扁桃体属于免疫器官，可产生各种淋巴细胞和特殊抗体，还能分泌干扰素，抵制细菌生长，故具有抗细菌、抗病毒的防御功能。咽部是饮食和呼吸的必经之路，经常接触较易隐藏病菌和异物，咽部丰富的淋巴组织和扁桃体执行着机体这一特殊区域的防御保护任务。3～5岁儿童扁桃体的免疫功能最活跃，它对于儿童免疫力有着关键的影响。6～7岁儿童的淋巴组织增生腭扁桃体呈生理性肥大，中年后可逐渐萎缩。

扁桃体是口咽部第一道防御线，也易遭受葡萄球菌、肺炎球菌、链球菌等病菌侵袭而发炎。这些细菌通常存在于人的咽部和扁桃体隐窝内，正常情况下，由于扁桃体表面上皮完整和黏液腺不断分泌，可将细菌及脱落的上皮细胞从隐窝口排出，当机体抵抗力下降，腺体分泌功能降低时，扁桃体就会遭受细菌感染而发炎，扁桃体反复发生感染，半年3～4次，一年6～7次，连续发作2～3年，可考虑手术切除扁桃体。因为扁桃体经常发炎会引起鼻炎、哮喘，影响咽鼓管功能甚至听力受影响或者引起反复发作的风湿性关节炎、心肌炎、肾炎等。儿童期的扁桃体生理性肥大是正常现象，但这种生理性肥大影响到呼吸、睡眠、吞咽时可考虑手术切除。

目前，没有发现扁桃体切除对成人或儿童会产生明显的不良后果。

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