成就，也使得他从老师前辈的荫蔽中渐渐走了出来，呈现出自己在学术研究方面更为独立鲜明的形象。
