皇太极和哲哲福晋结婚十多年，仍然无子，这使科尔沁蒙古王公极为不安。哲哲为了科尔沁蒙古在宫廷中的地位和利益，也为了使自己的生活不感到寂寞，在征得科尔沁蒙古王公同意后，便向皇太极提议，让自己的侄女布木布泰进宫侍奉他。皇太极虽有不少漂亮的嫔妃，但后宫没有一个绝色，一听哲哲此言，立刻同意。原来，在此之前他曾见过这位侄女。那是天命十年(1625)二月，皇太极在都纳治军，准备大举进犯明边，练军闲暇时，在他的大舅子莽古思之子宰桑家饮宴，见宰桑之女布木布泰艳丽绝伦，不禁为之动心，当即大为赞赏，有意聘纳。就这样，布木布泰成了皇太极的又一个福晋。当时她只有13岁，楚楚可人，一双机灵的眼睛无所畏惧。当时，皇太极34岁。举行婚礼的那天，宰桑遣子吴克善送女。皇太极出迎，遇于沈阳城北岗，筵宴如礼。将要到辽阳京城，努尔哈赤率诸贝勒及后妃等出迎10里，大宴，以礼成婚。皇太极得此美女，爱宠专房。又见她谈吐不凡，智慧超群，更加器重。
崇德元年(1636)皇太极称帝后，布木布泰被封为庄妃。崇德三年正月，庄妃喜得贵子，取名福临，他是皇太极的第九子。福临生得眉清目秀，十分聪明，深受父皇宠爱。
崇德六年(1641)七月，皇太极抱病出征，亲自指挥了具有决定意义的松锦大战，打垮了明蓟辽总督洪承畴率领的13万军队。洪承畴战败被俘，锦州守将祖大寿被迫投降。锦州沦陷，明朝经营了20多年的宁锦防线全部崩溃。这不仅使山海关变成了一座孤城，而且也大大加深了北京的危机。皇太极曾说： “取北京如伐大树，先从两侧砍，则大树自倒。现在，明精兵已尽，我再四周纵掠，北京一定可得。”
洪承畴对中原的形势、风土人情，甚为熟悉。皇太极久有吞并华夏的宏图，早知洪承畴之能，他遣谋士说客，千方百计劝洪承畴降清。可是被囚禁在三官庙的洪承畴却拒绝投降。他辱骂劝说归顺的使者，声称愿做断头将军，要求早死。他穿上污血斑斑的明朝服装，朝着北京的方向跪倒，向崇祯皇帝告别，并断然绝食，三天不进滴水。皇太极召集诸王贝勒、内院学士商量对策，大家都劝皇太极放弃招降的打算，就连老谋深算的大学士范文程也认为招降怕是难于成事。皇太极怀着颇为失望的心情，走进永福宫，不禁感叹。庄妃关切地问道： “国主威凌华夏，无往不克，何以近来长吁短叹，有什么忧心的事吗?”
“你们女流之辈，知道什么国事。” 皇太极说。
“国主虎威，降蒙古、平朝鲜，大胜明军于松山，长城以外都已为我所有，是否以未能并吞中原而不乐?”庄妃说。
“你倒是聪慧，猜到我的心意。” 皇太极称赞说。“经略洪承畴，乃中国杰出人才，我爱其才，想要进军中原与明争天下，非有一熟知中原内情的人领路不可。我有心说降洪承畴，无奈他誓死不降。他的仆人金升说他喜欢女色，我装饰了几个美女去侍侯他，都碰壁而回。我真想不出其他好计策了。”
庄妃听皇太极说出因由，沉思许久，似有所悟。她对皇太极说： “洪承畴若肯归顺，夺取中原的大门就打开了。皇上，可不可以叫范文程来一趟?” 皇上同意了。不一会儿，范文程来到永福宫。庄妃详细地询问了洪承畴的家世、经历、爱好、脾气等情况，之后，对皇太极说： “我有一计，只是不好说。” 皇太极说： “能为我想出收降洪承畴的计策，不管怎样都可以。” 于是，庄妃低声悄语说出她的计策。皇太极不禁陷入沉思，最后决定由她去试一试。
庄妃本来就很美，如今正值二十八九、风华绝代的年龄，在盛饰之下，分外娇媚。她暗带一小壶人参汤入侍，见洪承畴闭目面壁，哭泣不止，劝之不成，就说： “将军即使绝食，难道不喝口水而后就义吗?” 说时话音委婉，情感亲昵，一双纤纤玉手，丰若有余，柔若无骨，手中捧着一把玉壶，轻轻放到洪承畴唇上，洪承畴不得不喝了一口。不一会儿，庄妃又照此办理，洪承畴也就连饮不辍，一壶人参汤就这样慢慢地喝下去了。洪承畴把味一辨，知道是人参汤，不禁思家心动，又看到面前有这等美妇，生的欲望逐渐产生了。庄妃又连日劝慰，百般奉迎，以柔克刚，天天进奉美味佳肴，洪承畴渐渐地意转心回，终于吃喝照常，最后投降了。庄妃是多么的善于计谋，不同等闲!
庄妃降伏洪承畴后，返回永福宫，皇太极突然发现： 庄妃那秀丽的容颜显得分外娇艳，晶莹流盼的眼睛格外温柔，丰满细嫩的肌肤无比动人。而她在降伏洪承畴时却又是那样的刚毅、机敏和沉着。想到后宫有一位如此美丽而又聪明的贤内助，皇太极十分动情，一时竟忘却了庄妃的侍女就站在旁边，猛然上前，一下子抱起了自己心爱的妃子——庄妃。
崇德八年(1643)八月初九日，皇太极暴病突发，他知道自己到了生命的最后一瞬。他看着大贝勒代善，看着皇后皇子，然后把目光凝聚在庄妃的脸上，仔细地端详着。庄妃忍不住哭了。皇上要说什么吗?难道是要庄妃殉葬?努尔哈赤死时宠妃纳喇氏不是殉葬了吗?庄妃在担心地等待着。可皇太极什么也没有说，便猝然病逝。终年52岁。
决定大清今后命运的人是谁呢?
清太宗皇太极没有来得及实现入主中原、夺取明政权的夙愿就暴病而死。他生前未能指定皇位继承人，按制应由八王共举 “贤者” 。宗室贵族，人人觊觎。于是，满洲贵族内部围绕帝位继承问题，展开了一场激烈的争夺。
皇太极有十一个儿子。肃亲王豪格是长子，当时34岁，为皇太极继妃所生。豪格早在太祖、太宗时期就曾领兵南征北战，颇有战功，实力很强。其他皇子，当时年龄都还小，最大的也不过十六七岁，他们既没有战功，也没有地位。因此，豪格继承皇位的把握比较大。但是，多尔衮和其弟多铎，因战功卓着，封为睿亲王和豫亲王，其兄阿济格封为英亲王，他们这一支极具势力。多尔衮这时也在盛年。努尔哈赤死时，多尔衮因为年幼，母亲被逼殉葬，皇位为皇太极所得。现在皇太极死了，他想以兄终弟及的方式入承大统。资历最老的大贝勒代善，因年老体弱，已没有继位之想。可他在观望着，谁继位对自己更有利，他也有相当的力量。因此，当时最有能力继承皇位的，就是豪格和多尔衮了。
清宫内部关系复杂，矛盾尖锐。皇太极曾亲自统率的正黄、镶黄两旗拥立豪格。豪格本人又统正蓝旗，在满洲八旗中，他已拥有三旗的力量。此外，索尼、鳌拜等大臣也支持他。多尔衮拥有的力量是两白旗，他还得到了多铎、阿济格的支持。双方势均力敌，剑拔弩张，各不相让。难道太祖、太宗创立的大清基业，就在这自相残杀中毁掉吗?庄妃悲痛之余，已经意识到人们在争夺权位了。
庄妃知道会有这场斗争，但没想到会来得这样快、这样猛，没想到清宁宫的地位已岌岌可危，后妃们的命运将任人摆布。她不能再等待了!在清宁宫的权力还没有完全丧失之前，她要运用这个权力，为自己的命运去搏斗。她想到了福临，儿子是自己的命根子，自己的命运要靠儿子来改变。她冷静了许多，开始分析形势，筹划计策。怎样保住清宁宫的特权?怎样避免同室操戈?怎样完成皇太极入主中原的遗愿?豪格与多尔衮二王相争，势均力敌，和不可得，拼则两伤。庄妃终于想好了一个折中方案，她要把福临推上皇位。这有可能成功，因为福临的背后，有忠于皇太极、忠于后妃的两黄旗，还有科尔沁的支持。庄妃的性格、才智、勇敢促使她去进行一次冒险的尝试。时势给了她一个神奇的机会，她决定豁出一切，去驾驭历史给她的这一次难得的机会。她不再犹豫，她要全力实现这个计划。
庄妃立即找皇后商量。她毕竟是个妃子，现在，在后宫中的地位要靠皇后这颗大树庇护，遇事也要靠皇后说话。她向皇后分析了目前的形势。皇后是个无能的人，听完庄妃的话以后，她深感害怕： 不管豪格还是多尔衮继位，都要发生一场血战，后果都是不堪设想的。于是，她决定支持庄妃，让福临继位，以保住清宁宫的特权，避免相互残杀。于是，皇后和庄妃一起劝说豪格支持这个方案。豪格虽然明白这个道理，却总觉得委屈。他回到家中后，大喝一场，大醉入睡，醒后便心灰意冷，对侍候在身边的爱妻说： “我德小福薄，不堪继位。让皇九子继位还可以，如果让多尔衮继位，我决不允许。”
说通豪格后，庄妃和皇后又召大贝勒代善入宫，说以利害。代善德高望重，又有实力，争取他的支持很重要。代善害怕豪格与多尔衮反目为仇，自相残杀。可当皇后提出要立福临时，他沉默了。他想，如果立福临，庄妃不就听政了吗?大清国说什么也不能掌握在一个女流手中!他正在犹豫之时，庄妃似乎看透了他的心思，对代善说： “大贝勒素以国事为重，请放心，福临继位后，我退居后宫，深居简出，决不参政。” 代善终于默认了。
几乎在这同时，急不可耐的多尔衮在三宫庙召大臣索尼询问册立之事。索尼说： “先帝有皇子在，必立其一。其他的我不知道。” “必立其一” ?除豪格外，还会是哪个皇子呢?多尔衮在沉思。就在这一天，庄妃决定面见多尔衮。
多尔衮之妻是庄妃的妹妹。庄妃利用其妹，约见多尔衮，和多尔衮当面谈判。当庄妃来到睿亲王府时，多尔衮吃了一惊。庄妃微微一笑，说：“我来睿王府，是和你商议嗣君事宜的。论功劳地位，你是有资格登大位的。但先帝有子，头一个豪格就不会甘心。先帝其他年长的儿子，以及代善一支，都会反对你。到那时，国中岂不就大乱了吗?”
“老皇在日，就有立我的说法。我等了17年，一直等到今天。” 多尔衮说。
“王爷要以国家为重。大清初建，不能自己乱了阵脚。清宁宫决意不再拥立肃亲王豪格。他虽然是太宗皇帝的长子，为人又忠厚直爽，但只知其武，不知其文。今后，大清要叩关而入，问鼎中原，这副担子他挑不起来。” 庄妃说。多尔衮听到后宫不再拥立豪格，松了一口气。“我有一个主意，特来和王爷商量。” 庄妃接着说。
多尔衮看庄妃既美艳，又有智慧，以前虽然也见过，但没有现在看得清楚，比她妹妹美丽多了。所以他对她有相当的好感，说道： “皇嫂说出来听听。”
“我儿福临，年方6岁，我可传先帝遗命，立他继承，以王爷为摄政王。王爷虽不居帝位，但国政全可由你做主，我从中支持。你岂不如同实际的皇帝一样。这样，众亲王无法反对，不会发生内乱。”
多尔衮想不到庄妃出的是这样一个主意。此刻他才明白，拥立皇九子福临继位的活动，已经在暗地里准备好了。他爱大清江山，他怕大清江山分裂，他要发展父兄的事业，要 “入主中原” ，可如果因自己夺位而发生内乱，对自己对国家都不利。再说，后宫、豪格、科尔沁联合起来和他作对，他的力量怕是抵挡不过的。多尔衮是个绝顶聪明的人，于是他放弃了自己登位的意图，说道： “皇嫂所说颇有道理，我听从皇嫂的意见。只是皇嫂不能食言，我尽心国事，皇嫂可是要支持我。”
“王爷能这样舍己为国，我真敬佩你。请放心，我一定支持你。” 庄妃运用灵活巧妙的手段，终于平衡了各派力量。
经过五天五夜紧张激烈的明争暗斗，八月十四日，诸王贝勒大臣会议召开，讨论嗣君问题。这一天清晨，归皇帝直接掌管的两黄旗坚决主张立皇子。两黄旗大臣布置的精锐士卒张弓搭箭，环立在宫殿两侧，一副杀气腾腾的样子，对会议施加压力，使会场有可能爆发一场公开的流血冲突。会议由大贝勒代善主持，他年长德高，理所当然。大臣索尼首先讲话，强调必须立皇子。代善则进一步说明，应当立豪格。而豪格的讲话中则有些谦让，他说自己 “德小福薄，非所堪当” ，中间退出会场。这时，阿济格、多铎先后发言，认为应当由多尔衮继位。多尔衮开始犹豫未允。对此，两黄旗大臣坚决反对，两黄旗的将领甚至佩剑向前，表示若不立帝子，宁愿跟从皇太极死于地下。而两白旗大臣又坚决反对立豪格。在这种情况下，多尔衮提议拥立皇太极的第九子、6岁的福临为帝，由他和济尔哈朗(努尔哈赤弟)共同辅政，等福临长大后，立即归政。这一折衷方案，立即得到会议主持者代善的支持，很快被会议通过成为决议。这五天明争暗斗的结果，也是会前在主要决策者间已经达成的彼此心照不宣的协议。这个协议是他们双方都能接受的，而且已经表示同意的。豪格对代善徒劳的荐己，无礼地退出会场，反映了直爽、粗鲁的武将性格。多尔衮犹豫未允，反映了他的矛盾心理，而首倡福临，则表明了他的精明和主动。拥立幼帝福临，由济尔哈朗和多尔衮共同辅政，这是一个解决择君危机的折衷方案，既照顾了各方面的利益，又有利于发挥多尔衮等人的才能，维护了满洲贵族的团结，以求入主中原。多尔衮与豪格的主动退让，在一定程度上反映了对这种共同利益的认识。其次，也是满蒙联合的需要。蒙古是满族的坚定盟友，也是满族入主中原必须依靠的力量，福临是庄妃的嫡子，也是蒙古科尔沁贝勒的外甥。福临即位本身就是满蒙联合的象征。福临继位，避免了皇室内部的一次大分裂。
崇德八年八月二十六日，福临在沈阳继承帝位，第二年改元顺治，是为清世祖。尊哲哲皇后和生母庄妃为皇太后。时势把一个6岁的孩子推上了历史舞台的中心，也把庄妃推上了历史舞台的中心。顺治元年(1644)四月，清王大臣会议决定，济尔哈朗留守沈阳，辅佐福临处理朝政，多尔衮出师往取北京，打开通向中原的道路。
就在这一年的正月，关内形势也发生了翻天覆地的变化。农民起义军领袖李自成在西安正式建立 “大顺”政权，随后，他统率农民军，斩将夺关，势如破竹，向明朝的都城北京发起了最后的冲击。三月，李自成攻占北京，崇祯帝自缢煤山(即景山)，明朝灭亡。李自成称帝。
当时，明驻守宁远总兵吴三桂和驻守山海关总兵高第，对李自成农民军采取观望态度。他们原是奉命防御关外清兵的，李自成进占北京后，两人便合住一处，屯驻山海关下。李自成曾派遣明朝降将唐通携带金银财宝，前往山海关招降。吴三桂和高第也表示愿意归降，他们甚至移交了山海关镇城的防务，由唐通率领8000人接管。吴三桂还奉李自成之命，率所部进京朝见新主。谁知，当吴三桂走到半路时，遇到从北京跑出来的一个家人，报告说他父亲吴襄被抓去拷打，爱妾陈圆圆被李自成所掳。吴三桂顿时怒火万丈，立即率所部4万人马返回山海关，打败唐通，占领了关城，誓兴师灭李。他自揣兵力不足，竟致书多尔衮请发兵助攻。多尔衮乃乘机倾其全力，兴兵入关，与李自成大军会战于山海关一片石，大败李自成。而后，多尔衮率军长驱西进，李自成逃往山西。
多尔衮打败李自成后，命令清军每天奔行120多里，一路上几乎没遇什么阻挡，五月二日便到了北京城。这天，多尔衮乘辇由朝阳门入城，明朝的文武官员迎出5里地以外。多尔衮在武英殿升坐，接受了众官的拜贺，宣布定北京为都城。随后，他派兵先后夺取了河北、山东、山西等省，大大稳定了北京地区的社会秩序。多尔衮采纳降臣洪承畴、范文程的建议，下安民告示，为明帝后发丧，给予隆重葬礼，免除明一切苛捐杂税以及扰民不便民诸事，重用降臣，不加派田赋。这一些措施，很快稳定了局势。这一年九月，皇太后和福临在济尔哈朗护送下，从沈阳出发，前来北京。
顺治元年九月九日，济尔哈朗统率一支骑兵部队，簇拥着一辆黄盖车，像一股滚滚洪流，驶进山海关，向北京方向涌去。黄盖车中坐着神采奕奕的布木布泰太后，她的身旁，是清世祖爱新觉罗·福临。他们不时透过帘布的缝隙，眺望车外的壮丽山河，惊叹不已。九月十六日，福临车驾到达通州(今北京通州)，多尔衮率诸王、贝勒、文武群臣前往行殿朝拜。十九日，福临从正阳门进入皇宫。二十五日，多尔衮诸王及满汉官员上表，劝福临即皇帝位。十月初一日，福临前往南郊，祭告天地，并派遣官员祭告了太庙和社稷，正式即皇帝位，成为清王朝入主中原、君临全国的第一代皇帝。从此，中国历史进入清朝统治时期。
7岁的福临没有能力处理朝政，国家大权实际上掌握在多尔衮手中。早在崇德八年十二月，多尔衮就宣布自己 “身任国政” 。他要求各部尚书、侍郎和都察院听命于他，否则决不宽恕。他规定各衙门办理事务，凡是向皇帝上奏或要记入档案的，一律先启知于他。这样，多尔衮便独掌了朝政，称 “摄政王” 。辅政大臣之一的济尔哈朗也只好退居第二。为了尊崇多尔衮的地位，顺治元年一月，初步议定了摄政王的各种礼仪，规定其他各王不得平起平坐。多尔衮实际上享有了皇帝的尊荣和权力。他掌理国政，权高望重，天下只知有摄政王，不知有顺治帝。他如果要废顺治自立，易如反掌。他没有这样做，其中也许是受了布木布泰太后的影响。
多尔衮以摄政王之尊，出入内宫，和太后接触频繁。时太后年方31岁，正值盛年，一种成熟的美丽更惹人爱慕。多尔衮比太后大两岁，常常为太后之美所吸引，而太后也颇欣赏这位年轻的小叔子。另一方面，为了维护儿子顺治帝的地位，她对多尔衮也特别礼敬、殷勤，日久情生，难舍难分。太后为了笼络和控制多尔衮，巩固自己和福临的地位，便按照满族父死则妻其后母、兄死则妻其嫂的习俗，下嫁给多尔衮。但在太后下嫁之前，必须先去掉摄政王妃——太后的亲妹妹。摄政王妃在这种情形下，一夕暴崩，成了这件事的牺牲品。
顺治三年(1646)，经过多尔衮与范文程密计，范文程在上朝时说： “摄政王功高望重，谦抑自持。我皇上虽想报答，用什么来报答呢。虽然王是皇上的叔父，今日之事，犹如父传其子。王既然以子视皇上，则皇上也应当以父视王。怎么样?” 众人议说可以。范文程接着说道： “今听说王失去王妃，而我皇太后又寡居无偶。皇上既然视王像父亲一样，今不可使父母异居，宜请王与皇太后同宫。” 众人又说可以。于是，群臣上贺表。当时，以顺治帝的名义颁发了一篇皇帝的文告，宣示天下：
“太后盛年寡居，春花秋月，悄然不怡。朕贵为天子，以天下养，乃独能养口体，而不能养志。使圣母以丧偶之故，日在愁烦抑郁之中，其何以教天下之孝!皇叔摄政王，现方鳏居，其身分容貌，皆为中国第一人，太后颇愿纡尊下嫁。朕仰体慈怀，敬谨遵行。一应典礼，着所司预办。”
时人张煌言曾写过一首宫词： “上寿称为合卺樽，慈宁宫里烂盈门。春宫昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。” 形象地描述了他们的婚事。到乾隆朝，史家纪昀在修史时看到这件事，认为这是件丑事，便请示高宗毁掉了这段记载。其实，太后下嫁也不是什么了不起的事。既然允许姑侄同侍一人，当然也会出现叔嫂结合了。清军入关后，汉族的封建文化对满族的影响日益深入，其中也包括传统的封建礼教。太后与摄政王多尔衮结婚，当时曾受到维护封建礼教的汉大臣的指责和反对。但皇太后断然下嫁，藐视封建礼教，是很有勇气的。顺治六年(1649)一月，多尔衮改称 “皇父摄政王”，并通行于全国。
正当多尔衮志满意得的时候，顺治七年(1650)十二月初九日，他突然咯血，病死在塞外的喀喇城，时年39岁。
13岁的顺治帝追尊他为成宗义皇帝。但不过几个月，却又有人告发多尔衮，说他私藏龙袍朝珠，有废帝自立的阴谋。顺治帝于是追废多尔衮的一切荣衔，削除多尔衮一支势力。这恐怕是多尔衮生前万想不到的。
顺治八年(1651)正月十二日，14岁的福临在太和殿宣布亲政。一个少年皇帝，临朝理事，日理万机，无疑是困难的。但在顺治亲政的8年间，能够有所作为，使清朝政权得到基本巩固，这与布木布泰太后的辅佐是分不开的。
顺治八年二月，布木布泰太后诰谕皇帝说： “为天子者，处于至尊，诚为不易。民国者之本，治民必简任贤才，治国必亲忠远佞，用人必出于灼见真知，莅政必加以详审刚断。赏罚必得其平，服用必合乎则。毋作奢靡，务图远大，勤学好问，惩忿戒嬉。倘专事佚豫，则大业由兹替矣。凡机务至前，必综理勿倦，诚守此言，岂惟福泽及于万世，亦大孝之本也。”这份诰谕，既反映了我国历代治国的经验，也是针对少年皇帝的具体情况，有的放矢。既是对儿子的殷切期望，也是谆谆告诫。这份诰谕，顺治帝称为 “作君之则” ，作为自己的座右铭。福临遵照母后的教导，亲政后立即开始大讲经筵，宣传儒家经典。他经常到内三院与汉人文臣讨论历朝治国的得失，总结治国的经验，选贤任能，严惩贪官，对朝政进行了一系列改革，并取得了一些成就，不负母后所望。同时，太后在后宫大力支持朝政。她对汉人将领孔有德、尚可喜等，抚孤结亲，使其为清朝更好地效力。顺治九年(1652)，入关前降清的定南王孔有德死，遗有一女孔四贞，皇太后把她收为养女，赐号四贞格格，“育之宫中，赐金万两，岁俸视君王” 。顺治十三年(1656)，礼部奉圣母皇太后谕，立孔氏为东宫皇妃。孔四贞“自陈有夫” ，早年已许配孙延龄。皇太后尊重孔四贞本人的意愿，放弃了立为皇妃的打算，召孙延龄入宫，令其结为夫妇，赐第东华门外。顺治十年(1653)，皇太后将皇太极的第十四女，嫁给吴三桂子吴应熊为妻。顺治十七年(1660)，她又将抚育宫中的原承泽亲王硕塞之女封为和硕公主，下嫁入关前降清的平南王尚可喜之子尚之隆。通过这些联姻，一方面联络感情，以结其心，另一方面也加强控制，留居京师的额附，实际上成为人质。太后在后宫提倡节俭，常将节余银两赈济灾民。顺治十一年(1654)，皇太后发宫中银4万两救灾。顺治十三年(1656)，她又发宫中银3万两，赈济直隶灾民。福临年少，血气方刚，性格急躁，遇事常不冷静。顺治十六年(1659)七月，坚持抗清的郑成功从厦门率舟师北伐，攻克长江的门户镇江，围困南京，震惊清廷。顺治帝举止失措，想要退守关外。皇太后斥责他说： “你怎么可以把祖先以勇敢得来的江山这样轻易地放弃呢?”福临由羞愧转为狂怒，说： “我要亲自出征，或胜或死。”他甚至拔剑击案，以示决心。皇太后竭力劝阻，又遣福临的奶母与在京的传教士反复劝说，终于使狂怒的皇帝冷静下来，放弃了御驾亲征的打算，留在北京坐镇指挥。顺治十七年(1660)八月，福临因宠爱的董鄂妃病故，陷入极度悲痛之中，甚至要削发为僧，也为皇太后等人所劝止。制止少年皇帝的轻举妄动，尽量减少不必要的失误，这也是只有皇太后才能办到的。
顺治在太后的辅佐下，先后掌权11年，为清朝的发展奠定了基础。顺治十八年(1661)正月初七夜里，顺治因天花病死在皇宫中的养心殿，年仅24岁。
顺治一死，大清又发生了皇帝继承问题。顺治临死前，曾想选立一位兄弟，可布木布泰太后坚持立皇子，并作主立顺治帝8岁幼子玄烨为帝。其主要理由是玄烨在幼年时已出过天花，不会再受这种病症的伤害。当时天花对人们的生命还威胁很大。玄烨即康熙帝，太后被尊为太皇太后。清朝历史步入康熙时期，太皇太后也随之开始了新的征程。
8岁的康熙继承皇位，由索尼、苏克萨哈、遏必隆和鳌拜四大臣辅政。这四位大臣都不是出自皇族，在顺治亲政时，他们经常侍从皇帝左右，而且接近庄皇太后。皇太后有事，常通过索尼、鳌拜等传谕“启知皇帝”。有一次，皇太后患病，鳌拜等近侍卫护，昼夜勤劳，食息不暇，受到嘉奖。可见，四大臣与皇太后的关系非同一般，他们受任辅政，显然是出自皇太后的意旨。
康熙即位后，安徽桐城秀才周南，不远千里来北京请太皇太后垂帘听政。以太后的威望和能力，这是完全可以做到的，可太皇太后断然拒绝了。她谕示诸王、贝勒和大臣们说： “你们恩报朕子皇帝之恩，偕四大臣同心协力，辅佐幼主，则名垂万世。你们这样，我也就放心了。”
四大臣辅政时期，仍以 “效法太祖、太宗” 作为施政纲领，并恢复了一部分满族入关前的旧制，思想倾向保守。不久，四大臣内部开始分化。康熙四年(1665)初，议立索尼的长子噶布喇之女为康熙皇后，鳌拜坚决反对，声称： “若将噶布喇之女立为皇后，必动刀枪。满洲下人之女，岂有立为皇后之理?”并会同遏必隆、苏克萨哈启奏太皇太后。太皇太后回答说： “满洲下人之女如何立不得皇后?我意已定，不必再议。”毫不客气地顶了回去。七月，索尼的孙女册立为皇后。索尼成为皇亲，地位提高。而同时，鳌拜权势日涨，遏必隆依附鳌拜。康熙五年(1666)，鳌拜提出镶黄旗与正白旗更换土地的主张，理由是清初入关后，多尔衮在圈地时偏袒自己所领的正白旗，硬把镶黄旗圈占的好地拨给了正白旗，这不符合祖宗规定 “八旗自有定序” 的原则。四辅臣中的索尼是正黄旗，遏必隆是镶黄旗，他们明哲保身，对这一主张采取默认的态度，而属正白旗的苏克萨哈坚决反对。因换地事件，苏克萨哈与鳌拜发生冲突，积怨日深。索尼年老多病，害怕卷入他们的矛盾，于康熙六年(1667)三月，提议并会同鳌拜等共同奏请康熙亲政，他们说： “世祖皇帝是14岁掌政，今主上年德相符，特奏请亲政。” 太皇太后没有同意，谕示： “帝尚年幼，如尔等俱谢政，天下事何能独揽?缓一二年再议。” 当年六月，索尼病故。七月，太皇太后考虑到鳌拜与苏克萨哈的矛盾，决定同意康熙亲政。就在这一年，康熙帝亲政。
但是，鳌拜集团仍把持朝政，不肯归政，想把年轻的小皇帝变成任凭他们摆布的傀儡。当时，辅政大臣只剩三人，遏必隆依附鳌拜。鳌拜专权，并排斥异己，结党谋私。苏克萨哈自知势孤，要求辞去辅政大臣的职务，疏请： “请派我到先帝陵寝处，使如献余生得以生全。”这一举动将了鳌拜的军，刺中了鳌拜的要害。因为苏克萨哈既然辞职，鳌拜势必也要仿效辞职，交出他手中的权力。于是，鳌拜称旨责问，将苏克萨哈及其子孙逮捕，定24大罪，要凌迟处死。康熙坚决不允，鳌拜便挥拳捶胸，疾言厉色，对康熙进行要挟。康熙无奈，只得答应。苏克萨哈被绞死。不久，康熙要往南苑海子打猎，命鳌拜报告太皇太后。鳌拜不但不报，还毫不在意地说： “皇上自己去吧。” 康熙八年(1669)，群臣向康熙朝贺新年时，鳌拜身穿黄袍，俨如皇帝，仅其帽与康熙不同。一次，鳌拜托病不朝，康熙亲往探视时，鳌拜卧床，席下置刀，根本不把已经亲政的年轻皇帝放在眼里。
鳌拜专权跋扈的行径威胁了康熙的地位，同时也驱使各种反对势力迅速地集结到康熙一边寻求保护。作为他的抚养人和保护者，太皇太后感到孙子的皇权受到威胁，必须清除鳌拜。为了清除鳌拜，她组织和导演了一场别有情趣的戏剧。她命令康熙帝挑选一批少年侍卫，经常在宫中练布裤(摔跤)游戏。鳌拜每次上朝，他们也不回避。鳌拜误认为是皇帝年轻好玩，心里很坦然，并不戒备。一天，鳌拜上朝，看到一群少年在摔跤，便走过来看，突然，这群小孩和他扭打起来。开始，鳌拜还以为是和他开玩笑，等他被捆绑住，才明白自己是被捉了。鳌拜被革职拘禁，其党羽被处死。太皇太后定巧计擒捉鳌拜，巩固了她孙子的地位。康熙夺回政权后，立即宣布停止圈地，平反苏克萨哈案件，甄别官吏，奖励百官上书言事，开始了清代政治史上新的一页。
康熙实际亲政后，太皇太后更全力辅佐。她虽不干预朝政，但朝廷大事，康熙帝基本上是先告诉她，然后再办。朝中重大决策，甚至日常事务的处理，都与她的旨意是分不开的。康熙每天上朝前或下朝后，都要到后宫问安请示，有时一天多达三次，聆听祖母面授机宜。康熙赞颂祖母说： “祖母虽然处在深宫，但为国家谋划弘纲大政，勉以怀侍，惕以励精。” 康熙十一年(1672)末，太皇太后谕示康熙： “如今天下太平，四方宁谧，然安不忘危，闲暇时仍宜武备训练。人君之道，诚莫如虚公裁断。” 又作书以诫曰： “古称为君雄，苍生至众，天子以一身临其上，生养抚育，莫不引领。必深思得众得国之道，使四海康丰，历数于无疆，惟休。要宽厚慈仁，温良恭敬，慎言谨行，以继承祖宗大业，也无愧于我心。” 次年二月，翰林院进呈刊刻满译本注释儒家经典的 《大学衍义》 一书。太皇太后传谕康熙说： “你要特别加意编篡，命儒臣翻译刊刻，颁赐诸臣。这样，我心欢悦。”并特发内宫白金千两，奖赏译刻有功人员。祖孙间关系十分融洽，配合默契。祖母对孙子格外慈爱，孙子对祖母极尽孝道，言听计从，躬行不怠。
康熙十二年(1673)十二月，爆发了规模浩大的三藩叛乱。“三藩” 是指吴三桂、耿精忠、尚可喜。这些降清的明将，为清军竭力效劳，充当镇压农民起义军和抗清力量的急先锋，从而使他们得到了保存和扩大实力的机会。他们分别封王，镇守一地，各自拥有重兵，树立党羽，割据一方。“三藩” 割据势力的不断发展，严重威胁着清朝的国家统一。康熙亲政后，十分重视国家的统一和权力的集中。他说： “天下大权，惟一人操之，不可旁落。” 康熙决定撤藩。撤藩令一下，吴三桂发动叛乱，自称周王、天下招讨都元帅，其他王纷纷响应叛乱，使清朝统治者大受震动。这事也日夜牵动着太皇太后的心弦。她时刻关注政局的发展，经常发宫中帑银犒赏前方将士。康熙二十年(1681)末，三藩叛乱平定。群臣要给康熙上尊号，康熙帝断然拒绝群臣上尊号的奏议，提出应给太皇太后上尊号。太皇太后再三辞谢说：“我一个妇人，无功于臣民，如受徽号，实感不安。” 康熙说： “国家凡有大庆，必归美于尊亲，臣下也有光荣。” 硬是说服祖母接受尊号，并大赦天下。
康熙二十六年(1687)十二月十一日，太皇太后病重，卧床不起。康熙帝在慈宁宫侍奉，连续30余天。他每天只在辰时到乾清门听政，事毕即返，遍检方书，亲自调药，昼夜席地而坐，衣不解带，寝食俱废，侍奉在祖母身旁。无奈太皇太后的病愈来愈重，再也不能起床了。临终前，她平静地回忆了自己的一生，嘱康熙帝 “勉自节哀，以万机为重” 。并面谕： “太宗文皇帝梓宫，安奉已久，不可为我轻动。况且我心恋你皇父及你，不忍远去，务必于孝陵近地为我选择一个地方。这样，我的心就没什么遗憾了。” 当年十二月二十五日，太皇太后逝世，年75岁。遵照她的遗愿，安葬于河北遵化昭陵西，日昭西陵。谥号孝庄文皇后。
孝庄文皇后辞别了人世，康熙陷入极度悲痛之中。文武群臣合疏劝皇上节哀，称颂太皇太后 “佐太宗文皇帝，肇造丕基。启世祖章皇帝，式廓大业。” 康熙在祭文中，回顾自己的亲身经历，对祖母作了令人诚服的评说： “忆自弱龄，早失怙恃，承奉祖母膝下三十余年，鞠养教诲，以至有成。设无祖母太皇太后，臣断不能致有今日。成立罔极之恩，毕生难报。”康熙是清代最杰出的皇帝，对中国的历史做出了伟大的贡献，而他是在祖母的抚养、教导和辅佐下成长起来的。可以说，没有孝庄文皇后，也就没有康熙皇帝。
综观孝庄文皇后的一生，历经三朝，辅立两帝，运筹后宫而不临朝擅权，顺应时势而不固执旧制，默默无闻地促进了清朝的建立、巩固和发展。她是清朝的兴国女杰。
