1952年7月，29岁的邓子基以优异的成绩毕业，成为新中国自己培养的第一代研究生。出于爱才之心，王亚南对邓子基亲切地说：“你留在我身边工作吧。”从此，邓子基在厦门大学的讲台上一站就是70年，而且也从未想过离开心目中这个神圣的工作岗位。

出于让弟子经受锻炼的考虑，王亚南要求邓子基“双肩挑”：既搞教学科研，又承担行政管理工作。为此，邓子基先后担任了教务处秘书、全校教学改革委员会秘书等。之后，还担任了教务处副处长、经济学院副院长、顾问等。虽然那时邓子基曾一个人同时担任三位正副教务处长的秘书，但他工作认真细致，而且思路清楚，出手也快，一时便有了“邓快手”称呼。

在教学岗位上，邓子基不但讲授税收论、预算论、财政学，还教专业俄语。他1952年7月一毕业就是讲师，后因教育部规定，刚毕业的研究生要从助教开始，又退回助教岗位，第二年重新回到讲师的岗位。

炮战时期，老师们都是冒着生命危险想方设法保障学生的安全与教学工作的进行。当时邓子基在教务科工作，安排高年级师生到南普陀山上上课，低年级特别是大一的新生报到后第二天就立马带到灌口生活和上课。为防止台湾人上岸，也担心有人投敌，或者游过来捣乱，学生轮流在厦大医院、海洋三所站岗，厦大民兵团包括老师和所有正规录取的学生。普通站岗的人每人一部半自动步枪，5发真子弹;辅导员或者退伍军人可担任排长，每人一把56式冲锋枪，20发子弹。武装部晚上查岗的时候带手枪。

邓子基转移学生后还要回到厦大本部冒着危险工作。长期在危险的环境下工作，老师们调侃道，对炮弹声音已经不会感到恐惧，而是熟悉且麻木，几乎只要听到炮声就知道炮弹的大概落点。

1952年暑，厦门大学经济研究所第一届研究生毕业留影

20世纪50年代，厦门大学面临国家的院系大调整，这是中国现代大学史上前所未有的大规模大学体制改革，对全国高等学校进行跨省、跨区的改组、撤销和合并。作为海防前线、占据重要战略地位的福建省也毫无例外在中央部署下进行了大规模的院系调整工作。新中国成立前，福建省有两所全国知名的高等院校，厦门大学、私立福建协和大学。这两所大学院系、专业设置较全，实力雄厚，此外私立华南女子文理学院办学历史悠久，是民国14所著名教会大学之一。

1951年3月，厦门大学航空系奉命与清华大学、西北工学院、北洋大学的航空系合并，重组航空学院;4月，福建省人民政府接办华南女子文理学院，和福建协和大学合并命名为“福州大学”，设文、理、农三院;6月，福建省立农学院并入厦门大学，改称“厦门大学农学院”，院址仍设在福州;9月，接办私立福建学院，将其法、政、经3系并入厦门大学，商科的企业管理、财政金融、会计银行、贸易4系并入福州大学。

1952年，全国大规模的院系调整逐渐展开，福建省高校调整也如火如荼地进行着。8月，福建师范学院并入福州大学，福州大学的财政经济学院(有会计、贸易、财政金融、统计和企业管理5个系)并入厦门大学;厦门大学的农学院和福州大学农学院合并，组建为福建农学院;9月，厦门大学海洋系奉命把航海专修科与集美水专合并为独立的福建航海专科学校，海洋系的海洋生物组教学研究人员，连同仪器设备、图书资料调往山东大学，在此基础上发展为山东海洋学院(今中国海洋大学)，生物组留在厦门大学生物系，改为海洋生物研究室。福建高等学校经过调整，到1952年底共保留厦门大学、福州大学、福建农学院、福建医学院和福建航海专科学校5所高校。

1953-1957年，福建省贯彻政务院文化教育委员会提出的“整顿巩固、重点发展、提高质量、稳步前进”方针，对普通高等学校做了进一步调整。1953年7月，厦门大学奉命将土木系及土木专修科调整至浙江大学，电机系调整到南京工学院，机械系调到华东水利学院;将财经学院的企业管理系并到上海财经学院;法律系调整到华东政法学院。同年，取消福州大学校名，改为福建师范学院，并把文理两院的中文、外文、历史、数学、物理、化学、生物7系并入厦门大学;根据政务院指示，将福建航海专科学校调整至大连海运学院。1954年7月，厦门大学教育系调整至福建师范学院;8月，俄语专修科部分师生又并入南京大学。

当时，拟把财政、会计、金融等专业也并入上海财经学院，王亚南就对教育部的领导汇报：“学生可以调过去，所有老师留下来。”最后，学生和一部分老师走了，留下财政、会计、金融专业的一些老师，一起并入经济系。

这次改革，出现了大量的专门学院，同时只保留数量相对较少的综合性大学，是较符合当时国情的，适应了新中国发展的需要;但对于将民国时期优秀综合性大学的系科进行削减，对之后福建省高等教育的发展、地方建设人才的培养，乃至经济社会发展都产生了重大影响。现在厦门大学的13个国家级重点学科，8个是文科，4个在经济学院，1个在管理学院，基本上都是王亚南当年留下的“经种子”长大而成。

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