“文化大革命”期间，顾方舟作为“反动学术权威”，不可避免地受到了冲击。实际上，几乎所有的留苏生都受到了“文革”的冲击。1966年，随着国内“文化大革命”的爆发，国家停止了对留苏生的选拔派遣工作，并召令所有在苏留学生全部回国参加革命。

然而，留苏生并没有成为革命者，相反，他们成为了革命的对象。随着阶级理论的升级，人们把批判的矛头指向了自己曾经一度信任的群体。留苏生，作为这一群体的组成部分，自然也在劫难逃。更令他们冤屈的是，因为这段留苏的经历，他们被怀疑成“苏修特务”“资产阶级反动学术权威”，成为了“文革”的重点批斗对象。

然而，在逆境中，顾方舟从未淹没心中执着的追求，从未放弃对生活、对科学的希望。他“始终想着别人、想着人民”，把委屈和困苦放在心里。1971年，北京方面得知顾方舟在昆明受到了不公正待遇，将他调离了生物所，调往北京的中国医学科学院，任科研处处长。

此后，顾方舟在中国医学科学院工作了22年。1973年，顾方舟任中国医学科学院中国首都医科大学(现北京协和医学院)首都医院(现北京协和医院)副院长。1985年，顾方舟升任中国医学科学院院长、中国协和医科大学校长。

转调北京后的顾方舟，继续从事着脊髓灰质炎的研究。1981年起，顾方舟从“脊灰”病毒单克隆抗体杂交瘤技术入手研究。1982年，顾方舟与王树惠、孙月英等人共同研制成功“脊灰”单克隆抗体试剂盒，且在“脊灰”病毒单克隆抗体杂交瘤技术上取得成功，并建立起三个血清型、一整套“脊灰”单抗。1993年，“脊髓灰质炎单克隆抗体诊断试剂盒”获卫生部医药卫生科学技术进步三等奖。1998年，顾方舟被卫生部聘为国家消灭脊灰证实委员会委员。

2000年，“中国消灭脊髓灰质炎证实报告签字仪式”在卫生部举行，已经74岁的顾方舟作为代表，签下了自己的名字。这位为脊髓灰质炎的防治工作奉献了一生的老人，得到了全国人民的尊重和赞美。

1998年9月9日，顾方舟在给青少年的“千年祝福”中写了一段赠言，以此作为本书的结尾：

亲爱的青少年朋友们!

新的千年的大门即将开启，廿一世纪在向你们招手。

中华民族已经觉醒，她挺起胸膛，迈着坚定的步伐，走向伟大的复兴之路。

这是历史的召唤，这是民族的企盼。

党号召你们学好本领，炼好体魄，投身祖国建设的热潮之中。

祖国企盼你们在火热的生产斗争和科学实验中，建功立业。

你们是海燕，你们是雏鹰，迎着暴风雨，振翅飞翔吧!

衷心祝福你们，亲爱的孩子们。

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