1950年6月，王亚南被中央任命为厦门大学校长，他担任这一职务一直到1969年逝世。王亚南教授是新中国成立后由中央人民政府政务院(即现在的中华人民共和国国务院)首批任命的两所大学的校长之一，另一位是北京大学的马寅初，因此当时有“北马南王”之称。

王亚南1901年出生于湖北，被公认为著名经济学家和教育家，是马克思《资本论》中文版翻译者之一，在国内经济学界享有崇高威望。

“作为学者，王亚南教授的贡献是非凡的，有很多经济学家也很有名，但他们或多或少会引起一些争议，然而，王亚南是‘最没有争议’的。人们都知道他和郭大力在杭州的破庙里翻译了《资本论》。事实上，他还完成一部后来被称为‘中国式的资本论’的《中国经济原论》;他的另一部著作《中国官僚政治研究》回答了‘李约瑟难题’，即中国文明未能在亚洲产生与西方相似的近代科学，阻碍因素是什么。”邓子基曾这样介绍自己的导师。

王亚南对厦门大学所作的贡献并不逊色于他在学术上的成就。厦门大学成为研究型大学的基础，是王亚南奠定的。他坚信一条：“大学不仅仅是教学机构，还应该是研究机构。搞教学必须搞科研，不搞科研，就不能提高教学质量。大学老师不单纯是知识的传播者，更是知识的创造者。”

现在大家都抢着要办研究型大学，当时的大学只注重把教学搞好，并不注重科学研究。但王亚南提出，厦大最终要成为既是教学，又是研究机构的综合性大学。

在厦大，王亚南提出现代教育要以科学教育和民主教育为核心，主张社会科学和自然科学的教育应当并重。他认为多学科性的综合大学应具有教育和科学研究两种职能，并在实践中作出了积极的探索。

邓子基说：“王亚南校长教学与科研并重的观点不仅确定了厦门大学综合性大学的性质，也对全国其他大学的定位起到了示范作用。可以说，亚南校长早就奠定了厦门大学的教学与研究基础。我从事教学工作时，也始终注意搞科研，出成果。”

为了培养文科方面的人才，1950年，王亚南在厦门大学设立经济、化学、海洋三个研究所，并开始招考新中国首批经济学研究生，出版学术刊物《中国经济问题》，他还亲自担任经济研究所的研究生导师。为了加强对科学研究的领导和管理工作，厦大率先成立了研究部。1952年，王亚南倡议出版《厦门大学学报》，刊登教师科学研究论文，在全国各高等学校中，《厦门大学学报》是办得最早的学报之一。

邓子基感慨道：“几十年后再回头看王亚南校长的这一决策，具有远见卓识和深远影响。20世纪30年代实用主义教育观十分盛行，50年代后期，美国才发现他们培养的大学生基础知识浅薄，不能适应技术发展要求，转而强调基础科学的教学与研究，并集中在重点大学培养研究生，而王亚南校长在50年代初就这样做了。”

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