明神宗郑贵妃，是大兴(今北京大兴)人。郑贵妃在万历所有的嫔妃中是唯一长得最为娇艳妖美，而又最善迎合万历的心意、得到万历欢心的妃子。所以一入宫即被超晋加封为贵妃，甚至位分跃居已生有皇长子的王恭妃之上。这对王恭妃来讲，倒也还可忍隐，因为谁让自己出身卑微呢?她对此也没有什么表示。但朝廷的百官群僚对此却极以为不然，他们早已习于封建正统礼法，认为社会之所以能够井然有序，靠的就是祖宗之法，皇亲国戚位居中天，为天下万众所仰视，更应格外遵以祖制，祖宗之法不可变。按礼，母以子为贵，已生有皇长子的王恭妃，地位仅可略次于皇后，除皇后之外，没有一个有资格可以位居其上的。群臣都认为，郑贵妃一入宫即受万历如此宠幸，恐怕非盛世应有之事，实应尽快加以纠正，至少也得把王恭妃晋位加封为贵妃，才算是合乎礼法。开始还是私下议论，最后由朝中而朝外，由京师至外地，闹得举国上下，沸沸扬扬，奏章更是像雪片一样往京城铺天盖地袭来，搞得万历十分气恼，坐立不安，不知如何是好。郑贵妃却只从旁淡淡地说了句： 何不把这些奏章一概留中，看看这些乡巴佬还能怎样?所谓 “留中” ，是指君主把臣下送来的奏章留在禁中，不批示，不交议。万历一听转忧为喜，继而心花怒放，不禁脱口说道： “知我者爱妃是也。” 就这样时间一长，果然为此而上奏章的越来越少，渐渐地居然平息了下来，很少有人再提起这桩子事了。
可是一波稍平，一波又起。随着星转斗移，时来运转，郑贵妃已有身孕，十月怀胎，一朝分娩，抱出来一看，竟然也是个小龙子，这就是三皇子朱常洵。这下可把万历高兴坏了，又是摆喜筵，又是搞庆典，最后一项最为重要，就是把郑贵妃又晋封为皇贵妃。这无异于向平静的湖水中投下了一块巨石，往油锅里洒了一把盐，上疏论争的人便又哄然而起。为什么呢?个中原因无非有两条： 一是郑贵妃又被晋封为皇贵妃，已高出王恭妃两级，仅比皇后低一级了; 其二是当时风传说万历与郑贵妃之间曾有一个金盒密约，他早已答应了郑贵妃，把那个三皇子立为太子，赐给她的金盒，即是密约的信物。这一传说，说得有根有据，头头是道，一时甚嚣尘上。故此朝臣们私下议论纷纷，做什么样猜测的都有，议论来议论去，大家都一致认为，特意把郑贵妃晋封为皇贵妃，最有可能是为了废长立爱。
因为 “母以子贵” ，也可以是 “子以母贵” ，皇后所生的儿子称为 “嫡子” ，是理所当然该被立为太子的，皇贵妃与皇后相差无几，又加上位分超出王恭妃许多，极有可能会把皇三子立为太子，而晋封郑贵妃一事就是一种试探，也是为不久的将来做个铺垫，打个埋伏。因此群臣越议论越觉得郑贵妃其人实在奸诈，包藏祸心，意欲窥窃神器，其狼子野心已昭然若揭，若不予以迎头痛击，其图谋必然得逞无疑。
第一个上疏切论此事的是户科给事中姜应麟，他在疏中一针见血地指出： “礼贵别嫌，事当慎始，郑贵妃所生陛下第三子犹亚位中宫，王恭妃生育元嗣，竟翻然居下，于伦理而言则不顺，于人心而言则不安，传之天下万世则不正，非所以重储君，定众志之举。伏请圣上俯察舆情，收还成命。其或情不容己，亦应请先封王恭妃为皇贵妃，而后封郑贵妃，于礼既不违，于情亦不废。然后所议者末，未及其本。陛下诚欲正名定分，别嫌明微，莫如俯阁臣之请，册立皇长子为东宫太子，以定天下之本，则臣民之望慰，宗庙社稷之庆长矣。” 这份奏疏，在朝野引起了极大的震动，以此为标志，长达10年的建储之争由此拉开了序幕。
这场建储之争，对明朝来说影响极其深远，正如 《明史》所言： “由是门户之祸大起” 。它把明王朝末期的统治阶级分成了三派。其中人数最多、声势最为浩大的，是那些习于礼法，支持皇长子取得合法地位的广大士林集团。另一派有的为郑贵妃家的亲友，有的是一些投机钻营，拍马阿谀之徒，其人数不多，但阴谋诡计、各色花招层出不穷，使得这场斗争愈演愈烈，愈演愈趋纷繁复杂。还有一个特点是，这帮人自知理亏，做贼心虚，所以都很少公开出来与第一派较量。第三派的人数为最少，但起的作用很大，他们多是握有实权的内阁重臣。这一类人，为了合乎舆论，表面属于士大夫集团，其实每每在关键时刻摇摆不定，不知所从。
再说万历看过姜应麟的奏章以后，顿时大怒，在郑贵妃的鼓动下立举圣旨，降谕道： “郑贵妃敬奉勤劳，特加此殊封。立储自有长幼，姜应麟疑君卖直，可降极边杂职。” 御旨一下，姜应麟即被贬往大同境内，但旨中有 “立储自有长幼”一语，群臣上下一见便欢呼雀跃，这句话实际上等于肯定了皇长子的地位。万历起初没有察觉有此一失，待诸大臣要求皇上实现诺言，按照“立储自有长幼”原则赶快立储时，方才感到一时疏忽，竟然如此失策。
很快这股浪潮，形成了汹涌澎湃之势。在朝中竟自形成了一种风气，便是以主张立谁为储君、是否主张立储，作为辨别忠奸正邪的试金石，以致阁臣、九卿等，为了表白自己的心迹，也不免上书争论此事。吓得支持郑贵妃一类党徒也不敢出面，怕反而因此会被舆论抓住把柄，更不利于皇三子将来地位的上升。只好让万历一个人去顶着。万历觉得此次不比上次，若再采取留中的办法恐怕是不行了，经过与郑贵妃的一番密谋，决定还是使用惯常伎俩，拖拖看。万历于是出面对群臣推说，皇长子年纪尚幼，这时候谈立储，实非所宜。万历原以为，皇长子确实年幼，这么一说就蒙混过去了。可反驳的奏章反而因此有增无减，士林们认为立储一事乃系国本，如今皇长子已经6岁了，万历本人就在6岁的时候被立为皇太子的，现在如何反说太早了呢?倒底千夫所指，人多口众，“孤家寡人” 的万历一口如何能抵挡得起。拖了两三年实在熬不过去了，最后万历只好自己定出期限，让首辅传谕诸大臣，说立储一事应到万历20年才能议行，要诸臣安心等待着，不要再为此惊扰圣上。但因他本人屡次失信于人，这次自定限期也没起多大作用，群臣竟上疏究起老根来了。在论疏中不但已多次牵扯到郑贵妃，而且也已有人上疏弹劾郑贵妃的父亲郑承宪和她的哥哥郑国泰，说他们是 “怀祸藏奸，窥觊储贰” 。万历看到事态已发展到如此地步，十分羞恼，心想若再不及时制止，后果不堪设想，就来硬的一手，下诏说： “我最反对言语过激，恶语中伤和离间我们父子及我们宗室骨肉之亲的行为。从现在起不许再为此事生议，如果大家能遵守，我后年即行册立太子，若再有人生事的话，就等皇长子长到15岁的时候再行大礼。”诏中所谓后年，即是万历二十年(1592)，那时皇长子年已11岁了。这回首辅大臣申时行反倒真的怕了起来，就告诫群臣千万别再激扰，以免又会节外生枝。但怎么劝诫廷臣仍是放心不下，唯恐万历会忘或者是装聋作哑，所以就在期限临近的时候，工部主事张有德再也忍耐不住了，便变个法进行试探，上疏请求把册立太子的仪注先行订出。没有此疏还罢，此疏一出，万历果然抓住了把柄，怒道： 我早已有话在先，如若渎扰，便要延期，现在又来渎扰，只有延期一年了，以向天下昭示大信。如再渎扰，还要再延。
郑贵妃眼看中外汹汹，而心又不甘，就指使爪牙再想些办法，以利于进一步的斗争。于是左思右想，又想出一个 “待嫡” 之说，要万历加以宣谕。强调立嫡，无非是用来对付亲皇长子的一派，因为抬出了嫡子，则所有的皇子便都成了一样，都不是嫡子，也都没有什么当立为储的特权。可这待嫡之说又很快被众议驳倒，因为立嗣虽应以嫡子为先，但却无心授嫡子之说，而是 “有嫡立嫡，无嫡立长” ，皇长子之所以不同于诸子，正是由于他是合于 “无嫡立长”这一条的。这时候私下已开始有人议论，说待嫡之说实在不通，就是当今的万历皇帝亦非嫡子。所以这一说还没等公议，也就很快流产了。不过这些人的长技就是暗中捣鬼，一计不成，又生二计，转眼又想出了一招，要郑贵妃请求万历，来个 “三王并封” 。
所谓 “三王并封” ，就是在建储之前，先把皇长子朱常洛，皇三子朱常洵和另一个皇子朱常浩三人都先封王。只要三人同日封王，彼此都别无二致，下一步就好另做手脚了。郑贵妃于是让万历交与阁臣拟旨，就在拟旨之时，外面又早风闻此事，大家细细一研究，认为这又是郑贵妃为抑制皇长子布下的一个陷阱，这道谕阁臣万万不可拟就。经过阁僚们的反对，这招又不灵了。
就这样彼此你来我往互相较量了无数个回合，皇长子朱常洛在这场马拉松赛中已长到了20岁，皇三子朱常洵也已年至16，但都还没有成婚，举国上下无人不觉得这是亘古未有的奇事。万历自己此时也被这斗争搞得精疲力尽，终于在万历二十九年(1601)册立皇长子朱常洛为皇太子，并于第二年为他完了婚。郑贵妃在这一重大回合中终于惨败下来了。
皇长子虽然已被册立了，可幕后的斗争仍在继续，又演出了如下的一幕又一幕闹剧。皇长子被立后的形势是这样： 在士林集团看来，立储的目的虽已达到，但仍觉太子根基不稳，说不定什么时候万历又会变卦，因此都警觉地注视着事态的发展。就万历本人来讲，已被弄得近似麻木了，觉得身后之事，由它去吧，现在得过且过，及时行乐。与之相反郑贵妃和她的父亲郑承宪、伯父郑承恩、哥哥郑国泰却比以前更起劲地在暗中搬弄是非，多方联络，挖空心思要把已被册立的太子给废掉。他们的爪牙也格外卖力，因为包括郑贵妃在内，他们的心里都清楚一旦太子登基将意味着什么，只有废了太子，他们才会有救。他们又决定利用 “妖书” 一案，挑起事端，借以扩大影响。所谓 “妖书”案，还是在皇长子朱常洛被册立以前发生的一件案子。那时候有个刑部左侍郎叫吕坤，在他任按察使出巡山西时，写了一本名叫 《闺范图说》 的小书，书中所载的是历代一些有贤德淑名女子的图说。恰巧内监陈矩奉诏在外收书，这本小书也在被收之列，运进宫中。万历偶尔翻到此书，就把它赐给了郑贵妃。赐者无意，可受者有心。郑贵妃看过这本小书以后，觉得在这问题上也可以加以利用做点文章，于是自己又另外加上了十二个人的图说，并且为之作序，交给他的伯父郑承恩拿去刻板成书，又印了一些散发以扩大影响。给事戴士衡因为和吕坤有仇隙，便借这件事上疏弹劾吕坤假手郑承恩向郑贵妃进献此书，借以谄媚，勾结内宫，包藏奸诈。这时突然有人给《闺范图说》作了名为《忧危竑议》的跋，流传于世，跋文中说，是吕坤撰 《闺范》一书，以汉明德马皇后为首，是由于那马皇后乃是从宫女逐渐被晋封为皇后的。他的用意，很明显是在向郑贵妃献殷勤。郑贵妃之所以要刻此书其深意实在于此，即为自己的儿子朱常洵能立为太子找个先例，加以宣扬罢了。跋文还在最后说明了该文取名的含义所在，它提到吕坤曾上过名为 《忧危》一疏，其疏中可以说无事不谈，但偏偏不谈论当时最为世人所嘱目的立储一事，因此吕坤的用心，就此可见一二了。这篇跋文明里是冲着吕坤的，但明眼人一看便知，其锋芒是直接指向郑贵妃的。所以郑贵妃及她的家人同伙一致认定，此文必定是出于弹劾过吕坤的戴士衡，或曾弹劾过郑贵妃的全椒县知县樊玉衡二人之手。郑贵妃于是通过万历之手立即贬处了二人，才算罢手。
这事本来已算了结，不知是好事者还是郑贵妃的爪牙所为，又抛出一篇名叫 《续忧危竑议》的文章，成了千古不解之谜。但因此案却又使很多人遭受了飞来横祸。这篇《续议》名义上虽似老调重弹，而意指却已全非，文章的核心是说太子虽然已立，但在不久的将来一定会被废掉。因为皇上是在被逼无奈的情况下，不得已勉强册立太子的。这篇文章是假托一位叫“郑福成” 的人以与来客对答的方式而写成的。那时候皇三子朱常洵已被封为福王，从这一取名，一望便知，是暗喻郑贵妃的爱子福王必会成功之意。文中特意举一例，来证明确有其事。万历曾经特谕一名叫朱赓的入阁为内阁大臣，这个朱赓的“赓” 字，就是 “更” 的意思，万历忽然有此一命不是含义很深吗?这是向世人暗示要更换太子了。大学士朱赓因文中牵扯到了自己，就寻到这篇文章让万历过目，以明心迹。万历阅过此文，不胜恼怒，立刻严令锦衣卫，一定严加侦缉，务必使主犯归案授首。此案一出，锦衣卫便假公济私，借以公报私仇，屡兴大狱，使好多人，上至朝臣下至百姓都无辜受害、死于非命，最后此案竟不了了之。
郑贵妃的种种阴谋伎俩均未奏效以后，曾一度绝望过，因为还只剩下一个办法，就是盼望着王皇后早日死掉。如果真的天从人愿，王皇后一死，正宫一席非郑贵妃莫属，到时候“子以母贵” ，母正位中宫，其子自然成为嫡子，皇长子的东宫太子也就当不成了。这是没有办法的办法，但也不是没有一点根据，因为前文已叙，这个王皇后，身体确实不太好，加上不为万历所喜爱，心情抑郁。更有甚者将其待遇降低，与郑贵妃无法比拟，各种供给差极了，就是盼着她早死。可说来奇怪，由于王皇后生性清心寡欲，对事对物都抱一种超然的态度，又加上李太后多方保护，居然熬到了万历四十八年(1620)与万历同一年死去，只比万历早去几个月而已。郑贵妃一个个手段都用尽了，一个个幻想都破灭了，绝望之余，就铤而走险，狗急跳墙。万历四十二年(1614)的二月，李太后死去，顾忌再也没有了，可以放手去干了。于是郑贵妃等人采取了非常手段，这就是次年发生的着名 “梃击”案，此乃明三大案之首案。
万历四十三年(1615)五月初四傍晚，有一个不知姓名的汉子，手持枣木棍，悄悄地闯进了皇太子朱常洛居住的慈庆宫，打伤守门太监，直至大殿前檐下才被内侍抓获，扰攘多年的明末之案以此为起点，终于发生了。
第二天正是端午节，皇太子急急忙忙地把夜里发生的一切向万历启奏。万历得奏以后，就命先将罪犯交由近处法司先行审问。审理此案的巡皇城御史刘廷元审问之后，向上奏报。初审情况大致如此： 罪犯名叫张差，是蓟州(今河北蓟县)人。自称靠乞讨为生，语无伦次，若涉疯颠。但是察看他的相貌，又像很狡猾的样子。因此最好还是交由法司严讯。刘廷元久历官海，这个奏章写得很圆滑，既说张差像个疯子，又说看来很狡猾。各方面都带着点，又都不说死，可把此事顺利交出，本人落得个干净。
此案接着移交到了刑部，由郎中胡士相、员外郎赵会桢和劳永嘉三人会审。那时候太子早晚将废的传说已经流传多年，成了妇孺皆知的事了，何况郑贵妃一家又是越发显赫，上下左右，到处都有她的心腹党羽，就连当时的内阁方从哲也是听从她的指使。有鉴于此，这三人习于官场，见风使舵，哪还管了什么理不理的呢。因此便抓住是疯子一点，由此串讯，说这个叫张差的原是卖柴草的人，由于柴草被人烧去，气得疯了，于四月间进京诉冤。在路上，有两个不知姓名的人和他同路，他们骗张差说，诉冤没有状子，可以拿一根木棍代替。张差信以为真，就手持木棍，从东华门潜入，一直溜进了慈庆宫门。按照律令，手持凶器，潜入宫门，应开刀问斩，何况还打伤了内侍，更应罪加一等，即刻斩决。三人把案卷送呈刑部代转，只待听候处理审批了。没想到外间对此早有所知，举朝为之大哗，奏疏再次像雪片一样飞来，都说张差入宫行凶，幕后必有操纵者，而刑部就事论事，只论张差一人，而且这样慌忙草率欲予处决，很显然是要杀人灭口，庇护幕后之凶。应请另予详审，查出元凶，以正视听，以服国人。上疏的言词还略客气些，而私下议论，都认定只有郑贵妃等人在暗中指使才有人敢做出这样的事。这使得郑贵妃一伙极为惊慌，连忙请万历给他们作主，万历想了个办法，让刑部对张差严加监管，外人概不许过问此事，想以此封锁消息。
虽然把张差与外界隔离了，少了些麻烦，可哪里晓得，纸是包不住火的，这时候出来了一位勇敢正直的朝臣，终于把此事弄得水落石出。他就是刑部主事王之寀。王之寀在入刑部之前曾做过知县，对于审理案情，颇有手段。他虽未被委为梃击一案的审讯者，对此案没能公开审问，但既然身在刑部为官，自然总可想出些办法。他反复思考着，终于想出了一条妙计，何不请求管理牢饭，这样不就可以接近张差，并以此为诱饵，设法使张差招供呢?想好以后，王之寀就讨下了兼管牢饭这个差事。他亲自率领狱卒给犯人一一送饭，唯独把张差放在了最后，使他早已饥饿难忍。当张差饥肠辘辘的时候，才眼看着王之寀等人慢慢腾腾地提着一篮子香喷喷的饭菜走了过来。谁知走到张差跟前却让人把饭摆在一边，要张差供出实情，才能吃饭。此时的张差已经受了几次杖刑，体力早已不支，而且饭时又早已过去了，在饿的再也难以忍受的情况下，语无伦次地说： “我是来告状的，你要问我什么?” 又说： “打死我吧，什么都没用了!” 王之寀令狱卒把饭送到张差的口边，又让两名狱卒紧紧地挟住他，不让他够到，就说： “看见啦，饭就在眼皮底下，只要实说了，马上就吃，若不然，只有饿死了!”张差经不住这一招，开始实说了。经过三番两问都已和盘托出，虽还不免有深藏不说的地方，但这些就足以说明问题了。那么张差究竟交代了一些什么?原来张差确是蓟州人，小名叫张五儿。他之所以来到北京是由于他们乡里的马三舅和李外父，叫他跟着一个不知姓名的老公(民间习称内监为老公)来的。他们叫他一切都听从老公的吩咐，还说事成之后还可以给他几亩地。他进京后，进了一条不知是什么街名的大宅子，有个老公拿出饭来给他吃，并且对他说： “你去闯一闯，看见人就打死他。打死人，我们会救你的，快去吧。” 说完，给了他一根枣木棒，并把他带进了后宰门，一直带到那宫门口。在那里，他打翻了一个看门的，但随后又来了很多的老公，他才被捉住了。
王之寀知道张差的供词还有许多不实之处，只要再来次大审，一定会把事情的来龙去脉弄得一清二楚。于是，他把张差的供词，呈送给刑部侍郎张问达，请代为上奏。奏章中说： 依他看来，张差不疯不傻，而且很有胆量。希望能押送到文华殿，举行朝审，或交九卿科道和三法司共同会审也可。这样定会审出详情，抓住幕后的操纵者。
张问达把王之寀的奏章奉上以后，万历感到十分挠头，只好暂不批复，留中了事。但奏章的内容却不胫而走，朝中上下又一哄而起，其中促请最力的有大理寺丞王士昌、行人司正陆大受、户部主事张庭、给事中姚永济等人。在陆大受的奏疏中，竟多处直书 “奸戚”二字，矛头直接指向郑承宪等人。万历对此既感愤恨，可又拿他们没有办法，只有故技重演，一概留中不予过问。此时的郑贵妃和她一家更是感到惶惶不可终日，他们不断派人四处活动，但仍无法缓和这凶猛的来势。正在这时，说也无巧不成书，又有个叫过庭训的御史，也曾上疏言及此事，说这是 “祸生肘腋，不容不闻” 。万历把奏疏留中之后，这个过庭训竟移文到蓟州，要那里的地方官把张差原来的表现如实奏上。蓟州知州戚延龄很快就给过御史来了回文，这个回文对郑贵妃一方极为有利。文中说，张差确实是个疯子，他所以成疯，是由于郑贵妃要在蓟州修庙，派来内侍在那里设窑烧砖，居民把打来的柴草卖给窑上能很快获利。张差闻知就把家里的田产都变卖了，去抢着做柴薪生意。砖窑附近的人痛恨他抢夺生意，暗中把他的柴草都给烧了。张差向主持此事的内侍起诉，不料反被大骂了一通，因此就气疯了，手执木棍闯入京城想去告御状。这一回文与先前刘廷元的初审供词极相吻合，而且比那个供词更为详尽。这样一来反而有人怀疑郑家不断派人四处活动，势力极强，说不定蓟州知州戚延龄也事先受了郑家的贿赂，才如此这般地写。蓟州回文一到，郑家就像捞到了救命的稻草似的，又十分活跃起来，连初审的刘廷元也跟着重新多方活动起来。
经过群臣的一再抗争，万历只好降谕，命在五月二十一日由刑部会集十三司的司官和胡士相、王之宷等人，再行会审张差。这一回张差彻底招供，顿时朝野为之大震。他招出了以前没有说出的人名和地名： 马三舅本名叫马三道，李外父本名叫李守才，那个不知姓名的老公是去修铁瓦厂的内侍庞保，他去的那所大宅，是朝阳门外内侍刘成的住宅。他还供认，是庞保和刘成让他去闯宫的。他们告诉他，“打死小爷(宫中太监称太子为小爷)，有吃有穿” 。张差还供了他的同伙，他们一共5个人，他的姐夫孔道也是其中之一。
经此一审，案情真相终于大白于天下，刑部有鉴于此，再也不能拖延了，马上行文蓟州，责令速拿马三道、李守才、孔道等人归案，并解京候审。又行疏请求，让法司到大内，拘传庞保和刘成对质。这样一来，连常常首鼠两端的首辅方从哲也竟和给事中何士晋等人上疏，请求务必穷追到底。朝中上下、形成了一面倒的势态。万历也深感，没有别的办法，只有降旨，准予严办此案。
现在最紧张、最害怕的莫过于郑贵妃了，她急得像热锅上的蚂蚁，那庞保、刘成都是她的贴身太监，他们一旦被审，那还了得! 谁敢保这两个家伙不把老底亮出去?郑贵妃越想越害怕，只有使出女人最后一招了。于是跑到万历面前，一见面就连哭带嚎地要万历给她娘俩做主，不然的话，就要死在万历的面前。经此一闹腾，万历果然心酸起来，又是哄又是劝，最后万历想出了一条妙计，叹息着对自己的爱妃说道： “现今既然已经闹成这个样子，恐怕是难解了，我出面恐怕反倒会坏事，现在只有一人能救你母子性命。”郑贵妃一听连忙收住眼泪，屏住呼吸，急切地问道： “是谁?快说是谁?”万历答道： “就是你要害掉的皇太子。” 郑贵妃一听不禁倒吸了一口冷气，“啊，是他。这如何使得。”万历说道： “以他的出身、地位和目前的处境，我想也许会饶过你的，你去好好说说吧。”郑贵妃低下了头，迅速盘算着，只有这一招了，脸面不能顾了，心一横转身走了。眨眼来到了东宫，先是装出十分可怜的样子，抽泣着，一见太子便俯身下拜。太子一见顿时受惊不小，连忙回拜。郑贵妃顺势拉着太子的手，伤心地哭诉着，说她是如何如何地冤枉，只有太子能救她们的命，给她辨明是非。太子出身卑微，一向不得志，加上对宫廷这种你死我活的政治斗争没有经验，年纪还轻，经过郑贵妃的这一番表演，也感到还是尽快了结的好。所以他听了郑贵妃的哭诉以后，很痛快地让手下草拟一道旨命，要朝中大臣们不必再为此事多加纠缠，既然凶手早已抓到，即刻正法就是了，不要牵扯他人了。郑贵妃见此连连称谢，把太子又好夸了一顿，才高兴地离去。可群臣却不买帐，认为郑贵妃一家必须揪出，否则国无宁日，民无宁日。在这万般无奈的情况下，这位已长达25年之久不上朝的万历为此格外破例上朝专议此事。在召见群臣之前，他把皇太子和三个皇孙也都召来。他命太子站在自己的御座右边，三个皇孙站成一排，站在左边的御阶之下。当群臣进来时，万历大声斥责文武百官，竟敢离间他们父子之情，闹得像什么样子。最后说只要把张差、庞保和刘成三个要犯斩罪示众就行了，不要再株连无辜了。说着十分亲热地拉过太子向群臣说道： “这孩子十分孝顺，我是从心眼里喜欢。”边说边用手认真地量了量太子的身子，接着说： “他出生下来到长大成人，我是一直关心着的，若是有意立他人的话，早就更换了，还用等到现在?况且福王已离京就藩到封地洛阳去了，离这有千里之遥，没有宣召，他是插翅也难以飞回来的。”说完又把几个皇孙也都叫了上来，让群臣们看看，说道： “皇孙都长成这样大小了，你们说我还能立谁呢?”最后让太子表个态。于是太子按照事先早已准备好的讲了话，他说张差不过是个疯子，我上次就表态，让有司从重从快处理就完事了。可你们却纠缠不放，离间我们父子之情。最后不无激动地说： “刚才皇父对我是何等亲爱，而你们却胡思乱想。你们想做无君之臣的话，可以随便。可你们怎么让我也为不孝之子呢?这是万万使不得的。” 万历一听喜得搓手顿足，连忙接过话头，眉飞色舞地向群臣说道： “听见了!皇太子的话句句可都听真了!”群臣一见如此，顿时无话，只有齐身叩头，三呼万岁，一个个像是哑巴一样退了下去。
万历一见戏表演得十分成功，群臣刚一退，便马上传旨，速斩张差。于是第二天张差便被押赴法场，一命呜呼了。也就在这一天，庞保和刘成也被押送到文华门听审。这两个家伙一见张差先已被处死，无人对证，便矢口否认，把一切推得一干二净。心想有郑贵妃在，看你们能奈何得了我们。郑贵妃此时也积极四下活动，这二人既是心腹，又是受自己的指使，尽管事没办好，也想成全他们，何况张差已死，解救他们不会成太大问题。可事实上与她的想法完全相反，早已被激怒了的群臣，奋起上疏，很有点不把梃击一案查清，就绝不善罢甘休的味道。万历着实害怕夜长梦多，就劝郑贵妃，还是牺牲了两个爪牙，保守自家才是上策，两个太监算得了什么。就这样万历降旨给司礼监，让他们在内廷暗中处死庞保、刘成。这两条走狗终于落得个应有的下场。梃击一案至此算是草草了结，郑贵妃一家安然无恙。日后此案谁想又被阉党魏忠贤翻了过来，此是后话。
时间一晃又过了5年多，也就是万历四十八年(1620)七月，明神宗死了。皇长子朱常洛在八月初登了皇位，是为明光宗。可他在位才30天。为什么在位只有这么几天呢?这还得从明末三大案的第二大案——红丸案说起。
梃击案了结以后，郑贵妃眼见皇太子的地位是不可动摇的了，因此对自己的前途感到了担忧。一旦万历死了，自己该如何自处?为将来着想，现在必须讨好皇太子。于是郑贵妃索性来个顺水推舟，借着感激皇太子在梃击案中的搭救之恩，极力去接近皇太子，以改变长期的紧张关系。通过一段时间的接近，郑贵妃摸透了皇太子的脾性，发现他跟其父万历没有什么两样，都是一样的贪财好色、嗜酒使气。抓住了皇太子的弱点，郑贵妃就有了办法，她常常给皇太子送些珠宝、赏玩，至于金钱更不在话下了。他还想了一条毒计，就是在自己的宫中选出8名最为漂亮的美女，送给皇太子，让她们一定要尽心尽力服侍未来的皇上，使他心满意足。郑贵妃暗想，此招一则定会使皇太子更加信任我，亲近我，二则最主要的是这一绝招必能致皇太子于死命，只要他短命，说不定将来还会……果然不出郑贵妃所料，这位皇太子真的掉入了圈套。这位吃够了苦头的皇太子，经梃击一案后，境况大有改观，饱暖思淫逸，皇太子开始放纵，整日耽于酒色之中，年纪尚不足40，却早已垮了身子。等到即位称帝时，已病得很重了，没过几天就病入膏肓，卧床不起了。内医太监崔文升开了一服泻药，光宗服后，腹泻不止，一日要拉三四十次。后来，鸿胪寺丞李可灼献上一颗红丸，自称是仙丹，光宗服后，觉得精神大有好转。过了半日，李可灼又献上一颗，光宗再服之后，睡到次日凌晨，竟然再也没有起来。此即为 “红丸案” 。
光宗一死，内外官员都归咎于李可灼，而当时的首辅方从哲却用光宗遗诏的名义，拟赏李可灼银50两。于是，群情为之大哗，纷纷上疏弹劾李可灼和方从哲。方从哲才把赏银改为罚俸一年。但弹劾的奏章仍是不断，一再声称，进泻药而使病情骤然加重的崔文升，原来是郑贵妃属下的人，而李可灼又是方从哲带进宫中的，二人同为弑逆，应处以极刑，同时，还应查明幕后主使是谁。方从哲在众官员的责难之下，只好辞职。大多数官员要求办方从哲的罪，方上疏力辩，加上同党官员极力为之辩护，争论了很长时间，最后，李可灼充军，崔文升贬放南京，方从哲和郑贵妃却都躲了过去。红丸案也就这样收了场。光宗死后，她又唆使李选俦霸居乾清宫，酿成 “移宫” 一案。在朝中正派官员主持之下，才挫败了郑贵妃的阴谋。
就是这样一个阴险、毒辣的贵妃，把大明江山搅得天昏地暗，她所一手制造的三案，形成的门户之见，竟与有明一朝相始终。遗祸之深，为历代罕匹，而她本人却屡次有惊无险，竟安然地度过了余生，直到崇祯三年(1630)七月才结束了她的一生。这种结局也算是 “一奇” 了。郑贵妃死后，被谥“恭恪惠荣和靖皇贵妃” ，埋葬在银泉山。
