疫苗试用的大获全胜，吹响了全国全面推广疫苗使用的号角，此时，疫苗能否大规模生产就成了最为关键的问题。
 1960年5月，卫生部从全国抽调62人，成立生产研究小组，顾方舟任组长，并制定具体生产及研究计划。在工作计划中，他们制定了生产时间表：
 6月 领导核心组同志前往昆明进行筹备工作。
 7月 集中各单位参加疫苗生产人员到昆明，一边建立实验室，一边学习，一边试生产。
 8月 完成研制任务。
 9月 正式开始生产。
 1960年10—12月 完成2000万人份疫苗任务。
 1961年1—4月 完成8000万人份疫苗任务。
 1961年5月—1962年4月 完成2亿人份任务。
 根据卫生部制定的工作计划，顾方舟开始了疫苗的研制。
 起初，疫苗的生产并不顺利，最开始试生产的七八批疫苗都没有通过检验。疫苗通不过，就要面临停产，辛辛苦苦的前期工作就要毁于一旦，这可怎么办?顾方舟没有干着急，而是耐心寻找出问题的环节。经过细心排查，他发现，没有通过检验是因为疫苗发生了变异，变异的原因是生产基地的恒温箱温度不够高，比要求的30℃以下要低了十多度。
 当时的工作人员陈统球后来回忆了这件事：
 眼看着停产了，顾院长说他要成立个小实验室，专门研究这个问题。最开始是我跟顾大夫做，每个礼拜开一次会，会上他亲自安排每个人的具体任务。
 一般我们都安排周二那天做实验，因此周二以前，我就把所有的器材、溶液、细胞都准备好，等待他的指导。每周二他一来就会问，“小球，准备好了吗?”他叫我小球，我们那时候才十九岁、二十岁，刚刚毕业。
 那时候没有专业移液器，就用橡皮管扣上玻璃管，里面装上液体，用嘴吸，然后吹到试管里面。病毒在细胞管里面，把原来旧的细胞倒掉，然后把病毒吹进去，再放到32℃的恒温箱里。
 经过多次实验探索，他们终于成功地在恒温箱中解决了病毒的传代问题，为疫苗的生产铺平了道路。
 猴肾细胞是制备疫苗的主要原材料之一。因此，能否提高每个猴肾的细胞产量，关系到能否提高疫苗总产量，这是顾方舟等人研究的重点课题。
 1960年9月，顾方舟等人完成了三次猴肾消化，并得出了比较满意的结果，细胞产量每克肾组织为2000万左右，细胞形态在第七天时良好。此外，他们还初步了解了各种仪器、设备的性能，玻璃器皿以及药品的质量。实验结果说明，顾方舟领导的团队已经具备了进行小量猴肾细胞消化的条件。
 1960年10月及11月，顾方舟开始四次猴肾消化的实验。第一次，每克肾组织细胞产量为2500万左右，细胞形态在第一天观察时良好，但由于牛血清污染了霉菌，未能继续观察。第二次，他们用玻璃单蒸水及金属单蒸水配制了培养液，并使用了不同质量的培养瓶，结果发现用两种蒸馏水配制的培养液所培养的细胞形态并无显著区别。此外，蓝绿色培养瓶(无厂名)上的细胞在形态上稍逊于白色的培养瓶(上海利中厂)。第三次，除继续了解蒸馏水的性质及培养瓶的质量外，还用了不同的乳蛋白水解物(美国NBC及德国AR)。这次实验采用了两种不同的消化方法，即电动搅拌法及电磁搅拌法。由于胰酶未配足，电磁搅拌未能作完，故在细胞产量方面未能比较。第四次实验的主要目的在于提高细胞产量，他们采用了电动搅拌的方法，结果一对肾脏15克产出4.2亿～4.3亿细胞，每克肾组织的细胞产量为3000万左右，较前三次有所提高，细胞形态很好。这次实验也用了两种乳蛋白水解物、不同质量的培养瓶、不同蒸馏水以及不同数量的细胞接种数(1200万及1800万一瓶)，效果较好。
 经过这四次猴肾消化实验，顾方舟等人已经基本上掌握了消化条件，了解了各种仪器、药品、设备(如恒温箱、冰箱，无菌室)的情况。
 1960年11月，顾方舟正式投入疫苗生产工作。但是，实际生产远远算不上“一帆风顺”，如1960年由于供电情况不好，他们只好“白天有电白天干，黑夜有电黑夜干”。同时，他们面临人员少、经验不足、有的设备尚没安装就绪、任务繁重等困难。不过，在所有人员的努力下，他们竟然在一年的时间内胜利完成了1960和1961年生产小儿麻痹灭毒活疫苗共3500万人份的任务，且全部疫苗均经生产部门和国家检定部门检定合格。这标志着我国疫苗的研究和生产事业有了进一步发展，为我国将来控制小儿麻痹疾病开辟了道路。
 此后，疫苗逐渐向全国推广。1965年，全国农村逐步推广疫苗，从此脊髓灰质炎发病率明显下降。1959年，据17个省市自治区的不完全资料统计，平均年发病率为5.03/10万，1971年28个省市自治区的资料统计为2.12/10万，较1959年下降了57.9%，1976年为0.50/10万，又较1971年下降76.4%。使用疫苗前发病率很高的北京、上海等市，免疫效果更为显著，1977年的发病率分别从1959年的23.3/10万及29.9/10万降到0.14/10万及0.037/10万。
 1978年，我国开始实行计划免疫，病例数继续呈波浪形下降。1983年，全国报告脊髓灰质炎病例3296例，发病率为0.3/10万，1988年达最低水平，仅报告667例。1990年，全国消灭脊髓灰质炎规划开始实施，在各级政府的领导和有关部门的参与下，动员全社会力量，加强计划免疫，取得了明显效果。此后几年，病例数逐年快速下降，自1994年9月在湖北襄阳县发生最后1例患者后，至今没有发现由本土野病毒引起的脊髓灰质炎病例。
 2000年7月，经国家消灭脊髓灰质炎证实委员会证实，并由中国政府致函世界卫生组织西太平洋区主任，确认中国已经成功阻断了本土脊髓灰质炎野病毒的传播，实现了无脊髓灰质炎的目标。

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