入党后，顾方舟有了更为宽广的舞台。他本就是学校的活跃分子，有了地下党的支持，更是有使不完的气力，他立即投身到社会活动的第一线。
1947年顾方舟(后排右一)与“长庚社”剧团部分成员合影
顾方舟喜爱表演，是学校“长庚社”剧团的成创始人。剧团在学校颇有名气，每次演出前，不必发传单，就有同学口耳相传了，每到表演时，舞台总被围得水泄不通。顾方舟既演过正气凛然的抗日英雄，也演过嚣张跋扈的政府官员。他的表演惟妙惟肖，让观众们跟着欢喜或悲伤，响亮的喝彩声洋溢在学校上空的云朵里，弥漫在周围的空气中。
在《解放战争时期北京大学医学院学生运动纪实》一书中，对“长庚社”有专门的描写：
长庚社是北京大学医学院的同学在1946年下半年、北平学生运动逐渐发展壮大时组成的进步群众团体。
1947年，高天祥、李从培、顾方舟、翁永庆等同学聚在中南海运料门北医学生宿舍的操场上，议论起组社。大家的热情都很高。为我们的组织起个什么名字好? 大家提了几个，后来采用了长庚社三个字。“长庚”是古代为太白金星在黄昏出现于西方时取的名，等它转到东方天快亮了又叫“启明”。
……
我们所演出的多是活报剧，很灵活、很有战斗力，主题明确、富有感染力。三五个演员，简单的道具，演出地点有时在学校里，有时在马路上，只要容得下管中，随处可演。演出的剧目有：《放下你的鞭子》是反对内战的;《凯旋》是揭露国民党欺压老百姓、打击共产党的;《国大与行宪》是揭露当时国民党要“行宪”的实质的……每次游行或演出时，社员能去的都去，随在队伍里配合呼口号、唱歌，另外还有许多同学协助，面对群众甚至警察，搞宣传争取工作，效果很好。也还冒着可能被反动派阻挠甚至拘捕的风险，应邀开着大卡车去农学院和中法大学演出。
最后一次活动是在1948年8月19日，当时各学院同学正在四院会演，突然听到国民党特刑庭发出了迫害学生的黑名单，其中就有我们长庚社的同学。他们当夜躲在后台，然后安全转移。长庚社也就胜利地完成了自己的战斗使命。
顾方舟也喜欢音乐，他是北京医院歌咏队的指挥。在他挥动的双手下，一个个音符蹦跳出来。美妙的歌声像长了翅膀一样，在轻轻地飞翔。顾方舟陶醉其间，脸上总是露出感动的神情，唇边浮起温淳的浅笑。
不过，顾方舟投入精力最多的，当属什坊医疗队。
什坊是北京西郊的一个小村庄，紧邻国民党的华北“剿匪”总部。1946年暑假前，北医微生物学副教授方亮带领同学调查井水污染情况，随后在此建立保健站，组织一些医师、教员给农民免费看病。不久，包括顾方舟在内的几十名同学报名参加医疗队。师生们骑车带饭，天亮出城，天黑回城，每次诊治一百多位病人。
一批又一批的学生来到了这里，每批住一个月左右，有点像夏令营。他们自己办伙食，自己管理生活，开展多项农村卫生调查、防病治病工作。
什坊院的活动让大批非劳动人民家庭出身的学生，包括一些只知埋头读书的中间学生走出校园，深入到农民之中，活动中的所见所闻使他们认识了社会，最后走上革命道路。
至1947年暑假，参加活动的师生累计达四五百人。地下党支部便决定充分利用，把它当作共产主义思想教育基地。此后的三个假期中，每个假期都有30多名同学搬到什坊院去住。除了为农民治病外，地下党支部还组织同学学习进步书刊，如艾思奇的《大众哲学》、毛泽东的《中国革命和中国共产党》等，并且进行对资本主义的腐朽性和社会主义的优越性的讨论。这些小册子多由几位同学冒着风险从城里带来。他们还弄到了美国新闻处第二次世界大战中的一些进步影片，晚间向农民免费放映。
1947年顾方舟(坐在石狮子上)在北医与班级同学合影
顾方舟后来在《革命人生观的启蒙教育》一文中，深情地回忆了在什邡院的经历：
记得什邡保健院是一座小院落，有三间较大的房间，可能是正房，院内还有几间小屋，院子的空地上堆放着草垛、杂物。冬天屋里生着煤炉……白天跟着高班同学给老乡看病，有时也跟着出诊。有时还给贫苦农民发一些救济品，如毛毯、奶粉等，晚上则是学习，在油灯下大家聚在一起讨论、辩论……
通过这段和进步同学一起生活、学习 (的经历)，我感到我的人生观从一个云雾弥漫的峡谷中走了出来，看到了灿烂的天空。我初步懂得了一个人应该为人民的幸福而活着、而战斗;懂得了人类社会必然会从资本主义社会发展到社会主义、共产主义社会，就像奴隶社会必然会发展到封建主义社会、发展到资本主义社会那样;懂得了共产党人的先驱们、先烈们的光荣和伟大。
1979年顾方舟(右三)与原北医什坊医疗队成员合影
在什邡保健院，顾方舟对自己的共产主义理想更加坚定了。这种坚定的信念，伴随了他的一生。即便是在后来“文化大革命”期间，顾方舟遭逢厄运，他仍对什邡院的经历心怀感激：“(‘文化大革命’期间)党组织不信任你，大家不信任你，甚至无辜地戴上许多莫须有的罪名，那的确是人生中最痛苦的事。但是，我从什邡院学到的、感受到的一股精神，就是始终想着别人、想着人民。只要你为他们做了好事，他们是不会忘记你的。什么委屈、什么冤枉、什么不被理解等等，都变得那么微不足道了。”
小心驶得万年船，在白色恐怖猖獗的北平，入了地下党，自然要做足保密功夫。组织有任务都是单线联系;即便是同宿舍好友，也不能透露一星半点。
当时，中共北平地下党分作南系和北系两个系统。北系为抗战时期坚持在平津地区的地下党，由彭真、刘仁领导;南系则为抗战胜利后从国统区复员回平津的地下党组织，直接受周恩来主持的南方局领导。北大的学生党员也分别依附于两个系统，彼此之间没有横向联系。
顾方舟属于北系。一次，一个南系的地下党员看顾方舟表现进步、可发展，就悄悄问他的意向：“小顾，你表现不错，加入我们组织怎么样?”
顾方舟故意装傻：“组织?你们什么组织啊?”
那位同学环视四周，确认无人后，小声地说：“共产党!”
顾方舟内心哭笑不得，自己已是共产党员，还用你发展吗?他本想表明身份，又突然想起党的纪律，防止对方是三青团的特务，就摇摇头拒绝了。
这场景在当时颇为普遍，且不说同宿舍两人不知对方都为党员，就连夫妻俩，都有互不知身份的情况。此外，地下党组织还规定，抛头露面的，如学生会和进步团体的负责人，要单独编组，单独联系。地下党的领导，则要以中间或者落后学生的形象出现，暗中掌控全局。
即便是对最敬爱的母亲，顾方舟也严守着党的纪律，不向母亲透露半分。直至解放，顾方舟和他同为党员的弟弟都没有告诉母亲他们是党员的事实。但知子莫如母，聪慧的周瑶琴怎么会对儿子言谈举止的转变毫不在意呢?——尽管如今已无从考证，但顾方舟相信母亲已猜到自己是共产党员，母子俩不过是心照不宣罢了。
顾方舟也有糊涂的时候。一次，八路军卫生部委托方亮教授采购60万元法币的药品和医疗器械，由党组织设法送往解放区。地下党支部便发动同学秘密地分批采购，顾方舟也分配到一个任务：向校长要纱布、棉花!
入学数年，除了开学典礼见过校长，谁认得校长?但组织下达的任务，拼了命也要完成啊! 顾方舟只好硬着头皮跑到校长室。哆哆嗦嗦地一通自我介绍和说明来意后，校长竟大手一挥，签了个字就让顾方舟去总务处领物资了。
现在想起不免有些后怕。正值战争，一个学生无缘无故要一大批物资，不会暴露身份吗?不过，校长的不闻不问也引人回味。顾方舟后来听说，北平和平解放后，校长还是校长，才有些明白过来：恐怕校长当时就已是进步人士，故意放他的水吧。
1948年，随着解放战争的胜利，国民党反动派们也加紧了对内镇压。多所大学被关闭，报纸、电台、书籍、杂志和电影也被严格审查。此外，国民党修改了课程设置，让学生们不得不忙于应付接连不断的考试，无心关心政治。特务机构常常在天亮之前发起行动，逮捕思想激进的教授和学生，搜查教室和宿舍。著名学者闻一多即因反对国民党，被特务们暗杀了。
1948年7月，国民党当局对北平3000多名东北学生“要读书，要饭吃，誓死不当炮灰”的请愿斗争进行了残酷镇压，死伤100多人。7月9日，在中共北平地下党的领导下，顾方舟和万余同学联合举行抗议“七五”血案的示威游行。游行的宣言中痛心疾首地写道：“东北死难同学的鲜血，受伤同学的呻吟，洗亮了我们的眼睛，给我们以光明，打碎了我们对政府怀着的一点点可怜幻想和希望，启示我务要冲破黑暗，击退反动逆流……”人群中，顾方舟带领周围学生举起紧握的拳头，喊出了钢铁般的誓言：“我们决心以钢铁的意志和坚强的决心，来坚特我们的斗争!”
国民党当局对顾方舟们的斗争非常恐慌。当月，国民党政府教育部给各大专院校下了密令，命令各校当局“将校内共产党员与共产党嫌疑或接近共党营私自便别有企图的分子，不论员生，均应视为危害分子，在暑期内，分别处理，务望肃清”。
8月，国民党反动当局在北平全市进行了一次疯狂的大逮捕，各高等院校100多名学生被投入监狱，此后，越来越多的学生被捕。8月19日，平津各报都刊载了北平特刑庭以“共匪职业学生罪”拘传的第一批黑名单，涉及北大、清华、燕京等院校学生共250人。特刑庭20日又公布第二批74人名单，总共要审讯逮捕324人，其中北大最多，为93人。当天各院校均收到反动当局的拘传票，有的限次日到特刑庭投案，有的要立即拘提。
顾方舟眼看周边好友纷纷被捕，大量地下党员撤至解放区，内心也焦急万分。但自己得到的指示却是留在北平，完成护校任务，同时准备为即将攻打北平的解放军战士提供治疗服务。应该何去何从?
顾方舟决定，越是关键时刻，越是要服从、信任组织! 组织没让自己撤离，就坚决留在北平，完成组织交代的任务!
那时，校门被国民党反动派包围封锁，反动布告贴满大街小巷，各个城门设卡，军警逐个盘查，白色恐怖笼罩全城。身为敌人千方百计要清除的对象，年轻的顾方舟要留在北平，需要多大的勇气啊!
留在北平的顾方舟为解放北平准备着医疗物资。他以教学需要的名义弄来了大批绷带、夹板、棉签、药品……同时，他还和同学们一起加入护校斗争。他与同学们一道，访问教授、讲师，宣传革命形势，争取让他们留下，并安排好围城期间师生员工的生活，保护学校的资财文书。顾方舟所在的北京大学，已和清华大学一道，被广大同学和市民亲切地喻为“国统区内的解放区”。共产党已成为广大学生和市民心中的太阳。他们一心向往解放，议论解放军何时进城成为最热门的话题。这一时期，积极要求加入中共党组织和党的外围团体的学生增多了。到北平解放前夕，北平城内中共党员由抗战胜利时的200多人发展到3376人，党的外围组织民主青年同盟、民主青年联盟等团体的盟员超过5000人。
“八一九”大逮捕，是国民党政府的垂死挣扎。此时的国民党已日薄西山，气息奄奄，北平已处于人民解放军的重重包围之中。1949年1月3日，随着北平守军傅作义的起义，北平和平解放。顾方舟为救治伤员而做的准备，自然没能用上。解放后，顾方舟才知道，自己已经被三青团发现，名字已列在第三批黑名单中。可他福大命大，国民党特务们仓皇而逃，还没来得及抓人，就溜走了。
