邓子基现在是厦门大学经济学院资深教授、博士生导师、博士后联系导师、国家重点财政学科总学术带头人。长期以来，邓子基除了教学，还承担着教育行政工作。新中国成立初期，他兼任厦门大学教务处秘书，不久又兼任校教学改革委员会秘书，协助校长和3个正副教务长工作。之后，在教育科研之外，他先后兼任学务科科长、教务处副处长、经济系副主任、经济研究所副所长、经济学院副院长及顾问、财政科学研究所名誉所长等行政工作。除此之外，他还在国内外担任着一些重要学术与社会职务。他曾兼任福建省政协常委兼经济科技委员会副主任、国务院经济学科初审组成员、国家教委经济学科评审组成员等职务。现兼任的职务有：中国财政学会荣誉理事(原顾问)、中国税务学会荣誉理事(原常务理事)、中国国际税收研究会顾问、中国国有资产管理学会顾问、中国资产评估学会高级顾问(原副会长)等。邓子基的工作量之大，非常人可以想象，但他却处理得有条不紊。

邓子基根据不同学生的实际情况分配科研任务，相对照顾在职博士，分的科研任务相比全日制适当减轻。根据各个人的优势吸收部分学生进入著作的编写队伍，让学生参与科研，成为学术团队的主要成员。对于本科即将毕业的学生，老师们会组织带领学生实习，邓子基和福建很多地方财政局熟悉，为学生的实习创造了更多的机会，让学生更好地理论联系实际，很好地运用专业知识。一般而言，邓子基会安排学生实习4周，老师们会跟班带3周。

年入古稀之后，邓子基上课时依旧精力充沛。他坚持博览群书，阅读量广阔，并将最新的财税前沿问题引入课堂教学，与学生进行探讨。对于各种学术问题，邓子基总能采用通俗易懂的语言予以解答，这样学生都能轻松理解。邓子基的学生林致远教授说：

入学之后，印象深刻的是我们去邓子基教授家里上课，发现他尽管已经70多岁，对待教学依旧非常认真。上课的时候老师非常注重同学的发言，注重与学生的互动，引导大家去看一些经典的文献，当时以马克思的政治经济学类为主。尽管国家分配论是他的“成名作”，但是老师同时也支持公共财政论，他注重学术学派之间的交流互动。

很多学生都是奔着邓子基而来厦门大学的，但是却少有机会亲身聆听他讲课。为满足学生的需求，当时财政系有一项举措，即邓子基会给本科四年级学生开设专题课程，讲1-2次课。财政系纪益成教授这样回忆：

本科时候，邓子基教授以专题报告的形式给本科上课，我第一次见他是本科时听讲座，关于赤字财政收支，他认为财政赤字是一个结果，赤字财政则是一种人为主观的选择、安排。这样独到的见解给我很深的印象和启迪。

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