在潜心科学理论研究的同时，邓子基还致力于厦门大学财政学科的建设与发展。1972年，他成为复办厦门大学财金专业的负责人。1982年，作为主要负责人之一，他为创建厦门大学经济学院及财政金融专业升格为财政金融系做了大量工作，并支持、协助建立厦门大学MB A中心和经济学院博士后流动站，现仍任学院顾问，关心与支持学院工作。作为厦门大学原财金系总学术带头人，为了财金系的发展壮大，邓子基付出了极大的心血。从科研项目的申请到系列教材的编辑出版，从新学科的创立到教师队伍的培养，他事无巨细，任劳任怨。

在邓子基的积极促成下，1982年厦大经济系的财政专业和财政部联合办学，金融专业和人民银行开展合作项目;1984年税务专业和国家税务总局联合办学，在教学资金、生源、学生实习、分配等方面开展合作。合作办学的好处是，人民银行和国家税务总局会给予财金系经费支持、教学科研设备支持，同时财金系每年需要按照国家计划提供40-50名学生给对应单位。这40-50人的最后确定需要各司开会确定。毕业分配时除了合作单位定向分配，也有按原籍分配的方式。

在财金系的发展过程中，邓子基作出了许多正确的决策，具有深远的影响。当时税收专业是受税务总局所托办的专业。由于税收与财政不同，更偏重实务，而当时因为师资力量等方面的问题，有些老师认为学校的整体实力不足以承担税务总局所托办税务专业的重任，但邓子基认为应该尝试去办。邓子基说：“当时税校有，但本科的税务人才极其匮乏，社会需要税务人才，因此，就办了税务专业，办社会需要的专业。”他排除万难，让财政系不仅有了偏理论的财政专业，也有了偏实务的税收专业。

邓子基长期以来为厦门大学经济学科建设、人才培养、科学研究等方面作出了巨大贡献，特别是由于邓子基的努力和奉献，在1987年首次国家重点学科评选中，厦门大学财政学专业(财政学与货币银行专业联合申请)被国家评为全国唯一的财政学国家级重点学科。1987年，厦大全校范围内只有7个重点学科，经院就占了3个——财政、统计和会计。统计学科和财政金融学科这两个国家重点学科都是全国唯一的，会计学科国家重点学科在全国也仅有2个。

邓子基参加2001年厦门大学财金系财政学专业研究生教学改革研讨会

2002年，为适应学科发展的需要，财政金融系分拆为财政系和金融系，“财金分家”走在学校前列。经过重新调整后的两个系各自得到了进一步发展。同年，财政学专业和金融学专业接受重新评估，分别被评为国家级重点学科。作为总学术带头人，邓子基不仅支持分家，继续发展财政，同时支持金融的发展。他带领厦门大学财政系始终保持着强劲的发展势头，连续多次在全国大学学科排名中处于全国领先位置。后来经院发展为4个重点学科，包括财政、金融、统计和政治经济学。

2005年，校党委成立人才特区，建立王亚南经济研究院，该院的办公地点就是将财金系原办公点切开一半。有些老师不理解这样的分割，邓子基当场表态支持分给亚南院，并表示若有人想不通，他可以去做工作。作为老前辈，邓子基具有如此博大的胸怀十分值得钦佩，他不仅支持本院的发展，对亚南院的建设也尽己所能。

邓子基理念更新快，具有超前意识。他最早接受、支持并积极推进“引理入经”的理念。“引理入经”即从化学、物理、数学等理工科本科生中招收拔尖人才到经院研究生院。理工背景的学生为厦门大学经济学科与国际接轨创造了条件，“引理入经”的实现让很多优秀学子进入哈佛、剑桥以及我国香港地区等诸多名校学习深造。邓子基说：“经济学科以前注重定性研究，忽视了定量研究，现在定性和定量都要注重。”这种定量的引入为厦门大学经济学科的发展作出了巨大贡献。

邓子基坚持多形式、多渠道、多层次办学，为国家培养了各种类型的人才。除了本科、硕士、博士等通常的培养方式外，他还主持创办了教师进修班、教师研究班、助教班、研究生班、国际税收与国际会计师资进修班等，为青年教师和学生创造成才条件，满足国家建设对各类人才的培养需求。通过多年的教学实践与探索，邓子基总结了5种研究生授课法，即“打基础与攀高峰结合、理论与实践结合、教学与科研结合、自学与指导结合、大中小结合”。这些授课方法的教学效果非常好，深受学生欢迎，并得到原国家教委的肯定和奖励。

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