我国执行食品卫生法的大量工作是由政府卫生行政部门领导下的各级食品卫生监督机构进行的。我国食品卫生行政和监督体系见附图。

全国食品卫生行政和监督体系

注：图中粗线条框内是法律授权的食品卫生监督工作方面的特种监督机构

我国食品卫生法第三十三条规定的监督机构八项职责，其中包括义务和权利。义务方面除监测检验外，包括宣传教育、卫生知识培训等，其中第七项对违反本法的行为追查责任、依法进行行政处罚，既规定了行政处罚的权利，又是监督机构为保证公共安全应尽的义务。应追查的未追查、应处罚的未处罚，这种不行使权利的行为也是玩忽职守。我国食品卫生法授予监督机构的权利包括形成权(如发放卫生许可证)、命令权、管理权、处罚权。对这几种监督权，特别是处罚权，各国授予和行使的方式有很大区别。日本食品卫生法授权予省长级地方政府首长。然后地方政府根据地方自治法再进行第二次委任性授权。对处罚权不称之为处罚权，而把吊销卫生许可证、限令停业改进、销毁违法食品等强制性措施解释为“为保障公共安全而必须采取的行政措施”。美国采取这一类行政的强制性措施时，先向生产经营者提出“销毁违法食品”之类的要求，如生产经营者同意，即自己自愿执行，否则监督员通过法律程序由法律执行处强制执行。在法律队伍庞大，法律程序浩繁的国家，一切行政法范畴的强制权均由司法部门执行。我国根据国情规定直接把监督权(包括行政处罚权)授予监督机构，且为一次授权，不再分二段委任性间接授权。

国家和地方监督机构以外的与监督工作有关的机构有：

(1) 口岸的食品卫生监督检所： 同样是执法的食品卫生监督机构，主要负责对进口食品的监督检验工作。

(2) 铁道、交通、厂(场)矿卫生防疫站： 在管辖范围内执行食品卫生监督机构的职责，在规定范围内同样行使监督权。由这种机构行使监督权的主要原因在于这些部门和地区有特殊管辖范围(陆路运输线、水路运输线)，有的管理较集中的居民区。但这并不意味着以食品生产经营企业的主管部门自身卫生管理系统的身份执行卫生监督机构职能。因而商业系统、轻工业系统只设自身卫生管理系统，而不被承认为国家食品卫生监督机构。

(3)卫生检验机构： 我国食品卫生法第三十五条规定卫生部和卫生厅可于卫生监督机构外确定具备条件的单位作为食品卫生检验单位进行食品卫生检验出证单位。卫生检验出证是卫生监督工作中一项必需的工作。目前我国的出证单位主要集中于卫生监督机构中，属于与监督业务科室平行的检验科室。由于监督工作的法律程序，监督员不能自己出证自己监督，因此由监督机构以外的指定检验机构负责出证工作，更为合理。

(4) 其他授予部分管理权利义务的单位 食品卫生法第二十七条规定： 城乡集市贸易的食品卫生管理工作和一般食品卫生检查工作由工商行政管理部门负责，畜禽兽医卫生检验工作由农牧渔业部门负责。第二十九条规定出口食品由国家进出口商品检验部门负责卫生监督检验。

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